PNGase F (N-糖酰胺酶F或肽N-糖苷酶 F）

在PCR产物的克隆中，Lambda核酸外切酶（λExonuclease）有其特定的应用和优势，但它不能完全替代其他酶。以下是一些替代酶和它们的特点：1.**ExonucleaseIII（ExoIII）**：-ExoIII具有3'→5'外切脱氧核糖核酸酶活性，尤其适合双链DNA的平末端、5'-突出末端或切口，从DNA链的3'-端释放5'-单磷酸核苷酸，产生单链DNA片段。-与Lambda核酸外切酶相比，ExoIII对具有3'-突出末端的DNA有活性，而Lambda核酸外切酶则对5'-磷酸化的双链DNA有更高的活性。2.**TaqDNA聚合酶**：-在平端克隆中，可以使用TaqDNA聚合酶和dATP进行“3'dA加尾”，以提高连接效率。-这种方法通过在PCR产物的3'端添加突出的腺嘌呤（dA），增加了与载体连接的可能性，从而提高克隆效率。3.**TOPO克隆载体**：-TOPO克隆载体含有共价连接的DNA拓扑异构酶I，可同时作为限制性内切酶和连接酶。-与传统PCR克隆载体相比，TOPO克隆载体具有更短的连接反应时间、更高的克隆效率以及更简单的分子克隆实验方案。综上所述，虽然Lambda核酸外切酶在特定情况下非常有用，但它不能完全替代其他酶。每种酶都有其独特的特性和应用场景，选择合适的酶取决于具体的克隆需求和实验设计。利用His标签通过亲和层析从细胞裂解物中纯化目标蛋白，然后可能通过离子交换层析、等方法进一步提纯。PNGase F (N-糖酰胺酶F或肽N-糖苷酶 F）

BsuDNAPolymerase(LargeFragment,5U/μL)是一种来源于嗜热脂肪芽孢杆菌（Bacillussubtilis）的DNA聚合酶。这种酶保留了BsuDNAPolymeraseI的5'-3'聚合酶活性，但缺失了5'-3'核酸外切酶结构域，因此它具有链置换活性，可以用于重组酶聚合酶扩增（RPA）等恒温扩增技术。以下是BsuDNAPolymerase(LargeFragment,5U/μL)的一些关键特性和应用：1.**活性定义**：在37°C条件下，30分钟内将10nmol的dNTP掺入酸不溶性物质所需的酶量定义为1个活性单位（U）。2.**热失活条件**：75°C，20分钟。3.**酶保存液成分**：25mMTris-HCl,50mMNaCl,1mMDTT,0.1mMEDTA,50%Glycerol,pH7.4@25°C。4.**储存条件**：-25~-15°C保存，有效期2年。5.**注意事项**：-由于缺乏3'-5'核酸外切酶活性，BsuDNAPolymerase(LargeFragment)不能切除3'未配对的突出末端，因而不适用于生成平齐末端。-25°C时BsuDNAPolymerase(LargeFragment)保留50%的活性，是同温度下Klenow片段(3'-5'exo-)的两倍。6.**应用**：-随机引物法标记。-cDNA第二条链的合成。-单个dA的加尾。-链置换的DNA合成。Recombinant Human Nectin-2/CD112 ProteinFnCas12a在切割DNA时产生黏性末端，有助于提高同源定向修复（HDR）的效率。

pA-MNase（蛋白A-微球菌核酸酶）在以下实验中特别有用：1.**ChIC(ChromatinImmunocleavage)**：这是一种用于研究蛋白质-DNA相互作用的技术，pA-MNase在此技术中用于在免疫沉淀后切割染色质DNA，以分析特定蛋白质与DNA的结合位点。2.**CUT&RUN(CleavageUnderTargetsandReleaseUsingNuclease)**：这是一种蛋白质-基因组互作研究技术，pA-MNase在此技术中用于在目标蛋白质被抗体识别后，通过核酸酶活性切割附近的DNA，从而释放与目标蛋白质相互作用的DNA片段。CUT&RUN技术相比传统的ChIP-Seq具有实验周期短、信噪比高、可重复性好以及细胞投入量低的优势，尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、**以及表观遗传学等研究领域。3.**染色质免疫沉淀实验**：pA-MNase在染色质免疫沉淀实验中用于染色质片段化，它在核小体间DNAlinker上进行切割保持了核小体的完整性，并且由于其温和的酶解条件，消除了超声功率的可变性和超声过程中染色质乳化所带来的负面影响。4.**去除核酸污染**：pA-MNase也可用于去除细胞裂解液中的核酸，以减少样品的粘度，这对于后续的蛋白质分析实验尤为重要。

