**预防和***的一个手段是通过去甲基化恢复某些关键的抑*基因或DNA修复基因的活性,目前研究**多的是DNMTs***剂,它通过***DNMT活性以逆转异常的DNA甲基化。**个表型修饰药物为5-azacytidine及其类似物5-aza-2'-deoxycytidine(5-aza-CdR),这类药物已经美国FDA批准用于白血病前骨髓增生异常综合征的***。5-aza-CdR是胞嘧啶的类似物,在DNA复制过程中可以掺入到DNA链中,一方面它可以降低DNA接收甲基的能力,另一方面它***DNMT活性,导致DNA甲基化水平的降低。体外和体内试验均表明,5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平从而*****的能力,临床表明应用5-aza-CdR可提高部分IV期小细胞肺*患者生存率,但该药也存在着不可忽视的毒副作用(如特异性不强,不能针对某一特定抑*基因进行靶向***;高剂量的5-aza-CdR可能诱发**的转移),因此其在临床上的应用受到了很大限制。也有研究表明,低剂量的As2O3可起到***肝*的目的。 人类基因组有约56M的CpG位点,CpG岛约3万个。江苏单细胞测序技术服务欢迎咨询
将待测DNA经过亚硫酸盐处理,通过PCR扩增过程引入T7启动子序列,经T7DNA聚合酶的体外转录过程得到各样本RNA产物,经碱基特异性酶切处理,得到RNA小片段,并用飞行质谱检测每个片段的分子量,***EpiTYPER程序完成数据的自动化处理并报告每个检测片段的甲基化程度。技术优势·检测片段长:扩增片段长度可达500bp·高灵敏度:可发现低至5%甲基化水平,样本起始量低至10ng。·重复性好:变异系数CV≤5%。·高性价比:用384孔板进行PCR反应,一个扩增产物可以进行多重CpG位点分析,无需后续验证,可直接用于文章发表。服务内容1.根据客户提供的序列信息进行预评估;2.进行样本DNA的分离、纯化、质检及亚硫酸盐修饰。3.使用特殊设计的一对引物扩增样本,得到带有T7RNA聚合酶启动子序列的扩增产物。4.在体外转录体系中,利用T7RNA聚合酶,将扩增产物转录为RN**断。5.利用RNaseA能够特异性识别并切割RNA中U3’端的特性,将RN**断切割成携带有CpG位点的小片断。6.使用sequenom®MassArray飞行质谱分析系统检测产物。由于同一片断中,只有CpG和CpA之间16Da的分子量差别,即质谱图中两者峰的差距。 上海cfDNA甲基化技术服务共同合作云生物提供测序服务。
相比之下,VeraCode GoldenGate甲基化分析技术更适合中通量的筛选及验证研究,它以以矩阵微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM))形式分析48至384个用户指定的CpG位点。首先,将亚硫酸氢盐处理的基因组DNA 与分析oligo混合,oligo与未甲基化位点的U互补,或者与甲基化位点的C互补。杂交之后,引物延伸,并连接上位点特异的oligo来产生通用 PCR的模板。***,用标记的PCR引物生成可检测的产物。据Illumina的产品**介绍,其产品的**优势在于单个CpG位点的分辨率。其它分析将甲基化定位在一段区域,而通过Illumina分析,你能精确测定某个CpG位点的甲基化水平。
发育基因的表观突变是养殖欧洲鲈鱼开始驯化的基础
Epimutations in developmental
genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)
本研究通过RRBS测序,比较了早期驯化的
(n=12)与野生的(n=12)
欧洲鲈鱼在驯化过程中DNA甲基化变化,发现早期驯化的鲈鱼与野生的没有遗传差异,但在不同胚胎起源的组织中发生DNA甲基化变化。这些甲基化突变与经过25年选择性育种后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多态性***重叠,表观突变基因与正选择基因一致。结果表明驯化初始阶的表观变异是一个重要事件。 ChIP-Seq 能实现真正的全基因组分析。
N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一,在细菌、藻类及植物基因组中***存在,在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。6mA免疫沉淀测序(6mA-IPSeq)通过特异性抗体富集6mA甲基化的DN**段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找6mA甲基化区域。技术优势全基因组范围鉴定6mA甲基化修饰区域技术方法适合所有物种(一般推荐藻类及植物)科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果样本要求:基因组DNA:>=3ug;样品浓度>50ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150。 N6-甲基脱氧腺苷是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一。上海cfDNA甲基化技术服务共同合作
在哺乳动物中CpG以两种形式存在。江苏单细胞测序技术服务欢迎咨询
大豆驯化和改良过程中的DNA甲基化足迹(1):128.(IF=)本课题通过WGBS技术比较了野生大豆、地方品种和改良品种(n=45)在大豆驯化与改良过程中DNA甲基化的变化,鉴定了5412个甲基化差异区域(DMR),而这些DMR基因富集在碳水化合物代谢途径。这为大豆不同品种间DNA甲基化提供了有价值的图谱,拓展了大豆驯化与改良的认识。血浆DNA甲基化分析提示EBV病毒相关疾病的病因(1):3256(IF=)本研究通过对鼻咽*(NPC,n=15)、EBV相关性淋巴瘤(n=9)和传染性单核细胞增多症患者(n=5)的血浆游离DNA进行WGBS测序分析,发现EBVDNA甲基化图谱呈现疾病相关模式。这表明在鼻咽*诊断中进行血浆EBVDNA甲基化分析具有重要的潜力。 江苏单细胞测序技术服务欢迎咨询