介绍宏病毒组分析的常用软件之前，首先我们来看一下宏病毒组的基本分析流程。这里需要说明的是基于病毒颗粒分离技术及NGS测序平台的宏病毒组学研究还处于起步阶段，分析功能模块新的思路和技术层出不穷，但另一个层面，宏病毒组是宏基因组的一个分支，基本大的分析思路方面与宏基因组还是有着不小的相似之处。归纳一下，宏病毒组主要包括一下几个方面的分析内容：病毒群落结构组成分析；病毒群落功能分析；病毒（特别是噬菌体）宿主预测；病毒与群落中细菌、古菌等其他微生物之间的互作网络；基于非数据库比对的新病毒序列的挖掘。高通量测序技术问世，给微生物鉴别打开一扇新的大门。RNA病毒检测诊断
生物的个体在一生的生长繁殖过程中，经过不同的发育阶段。这种过程对特定的生物来讲是重复循环的，常称为该种生物的生活周期或生活史。各种生物都有自己的生活史。在分类鉴定中，生活史有时也是一项指标，如黏细菌就是以它的生活史作为分类鉴定的依据。很多细菌有十分相似的外表结构(如鞭毛)或有作用相同的酶(如乳酸杆菌属内各种细菌都有乳酸脱氢酶)。虽然它们的蛋白质分子结构各异，但在普通技术下(如电子显微镜或生化反应)，仍无法分辨它们。然而利用抗原与抗体的高度敏感特异性反应，就可用来鉴定相似的菌种，或对同种微生物分型。用已知菌种、型或菌株制成的抗血清，与待鉴定的对象是否发生特异性的血清学反应来鉴定未知菌种、型或菌株。该法常用于肠道菌、噬菌体和病毒的分类鉴定。利用此法，已将伤寒杆菌、肺炎链球菌等菌分成数十种菌型。广东新病原筛查哪家好快速检测方法是指从样品制备到出具检测结果的整个检测过程能够在短时间内完成的检测方法。
微生物鉴定的方法：微生物鉴定的传统的鉴定方法虽然仍被普遍使用，但存在两大缺点。它们只适用于可以体外培养的生物体，而且一些菌株表现出不符合已知种属模式的独特的生化特性。许多现代方法并不依赖于活的培养物，它们常常能揭示通过传统方法检测不到的有机体之间的细微差别。PCR，包括实时荧光定量PCR，可能是普遍应用于微生物鉴定的分子技术。利用PCR技术，可以快速检测和鉴定临床标本的微生物种类，从而加快诊断程序。大多数基于PCR的方法涉及一组通用的PCR引物，通过测序PCR扩增的序列来鉴定细菌/样品。16SrRNA基因是PCR细菌鉴定的金标准序列，而内部转录间隔区(ITS)区域是种类的主要条码标记。
微生物检测方法：计数器测定法即用血细胞计数器进行计数。取一定体积的样品细胞悬液置于血细胞计数器的计数室内，用显微镜观察计数。由于计数室的容积是一定的(0.1mm3)，因而根据计数器刻度内的细菌数，可计算样品中的含菌数。本法简便易行，可立即得出结果，不仅适于细菌计数，也适用于酵母菌及霉菌孢子计数。电子计数器的工作原理是测定小孔中液体的电阻变化，小孔能通过一个细胞，当一个细胞通过这个小孔时，电阻明显增加，形成一个脉冲，自动记录在电子记录装置上。该法测定结果较准确，但它只识别颗粒大小，而不能区分是否为细菌。因此，要求菌悬液中不含任何碎片。高通量测序技术对核酸进行测序是非特异的，因此，对一无所知的核酸也可以实现鉴别。
病原微生物检测方法-多种PCR结合使用，基因芯片技术与多重PCR结合可以通过PCR对目的基因进行放大，通过基因芯片的荧光探针增加检测的灵敏性和特异性，使得两种检测技术的优势互补，已应用于病原微生物的检测。将病原体特异性基因作为靶基因设计出引物与探针，进行多重PCR扩增，制备出寡核苷酸芯片，再对待测样本靶基因进行多重PCR扩增，将扩增产物与病原菌多重PCR基因芯片检测体系杂交，可根据杂交信号直观地判读样品中所含病原体的种类、型别、毒力、侵袭力，从而对病原体进行检测和鉴定。未知病原微生物鉴定要注意什么？四川新病毒鉴定诊断
病毒研究的发展常常与病毒培养和检测方法的进步有密切的关系。RNA病毒检测诊断
微生物鉴定可以用微生物对噬菌体的敏感性作为指标来鉴定微生物的种属。因为各种噬菌体都有其严格的宿主范围，不同的细菌作为噬菌体的宿主对应有特定的已知特性的噬菌体，其和噬菌体的作用方式也有接合，转化，转接，溶原性转换和原生质体融合等多种方式。部分细菌可以采用血清学反应的方法来进行区分和鉴别，就比如说常见的疑似伤寒沙门菌的菌种鉴别，我们可以利用血清学反应，现有的已知的对应的血清学反应抗体，蘸取菌种液在抗体液中涂抹，看是否会出现血凝现象（即是否出现淡白色的凝集颗粒）。RNA病毒检测诊断
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