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甲基化重测序基本参数
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甲基化重测序企业商机

上海翼和生物通过亚硫酸氢盐(bisulfite)处理,用多重PCR扩增目的片段,添加barcode和测序通用接头,在Illumina X10二代测序平台对PCR产物进行高通量测序,利用生物信息学方法,精确定量计算目标区间内的甲基化位点的甲基化状态,在完成目标区域检测的同时大幅降低研究费用。Hi-MethylSeq结合了亚硫酸盐转换、靶向扩增子高通量测序技术,可实现多区段、多位点的甲基化精确定量分析。本方法适用于感兴趣的目的片段的甲基化研究,在大样本中进一步确认全基因组甲基化研究挑选的阳性位点。重亚硫酸盐处理是甲基化分析中基因组DNA处理的金标准,是一个化学过程,可造成DNA的损伤,很难同时实现100%的转换效率和保持DNA的完整性,二者需要做出一定的平衡。Hi-MethylSeq在CpG岛之外选取3段内参序列中的C作为内对照,准确评估样本的转化率。翼和生物目标区域甲基化项目结合亚硫酸盐转化和多重PCR扩增建库测序技术,对目标区域甲基化位点进行分析。杭州目标甲基化重测序准确度高

真核生物基因表达受多种机制、多层面的综合调控。基因的DNA序列不发生改变的情况下,基因的表达水平与功能发生改变,并可遗传现象,称为表观遗传(epigenetic)现象。DNA甲基化是指在甲基转移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被选择性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常见于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非编码区,DNA高度甲基化首先会影响DNA结构,进而阻遏基因转录,引起基因沉默。人体内,DNA甲基转移酶主要有四种:DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT3L。在DNA复制完成后,DNMT1是催化甲基转移至新合成的DNA链上,这一现象称为维持甲基化;DNMT3A和DNMT3B负责催化核酸链上新的甲基化位点发生反应,成为形成甲基化;DNMT3L不具有甲级转移酶活性,其主要作用是调节其他甲基转移酶的活性。真核细胞内甲基化状态有3种:持续的低甲基化状态(如持家基因的甲基化)、诱导的去甲基化状态(如一些发育阶段特异性基因的修饰)和高度甲基化状态(如人类女性细胞内缢缩-失活的X染色体的甲基化)。杭州目标位点甲基化重测序准确度高DNA甲基化是一种表观遗传修饰,是由DNA甲基转移酶催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine)作为甲基供体.

DNA甲基化即在DNA上增加甲基基团,是使基因的转录抑制或沉默的主要方式。该修饰特异性地发生在CpG位点,胞嘧啶通过磷酸盐与鸟苷酸连接(图1)。甲基基团的插入改变了DNA的表观和结构,可能会直接阻碍DNA的识别及与转录因子的结合,或者吸引其他因子优先与DNA结合,干扰转录因子的结合。目前已鉴定了三个与甲基化DNA结合的蛋白家族,包括MBD蛋白、Kaiso和Kaiso样蛋白、以及SRA蛋白。通过招募这些蛋白,DNA甲基化可促进某些组蛋白状态的维持,如去乙酰作用,从而保持转录后的组蛋白修饰。例如,MBD家族的甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)与甲基CpG结合,招募HDACs,可促使染色体浓缩和转录抑制。

全基因组重亚硫酸盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)用于全基因组DNA甲基化检测:表观遗传学研究已经证实了特定基因区域的DNA甲基化修饰对于染色体构象、基因表达调控机制有着重要影响,而全基因组DNA甲基化研究是表观基因组学关注的重要内容。Bisulfite处理能够将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U,进行PCR扩增后变成T,与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来,再结合高通量测序技术,可绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。亚硫酸氢盐处理可以使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变。

DNA甲基化是DNA化学修饰的一种形式,能够在不改变DNA序列的前提下,改变遗传表现。DNA甲基化是指在甲基转移酶的催化下,DNA的CG两个核苷酸中的胞嘧啶被选择性地添加甲基基团的化学修饰现象,极常见的是在胞嘧啶的5号碳位置,在酶和底物的作用下,引入一个甲基基团,变成了5甲基胞嘧啶(5mC),从而改变了它的活性。DNA甲基化是基因组DNA的一种主要表观遗传修饰形式。DNA甲基化修饰对于维持正常细胞功能、传递基因组遗传印记、胚胎发育以及人类tumour发生,起着至关重要的作用。上海翼和生物通过亚硫酸氢盐(bisulfite)处理,用PCR扩增目的片段,并结合二代测序平台(illumina等主流测序平台)并对PCR产物进行测序,本方案目标区域甲基化测序服务Hi-MethylSeq,在完成目标区域检测的同时大幅降低研究费用。上海翼和生物通过亚硫酸氢盐(bisulfite)处理,用多重PCR扩增目的片段,添加barcode和测序通用接头。广州多重PCR技术甲基化重测序机构

亚硫酸氢盐处理能够将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U,进行PCR扩增后变成T。杭州目标甲基化重测序准确度高

DNA甲基化(DNA methylation)为DNA化学修饰的一种形式,能够在不改变DNA序列的前提下,改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下,在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明,DNA甲基化能引起染结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。WGBS是基于重亚硫酸盐的甲基化分析方法,首先通过Bisulfite对样本DNA进行处理,将未甲基化的C碱基转化为U碱基,而甲基化的C碱基则不会改变,进行PCA扩增后U碱基会变成T,与原本甲基化的C碱基区分开,再结合高通量测序技术,可绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。杭州目标甲基化重测序准确度高

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