病毒全基因组测序定:目前对我国首例输入性裂谷热病例病毒进行全基因组测定,分析其进化来源及潜在变异,方法提取样本核酸,非特异性反转录扩增病毒基因组RNA,使用IonTorrent二代测序仪进行病毒全基因组测定.对获得的基因组数据进行序列拼接、比对、进化树构建和关键位点分析.结果通过测定获得了病毒全基因组11979nt,该测定病毒属E基因分支,序列与先前南非分离株Kakamas相似度较高(>98%).病毒Gn蛋白C端信号肽区存在1个氨基酸突变.结论本研究分析测定的裂谷热病毒全基因组与目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出现明显变异。全基因组测序能检测个体基因组中的全部遗传信息,准确性高。国内深度测序进化分析
病毒基因组测序:病毒基因组测序包括完成图测序、扫描图测序和重测序三个层面,通过二代/三代测序平台,获得病毒的基因组的序列信息,并在结构基因组学、比较基因组学层面通过差异分析、同源基因分析、共线性分析、物种进化分析等手段探究病毒的毒力系统、基因组的进化与演变历程等。对疑似传染标本采集提取后直接进行高通量测序,通过病原微生物专门用的数据库比对和智能化算法分析,获得疑似致病微生物种属信息,并提供全方面深入的报告,为疑难危重传染提供快速准确诊断依据,促进药物的合理应用。RNA病毒全基因组测序技术全基因组测序可以检测个体基因组中的全部遗传信息,准确性高。
新一代测序中基因从头测序和重测序有什么区别?我要做乙肝病毒DNA全长测序,应该选用哪种方法?1、条件不同;从头测序的条件是不依赖于任何物种基因组;重测序的条件是在已知物种基因组的情况下进行的。2、病毒变异率不同;从头测序是通过拼接和组装的方式获得基因组序列图谱,病毒变异率很低;重测序可以寻找出大量的单核苷酸多态性位点,插入缺失位点,结构变异位点,拷贝数变异等变异信息,从而获得生物群体的遗传特征。病毒变异率很高。乙肝病毒在医学上已经测过,只需要做重测序就可以。
高通量测序技术:高通量测序技术又称“下一代“测序技术或深度测序技术,可以一次性对几十万至几百万条DNA分子进行序列测定。现已普遍应用在基因组测序、基因表达分析、非编码小分子RNA鉴定、转录因子靶基因筛选及DNA甲基化等相关的研究领域。高通量测序技术是对传统测序一次**性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deepsequencing)。病毒全基因组测序具有的特点:专业化服务。
二代测序应用的患者类型的推荐:共识明确指出了二代测序应用的患者类型及使用的时机的意见:对于神经系统急性传染/血流传染/呼吸道传染患者,3天是二代测序使用的时机,在传统方法(常规的生化检查和培养)3天未报阳性且经验性调整无效时,强烈推荐二代测序检测;对疑似病毒传染患者,包括:疑似神经系统病毒传染和病毒性肺炎且病情持续进展的患者,若完善传统PCR检测后依然未获得明确的病原学证据时,强烈推荐二代测序检测。对于疑似局灶性传染患者完成常规的生物化学、培养或PCR检测后,若未能获取病原学诊断结果,推荐将二代测序作为检测方法。而对于怀疑继发性血流传染患者:在原发传染灶的病原学检测为阴性或因各种因素无法送检合适标本的情况下,可考虑将血标本的二代测序检测作为二线检测。病毒全基因组测序具有的特点:临床微生物**出具报告,专业医学团队报告解读。国内二代测序突变分析上哪找
高通量测序能否定向检测细菌病毒等微生物?国内深度测序进化分析
病毒全基因组测序、高通量测序技术的发展在生物信息学分析方面,通过新的分析软件的研发和原有分析软件的升级,对测序所得数据的分析也变得更加可靠;除此之外,伴随着BasSpace等服务的出现,进行数据分析工作所需的设备成本也在逐步降低。将来,伴随着高通量测序技术与数据分析技术的不断进步,测序精度与可靠性的上升,测序与数据分析成本的下降,高通量测序技术会在各个领域得到应用。在病原微生物检测和鉴定应用中,高通量测序技术势必会成为不可或缺的技术并发挥越来越重要的作用。高通量测序实验足够灵敏和完善,方能获得准确、可信任的结果。国内深度测序进化分析
上海探普生物科技有限公司是一家从事生物科技专业领域内技术开发、技术转让、技术咨询、技术服务,化工原料及产品(除危险化学品、监控化学品、烟花爆竹、易制毒化学品),实验室设备,计算机、软件及辅助设备,电子产品销售,计算机软件开发及维护,计算机信息系统集成服务等。的公司,致力于发展为创新务实、诚实可信的企业。上海探普生物作为从事生物科技专业领域内技术开发、技术转让、技术咨询、技术服务,化工原料及产品(除危险化学品、监控化学品、烟花爆竹、易制毒化学品),实验室设备,计算机、软件及辅助设备,电子产品销售,计算机软件开发及维护,计算机信息系统集成服务等。的企业之一,为客户提供良好的病毒测序,病毒全基因组测序,病毒宏基因组测序,未知病原鉴定。上海探普生物不断开拓创新,追求出色,以技术为先导,以产品为平台,以应用为重点,以服务为保证,不断为客户创造更高价值,提供更优服务。上海探普生物始终关注自身,在风云变化的时代,对自身的建设毫不懈怠,高度的专注与执着使上海探普生物在行业的从容而自信。