广东Chip-seq技术服务经验丰富

    重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。除了全基因组甲基化测序技术等研究手段，对于大样本量甲基化研究来说，更需要灵活、有针对性的技术方案。NGS-BSP方法适合几个到几十个基因或者位点进行大样本甲基化测序或者验证项目，具有更快速的实验周期及低成本优势。技术优势高效灵活的目标区域甲基化检测的工具BSP和高通量测序完美结合，单碱基分辨率适合几个到几十个位点的大样本验证项目适合所有动物样本、周期快、检测位点灵活、性价比高科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序，到数据分析每个项目有特定的科学问题；需要专业、有价值的建议；科学、缜密的设计及时高效的沟通；以保障高质量研究成果样本要求：基因组DNA:>=1ug(20个区域/位点)；样品浓度>30ng/ul；无RNA和蛋白污染建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150；测序深度：>。 全基因组甲基化测序是将重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序技术相结合。广东Chip-seq技术服务经验丰富

    Agilent甲基化芯片通过SurePrint芯片合成**技术，结合优化的探针设计及实验方法，可灵活进行甲基化研究，得到高灵敏度、高特异性、高重复性的结果。技术流程：1.将基因组DNA超声打断成400-500bpDN**段；2.加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份；3.其中一份单链DNA样品加入抗5'-甲基化胞嘧啶核苷抗体。使用免疫磁珠法分离样品中甲基化DN**段的抗体复合物，样品中其余的非甲基化DN**段被洗脱；4.纯化免疫共沉淀的DN**段；对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记；5.标记后的MeDIP与Input样品混合、变性，与芯片杂交；6.检测杂交信号并进行数据分析。芯片种类：Agilent**甲基化芯片，8x60K●和合作伙伴在Agilent公司定制的Promoter芯片。●绝大多数基因是针对基因启动子区域的CpG岛设计探针。●芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因，其中2128个和**发生有关系。●从功能上分，有256基因和细胞凋亡有关，1273个基因和信号传导有关，487个基因和压力和衰老有关。●特别适用于**甲基化研究。 浙江ATAC技术服务经验丰富高通量BSP测序结果多种展示形式。

    Agilent平台因为MeDIP技术本身的特点，都不能到达单碱基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate检测技术却做得到。Illumina的Infinium甲基化检测技术来源与前期的SNP检测，采用的是单碱基延伸的原理。分析利用两个位点特异的探针检测这些序列差异的位点，一个探针是为甲基化位点(M磁珠类型)设计的，而另一个是为未甲基化位点(U磁珠类型)设计的。探针的单碱基延伸掺入了一个标记的ddNTP，它随后被荧光试剂染色。通过计算甲基化与未甲基化位点的荧光信号比例，可确定检测位点的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆盖27,578个CpG位点。这款芯片在医学领域有***的应用，除了和**相关的甲基化筛选之外，也能用于其他疾病相关甲基化检测。因此对这款产品，研究者给予了很高的评价，目前此产品已停产，取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以单碱基分辨率覆盖了基因组中超过45万个甲基化位点，实现了基因区域和CpG岛的***覆盖。此外，还包括CpG岛之外的CpG位点，在人类干细胞中鉴定出的非CpG甲基化位点，以及**和正常组织中差异表达的甲基化位点等等。它的高覆盖度、高通量以及低价格。

    焦磷酸测序(Pyrosequencing)随着技术的不断改进，现在认为焦磷酸测序技术（Pyrosequencing）是甲基化检测新的金标准。焦磷酸测序作为一种新的序列分析技术，能够快速地检测甲基化的频率，对样品中的甲基化位点进行定性及定量检测，为甲基化研究提供了新的途径。在序列延伸过程中，根据C和T的掺入量来定量确定单个位点的C-T比例。因此，不同位点的甲基化变异就能被准确检测，并给出精确的甲基化程度的数据。QIAGEN公司在焦磷酸测序的应用上具有明显的优势，目前提供三种焦磷酸测序仪器，通量由低到高，适合不同的应用。PyroMarkQ24的强项在于可对多达24个样品进行焦磷酸测序。需要大样品量的应用更适合在PyroMarkQ96ID上进行。在考虑到处理成百上千个样品所需的大量试剂时，运行通量**化可能会使实验成本变得很高。而PyroMarkQ96MD装有一台高度灵敏的光检测摄像头，可以在减少试剂量的情况下对少量的DNA模板进行准确测序。这些不同平台的推出，对于我们实际研究提供了更有效的检测手段。 焦磷酸测序技术是甲基化检测新的金标准。

    羟甲基化DNA免疫沉淀测序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，hMeDIP-Seq）是通过5hmC特异性抗体富集羟甲基化的DN**段，然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量，快速、高效地寻找羟甲基化区域。可广泛应用于羟甲基化与疾病关系研究以及羟甲基化在胚胎发育过程中的研究。技术优势从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序，到数据分析每个项目有特定的科学问题；需要专业、有价值的建议；科学、缜密的设计及时高效的沟通；以保障高质量研究成果样本要求：基因组DNA:>=3ug；样品浓度>50ng/ul；无RNA和蛋白污染建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150;测序深度：20-30Mreads信息分析基于全基因组范围的羟甲基化分析，数据质控，Peak锋Calling，Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布，多样本羟甲基化差异聚类，差异羟甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析，结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。 ATAC-seq实验过程短，从实验到分析可达2周。浙江Chip-seq技术服务口碑推荐

芯片平台作为目前比较成熟的筛选工具。广东Chip-seq技术服务经验丰富

Hepatic

stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA

methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)

肝星状细胞(HSC)是导致肝纤维化发生和进展的关键细胞类型。DNA羟甲基化与转录***有关，其模式在人类疾病中经常发生改变。研究者采用简化基因组氧化-亚硫酸盐测序(RRBS/oxRRBS)检测静止和******状态的大鼠HSC细胞的5mC和5hmC水平，证实了5mC和5hmC在肝纤维化和HSC转分化过程中的整体变化，表明DNA甲基化/羟甲基化是HSC***的关键步骤，可能会为支持纤维生成的分子事件带来新的见解，并可能为疾病进展提供生物标志物以及潜在的新药物靶点。 广东Chip-seq技术服务经验丰富