Sequenom MassArray甲基化检测:服务内容1.根据客户提供的序列信息进行预评估;2.进行样本DNA的分离、纯化、质检及亚硫酸盐修饰。3.使用特殊设计的一对引物扩增样本,得到带有T7RNA聚合酶启动子序列的扩增产物。4.在体外转录体系中,利用T7RNA聚合酶,将扩增产物转录为RN**断。5.利用RNaseA能够特异性识别并切割RNA中U3’端的特性,将RN**断切割成携带有CpG位点的小片断。6.使用sequenom®MassArray飞行质谱分析系统检测产物。由于同一片断中,只有CpG和CpA之间16Da的分子量差别,即质谱图中两者峰的差距。WGBS技术及应用是有力方案。山东6mADNA甲基化怎么样
甲基化DNA免疫沉淀测序(MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,MeDIP-Seq)是通过5mC特异性抗体富集甲基化的DN**段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找甲基化区域。可广泛应用于甲基化与疾病关系研究。技术优势:全基因组范围鉴定甲基化修饰区域,针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域,与WGBS技术相比,成本更低。科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果。山东6mADNA甲基化怎么样在哺乳动物中CpG以两种形式存在。
DNA修复基因高甲基化:DNA错配修复系统(mismatchrepairsystem,MMR)是在人类细胞中存在的一种修复DNA碱基错配的自身保障体系,由一系列特异修复DNA错配的酶组成,它不同于其它抑制基因对细胞的无序增长具有直接的作用,而是通过修复DNA复制过程中产生的错误,维持基因组的稳定性,避免突变,间接抑制**的发生。目前已发现人类的MMR系统含有9个错配修复基因,其中以hMLH1和hMSH2功能**为重要。MMR基因保证了DNA复制的高度保真,一旦MMR基因发生突变或启动子甲基化引起错配修复基因失活,导致机体错配修复功能的降低,进而导致整个基因组的不稳定,从而使某些*基因和抑*基因的突变在体内得到快速聚集,**由此发生,表现为**细胞的DNA多为二倍体或近二倍体的含量。MMR基因启动子高甲基化在结直肠*、胃*、脑胶质瘤等**细胞中均有报道。
联合亚硫酸氢钠的限制性内切酶分析法(COBRA):这种方法是将亚硫酸氢盐处理与酶切相结合来进行甲基化检测。DNA样本经亚硫酸氢盐处理后,利用PCR扩增。扩增产物纯化后用限制性内切酶(BstUI)消化。若其识别序列中的C发生完全甲基化(5mCG5mCG),则PCR扩增后保留为CGCG,BstUI能够识别并进行切割;若待测序列中,C未发生甲基化,则PCR后转变为TGTG,BstUI识别位点丢失,不能进行切割。这样酶切产物再经电泳分离、探针杂交、扫描定量后即可计算出原样本中甲基化的比例。这种方法**的优点就是相对简单,可进行快速定量,且需要的样本量少。然而,它的局限性也十分明显,只能获得特殊酶切位点的甲基化情况,且阴性结果并不能排除样品DNA中存在甲基化的可能。焦磷酸测序技术服务基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平台。
Sequenom MassArray甲基化检测:将待测DNA经过亚硫酸盐处理,通过PCR扩增过程引入T7启动子序列,经T7 DNA聚合酶的体外转录过程得到各样本RNA产物,经碱基特异性酶切处理,得到RNA小片段,并用飞行质谱检测每个片段的分子量,***EpiTYPER程序完成数据的自动化处理并报告每个检测片段的甲基化程度。技术优势:·检测片段长:扩增片段长度可达500bp·高灵敏度:可发现低至5%甲基化水平,样本起始量低至10ng。·重复性好:变异系数CV≤5%。·高性价比:用384孔板进行PCR反应,一个扩增产物可以进行多重CpG位点分析,无需后续验证,可直接用于文章发表。基因组DNA冰袋或者干冰运输。天津hMeDIP-SeqDNA甲基化共同合作
ATAC-seq实验过程短,从实验到分析可达2周。山东6mADNA甲基化怎么样
全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)是将重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序技术相结合,对有参考基因组进行全基因组范围的单碱基分辨率的甲基化测序,是DNA甲基化检测的“金标准”。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。技术优势:DNA甲基化检测**有力的工具,单碱基分辨率,检测每个C碱基的甲基化状态,全基因组范围,**限度地获得甲基化信息,适合所有有参考基因组的物种适合各种类型的样本。山东6mADNA甲基化怎么样