接触模式（Contact Mode）：优点：扫描速度快，是能够获得“原子分辨率”图像的AFM垂直方向上有明显变化的质硬样品，有时更适于用Contact Mode扫描成像。缺点：横向力影响图像质量。在空气中，因为样品表面吸附液层的毛细作用，使针尖与样品之间的粘着力很大。横向力与粘着力的合力导致图像空间分辨率降低，而且针尖刮擦样品会损坏软质样品（如生物样品，聚合体等）。非接触模式：优点：没有力作用于样品表面。缺点：由于针尖与样品分离，横向分辨率低；为了避免接触吸附层而导致针尖胶粘，其扫描速度低于Tapping Mode和Contact Mode AFM。通常用于非常怕水的样品，吸附液层必须薄，如果太厚，针尖会陷入液层，引起反馈不稳，刮擦样品。由于上述缺点，non-contact Mode的使用受到限制。轻敲模式：优点：很好的消除了横向力的影响。降低了由吸附液层引起的力，图像分辨率高，适于观测软、易碎、或胶粘性样品，不会损伤其表面。缺点：比Contact Mode AFM 的扫描速度慢。因而，通过光电二极管检测光斑位置的变化，就能获得被测样品表面形貌的信息。南昌原子力显微镜测试公司
原子力显微镜的工作模式是以针尖与样品之间的作用力的形式来分类的。主要有以下3种操作模式：接触模式（contactmode)，非接触模式（non-contactmode)和敲击模式(tappingmode）、接触模式从概念上来理解，接触模式是AFM直接的成像模式。AFM在整个扫描成像过程之中，探针针尖始终与样品表面保持紧密的接触，而相互作用力是排斥力。扫描时，悬臂施加在针尖上的力有可能破坏试样的表面结构，因此力的大小范围在10-10～10-6N。若样品表面柔嫩而不能承受这样的力，便不宜选用接触模式对样品表面进行成像。非接触模式非接触模式探测试样表面时悬臂在距离试样表面上方5～10nm的距离处振荡。这时，样品与针尖之间的相互作用由范德华力控制，通常为10-12N，样品不会被破坏，而且针尖也不会被污染，特别适合于研究柔嫩物体的表面。这种操作模式的不利之处在于要在室温大气环境下实现这种模式十分困难。因为样品表面不可避免地会积聚薄薄的一层水，它会在样品与针尖之间搭起一小小的毛细桥，将针尖与表面吸在一起，从而增加对表面的压力。焦作原子力显微镜测试价钱非接触模式非接触模式探测试样表面时悬臂在距离试样表面上方5～10nm的距离处振荡。
二极管激光器（Laser Diode）发出的激光束经过光学系统聚焦在微悬臂（Cantilever）背面，并从微悬臂背面反射到由光电二极管构成的光斑位置检测器（Detector）。在样品扫描时，由于样品表面的原子与微悬臂探针的原子间的相互作用力，微悬臂将随样品表面形貌而弯曲起伏，反射光束也将随之偏移，因而，通过光电二极管检测光斑位置的变化，就能获得被测样品表面形貌的信息。
在系统检测成像全过程中，探针和被测样品间的距离始终保持在纳米（10e-9米）量级，距离太大不能获得样品表面的信息，距离太小会损伤探针和被测样品，反馈回路(Feedback）的作用就是在工作过程中，由探针得到探针-样品相互作用的强度，来改变加在样品扫描器垂直方向的电压，从而使样品伸缩，调节探针和被测样品间的距离，反过来控制探针-样品相互作用的强度，实现反馈控制。因此，反馈控制是本系统的主要工作机制。本系统采用数字反馈控制回路，用户在控制软件的参数工具栏通过以参考电流、积分增益和比例增益几个参数的设置来对该反馈回路的特性进行控制。
AFM液相成像技术的优点在于消除了毛细作用力，针尖粘滞力，更重要的是可以在接近生理条件下考察DNA的单分子行为。DNA分子在缓冲溶液或水溶液中与基底结合不紧密，是液相AFM面临的主要困难之一。硅烷化试剂,如3-氨丙基三乙氧基硅烷（APTES）和阳离子磷脂双层修饰的云母基底固定DNA分子，再在缓冲液中利用AFM成像，可以解决这一难题。在气相条件下阳离子参与DNA的沉积已经发展十分成熟，适于AFM观察。在液相条件下，APTES修饰的云母基底较常用。DNA的许多构象诸如弯曲，超螺旋，小环结构，三链螺旋结构，DNA三通接点构象，DNA复制和重组的中间体构象，分子开关结构和药物分子插入到DNA链中的相互作用都地被AFM考察，获得了许多新的理解、；因此，反馈控制是本系统的主要工作机制。
AFM对RNA的研究还不是很多。结晶的转运RNA和单链病毒RNA以及寡聚Poly(A)的单链RNA分子的AFM图像已经被获得。因为在于不同的缓冲条件下，单链RNA的结构变化十分复杂，所以单链RNA分子的图像不容易采集。（利用AFM成像RNA分子需要对样品进行特殊和复杂的处理。Bayburt等借鉴Ni2+固定DNA的方法在缓冲条件下获得了单链Pre-mRNA分子的AFM图像。他们的做法如下：(1)用酸处理被Ni2+修饰的云母基底以增加结合力；(2)RNA分子在70℃退火，慢慢将其冷却至室温再滴加在用酸处理过的Ni2+-云母基底上。采用AFM单分子力谱技术，在Mg2+存在的溶液中，Liphardt等研究了形貌多变的RNA分子的机械去折叠过程，发现了从发夹结构到三螺旋连接体这些RNA分子三级结构的过渡态。随后他们又利用RNA分子证实了可逆非平衡功函和可逆平衡自由能在热力学上的等效性。）扫描样品时，利用传感器检测这些变化，就可获得作用力分布信息；山东原子力显微镜测试技术
扫描时，悬臂施加在针尖上的力有可能破坏试样的表面结构，因此力的大小范围在10-10～10-6N。南昌原子力显微镜测试公司
适用于对生物大分子、聚合物等软样品进行成像研究特点：对于一些与基底结合不牢固的样品，轻敲模式与接触模式相比，很大程度地降低了针尖对表面结构的“搬运效应”。样品表面起伏较大的大型扫描比非接触式的更有效。测试优势：1)低漂移和低噪音水平；2)配置有专有ScanAsys原子成像优化技术，可以简易快速稳定成像；3)测试样品尺寸可达：直径210mm，厚度15mm；4)温度补偿位置传感器使Z轴和X-Y轴的噪音分别保持在亚-埃级和埃级水平，并呈现出前所未有的高分辨率。；5)全新的XYZ闭环扫描头在不损失图像质量的前提下提高了扫描速度；6)测试样品尺寸可达：直径210mm，厚度15mm；AFM应用技术举例：AFM可以在大气、真空、低温和高温、不同气氛以及溶液等各种环境下工作，且不受样品导电性质的限制，因此已获得比STM更为广泛的应用。 南昌原子力显微镜测试公司
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