RNA/DNA病毒测序对病毒基因组进行测序是快速了解病毒突变、毒力变化、病毒型别的有效方法。可以根据病毒基因组大小和类型，采用PCR、RT-PCR或shotgun测序法，对病毒的部分或全长基因组测序，结果准确可靠。服务标准:测出的序列准确性在99%以上;病毒全基因组测序测出序列在总基因组大小95%以上;数小于5个;Shotgun测序的覆盖度在6以上;PCR和RT-PCR测序达到2。服务说明：1、提供病毒DNA或RNA作为样品。2、PCR测序的DNA样品总量大于5μg，浓度大于20ng/μl。DNA无降解。3、Shotgun测序法的DNA样品总量大于20μg，浓度大于100ng/μl。DNA无降解。4、用RT-PCR和PCR测序法在提供参考序列时需同时提交样品部分序列与参考序列的比对文件，确保同源性在95%以上。高通量测序技术是对传统测序一次**性的改变。病毒全序列测序原理
二代测序应用的患者类型的推荐：共识明确指出了二代测序应用的患者类型及使用的时机的意见:对于神经系统急性传染/血流传染/呼吸道传染患者，3天是二代测序使用的时机，在传统方法(常规的生化检查和培养)3天未报阳性且经验性调整无效时，强烈推荐二代测序检测；对疑似病毒传染患者，包括：疑似神经系统病毒传染和病毒性肺炎且病情持续进展的患者，若完善传统PCR检测后依然未获得明确的病原学证据时，强烈推荐二代测序检测。对于疑似局灶性传染患者完成常规的生物化学、培养或PCR检测后，若未能获取病原学诊断结果，推荐将二代测序作为检测方法。而对于怀疑继发性血流传染患者：在原发传染灶的病原学检测为阴性或因各种因素无法送检合适标本的情况下，可考虑将血标本的二代测序检测作为二线检测。国内高通量测序方法二代测序相较sanger测序，差异主要就是单次运行可以获得海量的数据量。
测序技术：在病毒的鉴定及诊断中，通过高通量测序技术和RT-PCR方法的联合使用，可以实现优势互补，提高阳性检出率。更为重要的是，利用高通量测序技术还可以对病毒序列进行组装，获得病毒全长基因组信息，为监测病毒变异、探究致病机理提供研究基础。本次报告将围绕高通量测序技术在检测中的方法和策略展开分享。高通量测序技术的飞速发展使其在病毒学研究领域得到了越来越普遍的应用。无论是突发病情的应急处理、新病毒的发现,还是较大规模的分子流行病调查,高通量测序技术都比一代测序技术有着巨大的优势。SFTS病毒（SFTSvirus,SFTSV）是2009年在中国新发现的一种布尼亚科白蛉病毒属的蜱传病毒,为新发传染病发热伴血小板减少综合征（Severefeverwiththrombocytopeniasyndrome,SFTS）致病病因,现在在中国至少20个省流行。
病毒全基因组测序定中为了便于新发或罕见病毒性传染病的筛查检测,利用多重置换扩增技术,以负链RNA病毒—发热伴血小板减少综合征病毒和正链RNA病毒—登革病毒为模拟样本探索临床样本中RNA病毒基因组非特异性扩增方法。研究中通过梯度稀释的RNA病毒模拟样本中可能存在的不同丰度的病原体,样本核酸依次加工成单链cDNA,双链cDNA,T4DNA连接酶处理后的双链cDNA以及添加外源辅助RNA后合成并连接的双链cDNA形式,然后进行Phi29DNA聚合酶等温扩增,使用荧光定量PCR方法比较各种方法对RNA病毒核酸扩增的影响。深度测序技术促进了基因检测的普及。
病毒全基因组测序定：探普生物对病毒的全基因组进行测序的实验基于二代测序技术。样本经过核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这3大基本流程后转换成了序列数据。先，在核酸纯化环节，探普提供专门针对性的核酸纯化样本指南，以提高目的物种的核酸纯度和得率，与此同时探普生物也提供核酸纯化服务。第二，文库构建环节，样本的核酸具备浓度低，总量少的特点。探普生物专门针对这一点开发了超微量核酸文库构建，可以将0.01ng/μl甚至更低浓度的核酸构建成测序文库。第三，生物信息学分析环节。生存环境和状态决定了对病毒的全基因组进行测序的下机数据一般都伴随大量的宿主和其他微生物的数据。探普生物基于该特点，优化了自有数据库，搭载了专门用的的生物信息学分析流程，可处理复杂背景下的目标物种序列。病毒全基因组测序具有的特点：专业化服务。国内高通量测序方法
对病毒的全基因组进行测序主要是通过非特异性扩增+克隆结合sanger测序来完成。病毒全序列测序原理
第二代测序技术的应用：第二代测序技术(NGS)因其快速和灵敏的检测特点已成为植物病毒学研究的强有力工具，这一技术具有非序列依赖性的优势,能同时检测植物样品中可培养和不可培养的、含量高及含量低的所有的DNA病毒、RNA病毒以及类病毒,它的出现极大地变革和推进了病毒的发现历程，近期来自浙江大学生物技术研究所等处的研究人员围绕NGS及其在植物病毒发掘中的应用研究和前景进行概述和展望。对分离培养和临床标本的病毒核酸的测序实验及分析流程。基于无差别的样本处理方式和独特的生物信息学分析流程，除了对于被宿主核酸污染的病原微生物/病毒核酸样本进行全基因组和宏基因组测序之外，未知病原也在探普特有的流程下可以得以鉴别。病毒全序列测序原理
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