北京单细胞测序技术服务方案

GOS2基因靶向甲基化测序确定了一种快速复发、常规致死的肾上腺皮质*亚型

Targeted Assessment of G0S2

Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype

of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.

(IF= 10.199)

研究者分析了ACC-TCGA数据，在114例肾上腺皮质**的**队列中鉴定了一个在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2，并通过高通量BSP得到验证。G0S2基因CpG岛高甲基化**预测不良临床后果，是ACC快速复发或致死的标志。评估G0S2甲基化对临床决策是直接可行的，并有助于对侵袭性ACC进行有效辅助***。 WGBS和RRBS都是金标准技术, CNS发表文章都很多，广发被接受。北京单细胞测序技术服务方案

    焦磷酸测序（Pyrosequencing）技术服务基于QIAGEN公司的PyroMarkQ96ID平台，能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测，杂合子缺失及细菌和病毒分型等技术服务。样品要求·样品类型细胞、新鲜组织或DNA样品·样品量细胞样品请提供至少1×106个细胞，组织样品请提供至少100mg的组织块或切片，DNA样品请提供1μg以上的DNA·样品质量基因组DNA无明显降解，主带清晰，大于23Kb，无明显弥散。OD260/280值在～，浓度≥50ng/μl·样品保存细胞样品或新鲜组织块（切成～50mg的小块）可液氮冻存后，-80℃保存。DNA样品可溶于乙醇或超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融·样品运输样品置于ml冻存管中，封口膜封好，干冰运输。 北京单细胞测序技术服务方案通过甲基化数据，筛选疾病耐药的差异甲基化。

    MethylationEPICBEadChip兼具***的覆盖范围和高通量功能，因此是EWAS的理想之选。其他优势包括：***的全基因组覆盖范围(>850,000个甲基化位点)CpG岛非CpG和差异甲基化位点FANTOM5增强子ENCODE染色质ENCODE转录因子结合位点miRNA启动子区域实验分析方法重现性98%（针对技术性重复）98%（针对传统HumanMethylation450K芯片对照，MethylationEPIC芯片采用的相同样本）>90%（针对HumanMethylation450K位点内容）用户友好的简化工作流程与FFPE样本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用户友好的简化的工作流程，可以从低样本起始量（低至250ng）同时处理多达96个样本该甲基化芯片针对常规样本和FFPE样本提供单CpG位点级别的定量测量，因此能实现超级精细的解析度，方便用户了解表观遗传的变化。

相比之下，VeraCode GoldenGate甲基化分析技术更适合中通量的筛选及验证研究，它以以矩阵微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM)）形式分析48至384个用户指定的CpG位点。首先，将亚硫酸氢盐处理的基因组DNA 与分析oligo混合，oligo与未甲基化位点的U互补，或者与甲基化位点的C互补。杂交之后，引物延伸，并连接上位点特异的oligo来产生通用 PCR的模板。***，用标记的PCR引物生成可检测的产物。据Illumina的产品**介绍，其产品的**优势在于单个CpG位点的分辨率。其它分析将甲基化定位在一段区域，而通过Illumina分析，你能精确测定某个CpG位点的甲基化水平。基于高通量测序平台的甲基化图谱分析。

    芯片平台作为目前比较成熟的筛选工具，已经在很多领域有了相应的应用。多家芯片公司在DNA甲基化这块儿有了相应的产品提供，其中应用**为***的就Agilent平台和Illumina平台，相应的产品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相应的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已经停产。不同的芯片平台，各自的实验过程也是不一样的。安捷伦前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技术。将基因组DNA分成两份，一份用来做MeDIP，另一份作为对照。两个样品都标记荧光(富集的样品用Cy5标记，对照用Cy3标记)，然后与芯片杂交。芯片上每个探针的Cy5/Cy3强度比例显示出该区域的甲基化程度。 5hmc是发现的一种修饰碱基，成为哺乳动物的“第六碱基”。陕西焦磷酸测序技术服务方案

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    DNA甲基化是在DNA甲基化转移酶(Dnmt)的作用下将甲基选择性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的过程，刚被发现时被定义为第五种碱基，实际上它是一种重要的表观遗传学标记，在调控基因表达、维持染色质结构、基因印记、X染色体失活以及胚胎发育等生物学过程中发挥着重大的作用，它就像魔术师手中一顶**神奇的“帽子”，带给世人层出不穷的惊喜。DNA甲基化的发生、保持和去除都处在生物体精细的调控中，一旦发生紊乱，对于动物而言将导致胚胎死亡或者**等重大疾病，对于植物而言将会出现各种的表型缺陷，那么这顶神奇的“帽子”是如何发挥它神奇功用的呢？这个问题成为整个生物界**热的研究焦点之一。研究者们从DNA甲基化的发生机制，保持机制到去甲基化机制，从基因组甲基化状况研究到特异位点甲基化状况研究，从**初CpG位点的研究到non-CpG位点的研究，从高甲基化研究到低甲基化、未甲基化研究，以及与其密切相关的羟甲基化也慢慢进入人们的视野，***多角度解析DNA甲基化。在Nature、Science、Cell等**杂志上经常能看到它熟悉的身影，说它是生物学研究的“宠儿”一点都不为过。正所谓“工欲善其事，必先利其器”。 北京单细胞测序技术服务方案