重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。除了全基因组甲基化测序技术等研究手段,对于大样本量甲基化研究来说,更需要灵活、有针对性的技术方案。NGS-BSP方法适合几个到几十个基因或者位点进行大样本甲基化测序或者验证项目,具有更快速的实验周期及低成本优势。单碱基分辨率针对目标序列,非常灵活适合多种样本类型应用方向:450K/850K芯片筛选的差异甲基化CpG位点(DMS)。技术优势:高效灵活的目标区域甲基化检测的工具BSP和高通量测序完美结合,单碱基分辨率适合几个到几十个位点的大样本验证项目适合所有动物样本、周期快、检测位点灵活、性价比高。高通量BSP测序结果多种展示形式。天津TAB-SeqDNA甲基化共同合作
甲基化DNA免疫沉淀测序(MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,MeDIP-Seq)是通过5mC特异性抗体富集甲基化的DN**段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找甲基化区域。可广泛应用于甲基化与疾病关系研究。技术优势:全基因组范围鉴定甲基化修饰区域,针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域,与WGBS技术相比,成本更低。科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果。辽宁焦磷酸测序DNA甲基化欢迎咨询N6-甲基脱氧腺苷是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一。
6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)通过特异性抗体富集6mA甲基化的DN**段,结合NGS测序技术在全基因组水平上分析6mA修饰信息。6mA样本要求:基因组DNA:>=5ug;样品浓度>50ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150;测序深度:20-30MReads。信息分析:基于全基因组范围的6mA分析,数据质控、Peak锋Calling,Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布,多样本甲基化差异聚类、DMR鉴定及相关基因的功能分析,结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。
N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一,在细菌、藻类及植物基因组中***存在,在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)通过特异性抗体富集6mA甲基化的DN**段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找6mA甲基化区域。技术优势:全基因组范围鉴定6mA甲基化修饰区域技术方法适合所有物种(一般推荐藻类及植物)。科学方案:设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果。重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。
强化RRBS——高性价比DNA甲基化检测方案。单碱基分辨率,全基因组范围,富集启动子/CpG岛甲基化调控区域,适合人和哺乳动物、动物及鱼类,适合细胞、全血及新鲜冷冻组织,不适合cfDNA及FFPE等片段化样本。项目介绍:简化基因组甲基化测序(ReducedRepresentationBisulfiteSequencing,RRBS)是通过限制性酶切的方法富集基因组DNA上富含CCGG位点的片段,经Bisulfite处理和高通量测序技术进行基因组CpG富集区域内的单碱基分辨率的甲基化测序。相对WGBS而言RRBS技术作为高性价比的甲基化测序方案,测序量大幅减少,在大规模临床样本研究中具有很不错的应用价值。WGBS技术及应用是有力方案。重庆cfDNA甲基化DNA甲基化活动
不同的芯片平台,各自的实验过程也是不一样的。天津TAB-SeqDNA甲基化共同合作
第三代测序技术的出现,更是让甲基化的直接测定成为可能。一年前,美国PacificBiosciences公司利用独有的单分子实时(SMRT)测序技术,直接测定了DNA的甲基化。这项成果发表在《NatureMethods》杂志上。甲基化特异性PCR(MS-PCR):DNA在亚硫酸氢盐作用后,DNACpG若无甲基化,则序列中的C改变为U,若有甲基化则保持不变,因此从理论上讲,用不同的引物做PCR,即可检测出这种差异,从而确定基因有无CpG岛甲基化。因此根据目的基因修饰前后的改变,就可以相应设计M和U引物,有时我们需要设计两轮引物。这种方法灵敏度高,无需特殊仪器,因此经济实用,是目前应用**为***的检测方法。不过也存在一定的局限性,预先需要知道待测片段的DNA序列,引物的设计非常重要。另外,亚硫酸氢盐处理也十分关键,若处理不完全则可能导致假阳性的出现。天津TAB-SeqDNA甲基化共同合作