慢病毒大规模纯化的捕获步骤包括：膜过滤澄清，随后切向流过滤/超滤或者体积排阻色谱浓缩。此外，需用核酸酶（benzonase或M-SAN HQ中盐核酸酶）来去除细胞残留的、质粒来源的DNA污染。这两个步骤顺序可以调整，依据项目工艺而定。两种工艺路线各有优缺点：先用核酸酶消化的优点是可去除大的DNA片段，且后续步骤可以去除残留核酸酶；但所用的核酸酶的量也非常大。与此相反，将核酸酶步骤后置的优点是大幅降低核酸酶的量(成本降低)；但后面的步骤必须有将核酸酶去除的能力。此外，后期用核酸酶的缺点是核酸污染可能会结合慢病毒颗粒形成沉淀，进而导致慢病毒在纯化中流失，从而影响得率。中盐核酸酶适宜pH范围广（pH7.2-8.7），且在125–250mM盐浓度内具有较高活性。湖北生理盐条件中盐核酸酶70950-160
通过三质粒瞬转体系生产病毒载体，会引入宿主细胞DNA残留（HCD）、蛋白残留（HCP）、工艺杂质（如antibiotics、核酸酶等外源物质）等污染，存在潜在的致瘤性和免疫原性等风险。药品监管机构一般允许生物制品中存在10ng/dose以下的残留DNA。此外，根据杂质来源、工艺以及产品类型不同，也会对HCD限度做不同要求。为了达到这个要求，一般通过核酸酶处理和色谱联用的方法。一般在细胞培养液裂解/收获、澄清收获及超滤浓缩等环节加入核酸酶处理，需要工艺摸索来确认处理方式。山西等渗条件中盐核酸酶ArcticZymes的产品开发、生产、销售和营销过程均通过ISO13485质量标准的认证。
核酸酶活性受到很多因素影响，如盐浓度、pH、底物、温度等。因此，不同客户、不同项目中核酸酶的使用条件都不一。目前，生物制药行业对Benonase全能核酸酶的使用比较熟悉，如生理盐或低盐浓度、脱盐操作等。对于大部分使用Benzonase的项目，使用M-SAN HQ中盐核酸酶可以完全替代，而且温度、Mg2+浓度等条件不用做任何调整，同样酶量的M-SAN HQ对宿主细胞DNA（HCD）的去除效果更好、病毒载体得率更高。经过工艺优化后，可以将M-SAN HQ中盐核酸酶的用量减少到原来的1/3-1/2，且HCD去除效果及产品得率更高。
病毒载体作为细胞药物生产的关键原材料，直接关系到细胞产品质量。载体质量的控制和工艺稳定性和批间一致性都是关系到产品能否产业化的关键。在生产纯化过程中，需要去除上游过程中的培养基成分、诱导剂、宿主蛋白和核酸等杂质，但是由于逆转录病毒颗粒比较大，高异质表面糖蛋白，而且活性易于受剪切影响，对下游纯化提出了巨大的挑战。目前病毒载体纯化方法包括超速离心、离子交换层析、分子排阻层析、亲和层析、渗滤等。各种方法各有利弊，就产业化而言，离子交换纯化效果比较好，条件易于摸索，易于规模放大。M-SAN HQ ELISA kit规格是12*8 strip，提高使用效率。
宿主细胞DNA残留的担忧是基于致ai风险理论，特别是生产细胞系所包含的致ai序列，比如较常见腺病毒基因E1A和E1B（HEK293, PerC.6 和CAP 细胞系），人乳tou瘤病毒E6和E7基因（HeLa细胞系)等。当使用致ai细胞系生产AAV时，下游纯化须尽可能减少残留DNA。工业上一般使用核酸酶分解残留DNA，普遍认为小于200 bp的DNA片段可有效降低致ai风险。宿主细胞蛋白残留与免疫原性、炎症或过敏性休克有关。尽管与非人类的生产原料相比（非人类细胞系如BHK21或昆虫细胞，以及辅助病毒如HSV、腺病毒、杆状病毒），人类细胞免疫原性比较弱。M-SAN HQ ELISA kit检测产品能定量检测该核酸酶，与中盐核酸酶搭配用在medicine生产。湖北上海倍笃生物中盐核酸酶70950-150
M-SAN HQ ELISA kit检测产品操作简单，1.5–2hr即可完成检测。湖北生理盐条件中盐核酸酶70950-160
慢病毒载体既可以转导分裂细胞也可以转导非分裂细胞，被认为是安全的，并且可以提供长期的转基因表达，是目前较通用的基因转移方法之一。因慢病毒载体能有效地转导靶细胞，如造血干细胞和T细胞，在细胞和基因药物中的应用越来越guang泛。源自人类胚胎肾细胞的HEK293细胞系是成熟的生产LV的系统，因为它们非常适合悬浮培养并且易于转染。在无血清培养基中的悬浮培养在大规模生产中具有优势，因为它消除了批次之间的差异并降低了不定因子污染的风险。湖北生理盐条件中盐核酸酶70950-160
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