确保Cre重组酶只作用于特定细胞，主要通过以下几种方式实现：1.**组织特异性启动子**：-利用组织特异性启动子控制Cre重组酶的表达，可以确保Cre酶只在特定组织或细胞中表达。这种方法通过将Cre基因置于特定细胞类型特有的启动子控制之下，实现对Cre酶表达的精确控制。2.**诱导型Cre重组酶系统**：-通过使用Cre-ERT（雌素受体突变体与Cre重组酶的融合蛋白），可以实现对Cre活性的时间控制。在无他莫昔芬诱导时，Cre-ERT与热激蛋白Hsp90结合，定位于细胞质中；当他莫昔芬给药诱导时，Hsp90脱离Cre-ERT，使Cre-ERT进入细胞核发挥基因重组的作用。这种系统相当于为Cre-Lox系统加装了一个由他莫昔芬控制的外源开关，使得体内基因编辑更具时空灵活性。3.**药物诱导的Cre系统**：-例如Tet-on系统，通过四环素或其衍生物多西环素的添加来激起基因表达。在三重转基因动物中，rtTA在特定启动子的控制下表达，多西环素与rtTA结合，Cre的表达，导致固定的报告基因重组。4.**AAV递送Cre**：-利用包含组织特异性启动子的腺相关病毒（AAV）载体可以选择性地将Cre重组酶递送至特定细胞。

泛素连接酶E3识别特定的靶蛋白，并促进E2上的泛素转移到靶蛋白的赖氨酸残基上，形成靶蛋白-泛素复合物。

CUT&RUN和ChIC是两种用于研究蛋白质-DNA相互作用的技术，它们有一些关键的区别：1.**技术原理**：-**ChIC（ChromatinImmunocleavage）**：ChIC技术利用抗体将感兴趣的蛋白与ProteinA-MNase相结合来进行DNA切割。ChIC的优势在于使用TF特异性抗体系住MNase，并只在结合位点裂解。-**CUT&RUN（CleavageUnderTargetsandReleaseUsingNuclease）**：CUT&RUN技术则是在核的轻微MNase处理后释放单核小体和TF-DNA复合物，留下寡核小体。CUT&RUN通过在冰上进行简短的消化反应，在TF结合的MNase扩散到周边的基因组和裂解可接近的染色质之前在上清中恢复TF-DNA复合物。2.**操作步骤和简便性**：-**ChIC**：ChIC可能需要甲醛固定操作，这可能重新引入了ChIP-seq的一些问题，如交联导致的DNA和蛋白质的化学修饰。-**CUT&RUN**：CUT&RUN简化了操作步骤，使用磁珠固定细胞核，适用于新鲜和冷冻组织样本，缩短了生成DNA测序文库的时间（1-2天）。3.**背景信号和信噪比**：-**ChIC**：ChIC产生的背景信号可能较高，因为它可能涉及到非特异性的DNA切割。

SpCas9-NLS的N端和C端都融合了SV40 T抗原的核定位信号，这使得Cas9蛋白与gRNA形成的复合物。PNGase F (N-糖酰胺酶F或肽N-糖苷酶 F）

在比较BstDNA聚合酶和TaqDNA聚合酶对于复杂DNA片段扩增的适用性时，以下是一些关键点：1.**TaqDNA聚合酶**：-TaqDNA聚合酶因其高热稳定性和扩增效率而被应用于常规PCR。它扩增速度为30-60秒/kb，缺乏3'→5'核酸外切酶活性，无校正功能，易产生错配碱基。-对于结构复杂的模板，如GC含量高、有二级结构等，TaqPlus可以用于扩增，能有效地扩增10kb以下的片段。-有产品如TitaniumTaqDNA聚合酶，它是通过基因工程改造的Taq酶，缺失了5'-3'外切酶活性，具备更强大的扩增性能，适合扩增高度复杂的DNA混合物。2.**BstDNA聚合酶**：-BstDNA聚合酶具有高适温度，能够适应更加苛刻的扩增条件，同时消除DNA二级结构，因而能够准确并且均匀地扩增全基因组序列。-BstDNA聚合酶大片段能够优先扩增短片段的DNA，并且能够确保扩增得到的DNA覆盖了整个基因组，连贯并且无偏地扩增所有的遗传位点。-翌圣生物HieffCanace®PlusHigh-FidelityDNAPolymerase基于PfuDNA聚合酶改造而成，其保真性是Taq酶的83倍，Pfu酶的9倍，扩增速度高达10秒/kb，扩增目的片段长达13kb，具有极强的扩增效率的模板适应性，非常适合复杂模板的高保真扩增。