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    随着二代测序技术的告诉发展，测序成本大幅度下降，使得真正实现全基因组甲基化分析的研究成为可能。随着人类甲基化图谱绘制成功，已经陆续有多个物种的甲基化图谱构建完成。研究者将传统的DNA甲基化检测方法，如亚硫酸氢盐转化与高通量测序相结合，可以实现单碱基精度的甲基化图谱的构建。此外将成熟的MeDIP技术与二代测序相结合，可以快速有效地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。因此该技术也特别适用于大样本量的疾病表观研究。第三代测序技术的出现，更是让甲基化的直接测定成为可能。一年前，美国PacificBiosciences公司利用独有的单分子实时(SMRT)测序技术，直接测定了DNA的甲基化。这项成果发表在《NatureMethods》杂志上。 筛选耐药的相关biomaker及表观调控机制。上海850K芯片技术服务欢迎咨询

甲基化特异性PCR（MS-PCR）

DNA在亚硫酸氢盐作用后，DNA CpG若无甲基化，则序列中的C改变为U，若有甲基化则保持不变，因此从理论上讲，用不同的引物做PCR，即可检测出这种差异，从而确定基因有无CpG岛甲基化。因此根据目的基因修饰前后的改变，就可以相应设计M和U引物，有时我们需要设计两轮引物。

这种方法灵敏度高，无需特殊仪器，因此经济实用，是目前应用**为***的检测方法。不过也存在一定的局限性，预先需要知道待测片段的DNA序列，引物的设计非常重要。另外，亚硫酸氢盐处理也十分关键，若处理不完全则可能导致假阳性的出现。 上海TBS技术服务欢迎咨询高通量BSP测序结果多种展示形式。

    6mAIP-Seq送样要求一、送样类型基因组DNA、动植物组织(包含藻类等)二、保存方式基因组DNA、动植物组织(包含藻类)：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)；保存期间避免反复冻融。三、运输条件1、基因组DNA：冰袋或者干冰运输；2、植物组织(包含藻类)：干冰运输，顺丰陆运（3-4天时间），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；四、样本量要求1、基因组DNA：不少于6ug1）提供样本DNA完整性质检结果，例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等；2）提取基因组DNA，要加RNA酶，去除RNA污染;3）提取基因组DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水；样本体积不超过100ul;4）提供Qubit检测浓度，基于OD值的检测方法，例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、植物组织(包含藻类)：1g以上;植物组织，不同组织，送样量不同植物组织：从植物体上，取下新鲜组织，用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净，吸干；取不少于1g叶片等组织，对于果实等含糖很高的组织，送样前需要咨询技术人员。3、动物组织：30mg以上用预冷的1×PBS溶液洗掉组织表面残留的血液；取不少于30mg（1/2绿豆大小）组织块，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)。

安捷伦公司芯片平台因其强大的eArray探针设计平台，可以进行芯片的定制。在甲基化领域同样适用。合作伙伴利用Agilent芯片平台设计了一款专门针对**启动子区域CpG岛的甲基化芯片。绝大多数基因是针对基因的启动子区域的CpG岛设计探针。这款芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因，其中2128个和**发生有关系。从功能上分，有256基因和细胞凋亡有关，1273个基因和信号传导有关，487个基因和压力和衰老有关。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理进行甲基化检测的方法探针的分辨率可以精确到100 bp。FFPE样本只需要室温运输。

技术优势

1、ChIP-Seq 能实现真正的全基因组分析。目前所能获得的芯片上固定的探针只能**全基因组部分序列，所获得的杂交信息具有偏向性。

2、对于结合位点分析，ChIP-Seq 通过寻找“峰”，结合分辨率可精确到10~30 bp，而芯片上探针由于长度所限，无法精确定位，即使目前比较高水平的商业芯片都无法提供可与ChIP-Seq 媲美的分辨率。

3、是所需样本数量。ChIP-chip 需要多达4~5 μg?的起始样本，在杂交之前需要进行LM-PCR，但可能导致背景增高，竞争性扩增等导致假阳性。而ChIP-Seq *需要纳克级起始材料，如SOLiD 起始材料可低至20ng。 云生物提供DNA甲基化和羟甲基化的表观实验和信息分析技术服务。江苏Chip-seq技术服务方案

不同的芯片平台，各自的实验过程也是不一样的。上海850K芯片技术服务欢迎咨询

    DNA甲基化修饰类型。5mc是表观遗传**重要的一种修饰，***存在于植物、动物等真核生物基因组中，被誉为“第五碱基”；5hmc是***发现的一种修饰碱基，成为哺乳动物的“第六碱基”；6mA在细菌、藻类及动植物基因组中存在。1992年，Frommeretal.将重亚硫酸盐处理结合测序进行DNA甲基化检测。从此，BisulfiteSequencing（BS）成为金标准方案。其特点是：单碱基分辨率；结合测序。甲基化5mc检测的金标准——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化检测**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,强化RRBS——高性价比DNA甲基化检测方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目标位点/基因甲基化验证方案。 上海850K芯片技术服务欢迎咨询