江苏850K芯片技术服务活动

安捷伦公司芯片平台因其强大的eArray探针设计平台，可以进行芯片的定制。在甲基化领域同样适用。合作伙伴利用Agilent芯片平台设计了一款专门针对**启动子区域CpG岛的甲基化芯片。绝大多数基因是针对基因的启动子区域的CpG岛设计探针。这款芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因，其中2128个和**发生有关系。从功能上分，有256基因和细胞凋亡有关，1273个基因和信号传导有关，487个基因和压力和衰老有关。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理进行甲基化检测的方法探针的分辨率可以精确到100 bp。焦磷酸测序技术是甲基化检测新的金标准。江苏850K芯片技术服务活动

    Agilent平台因为MeDIP技术本身的特点，都不能到达单碱基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate检测技术却做得到。Illumina的Infinium甲基化检测技术来源与前期的SNP检测，采用的是单碱基延伸的原理。分析利用两个位点特异的探针检测这些序列差异的位点，一个探针是为甲基化位点(M磁珠类型)设计的，而另一个是为未甲基化位点(U磁珠类型)设计的。探针的单碱基延伸掺入了一个标记的ddNTP，它随后被荧光试剂染色。通过计算甲基化与未甲基化位点的荧光信号比例，可确定检测位点的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆盖27,578个CpG位点。这款芯片在医学领域有***的应用，除了和**相关的甲基化筛选之外，也能用于其他疾病相关甲基化检测。因此对这款产品，研究者给予了很高的评价，目前此产品已停产，取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以单碱基分辨率覆盖了基因组中超过45万个甲基化位点，实现了基因区域和CpG岛的***覆盖。此外，还包括CpG岛之外的CpG位点，在人类干细胞中鉴定出的非CpG甲基化位点，以及**和正常组织中差异表达的甲基化位点等等。它的高覆盖度、高通量以及低价格。 四川技术服务售后分析提供样本DNA完整性质检结果。

荧光定量法（Methylight）

这种技术是在MSP技术上发展起来的，在MSP扩增过程中利用荧光染料进行定量。TaqMan? 探针法的应用使得该技术具有更高的精确性。其原理与SNP检测类似，针对亚硫酸氢盐处理之后的DN**段，在甲基化位点上会存在单碱基的差异，根据这种差异进行探针设计，随后进行实时定量PCR，就能够检测甲基化的差异。这种方法**的优势在于其高敏感性和较高通量，且无需在PCR后电泳、杂交等操作，减少了污染和操作误差。但是TaqMan? 探针订购费用较高，适用于少数位点大量样本筛选。

DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴，已经越来越受到研究者的关注。近些年来，随着DNA甲基化与组蛋白甲基化的联合作用机制、RNA干扰机制及去甲基化机制的发现，使得DNA甲基化研究受到***关注，从医学领域扩展到动植物研究当中，同时在研究方法上也取得了很大的突破。现在用于DNA甲基化检测的方法大概有十多种，从应用上来分，大致可以分成两类：全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。下面，我们就这两大类检测技术进行分析比较，以便于在实际的科研工作中进行选择。云生物提供DNA甲基化和羟甲基化的表观实验和信息分析技术服务。

    DNA羟甲基化(5hmC)是被认为是哺乳动物基因组上的第六碱基。Bisulfite-Seq并不能区分甲基化(5mC)和羟甲基化(5hmC)，实际上是5mC和5hmC两种修饰的混合信号，而通过氧化亚硫酸盐测序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq)，先将5hmC氧化为甲酰基修饰(5fC)，进而被亚硫酸盐转换为碱基U，实现DNA甲基化的精细检测。而同时对样本进行BS-Seq和oxBS-Seq测序则可实现对5hmC全基因组，单碱基分辨率的检测，是羟甲基化检测的金标准方案。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因组氧化-亚硫酸盐测序(WGBS/oxWGBS)得到了肝脏和肺以及配对**组织的全基因组DNA甲基化和羟甲基化图谱。在活跃的基因中，5hmC在CpGIslandshore中呈***富集状态，而在CpGIsland中则呈稀缺状态。对启动子、基因体和转录终止区域的羟甲基化分析，羟甲基化与基因表达有很强的正相关，这表明5hmC是活跃基因的标记，并且可以在由DNA去甲基化调节的基因表达中发挥作用。 芯片数据如何与二代、三代数据整合。辽宁焦磷酸测序技术服务方案

WGBS用于人、哺乳动物及农林牧渔方向的高水平甲基化研究。江苏850K芯片技术服务活动

    甲基化DNA免疫沉淀测序（MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，MeDIP-Seq）是通过5mC特异性抗体富集甲基化的DN**段，然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量，快速、高效地寻找甲基化区域。可广泛应用于甲基化与疾病关系研究。技术优势全基因组范围鉴定甲基化修饰区域针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域与WGBS技术相比，成本更低科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序，到数据分析每个项目有特定的科学问题；需要专业、有价值的建议；科学、缜密的设计及时高效的沟通；以保障高质量研究成果样本要求：基因组DNA:>=3ug；样品浓度>50ng/ul；无RNA和蛋白污染建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150。 江苏850K芯片技术服务活动