基因疗法制造商面临的挑战与抗体疗法刚出现时单克隆抗体制造商面临的挑战相似。例如，在生产、储存和处理过程中，单克隆抗体也会受到低滴度、产品和工艺相关杂质和降解的挑战。尽管与重组单克隆抗体相比，单剂量AAV产品与工艺相关杂质相关的风险可能更低（取决于杂质的类型、剂量和给药途径），但这也不能忽视。由于这些相似性，制药商、化学品和辅料供应商有机会进行合作，并开发创新的解决方案，以实现稳健和成本效益高的AAV产品生产。SAN HQ高盐核酸酶具有热不稳定的特性，在还原剂存在条件下，50℃、30min孵育即可失活；吉林基因药物生产用高盐核酸酶70921-202
由于Triton X-100的降解产物对环境影响很大，自2023年12月22日起，欧盟将禁止使用Triton X-100生产试验性医疗产品等。请注意，含有≤0.1% (w/w) Triton X-100表面活性剂的物质不被视为危险物质，仍然可以进口到欧洲。由于该产品通常不用作生物制品或先进疗法的赋形剂，因此在欧洲以外生产的大多数药物在其开发商考虑在欧盟生产之前不需要生产变更。此外，已经获得许可的药物及其赋形剂不受该规则约束。所有其它希望在欧盟生产生物药物和研究产品的生产商都必须寻求Triton X-100的替代品并验证它们对各自用途的适用性。为了支持客户项目更好在欧盟区域申报上市，ArcticZymes Technologies于2019年推出了Triton X-100 Free的SAN HQ TF高盐核酸酶。与SAN HQ高盐核酸酶相比，SAN HQ TF用Tween-20替代了Triton X-100，酶活性能完全一致。目前，SAN HQ和SAN HQ TF都有项目在临床阶段，相关性能都得到了行业客户的认可。山西高盐条件高盐核酸酶70921-150SAN HQ具有合规的资质及完善的文件体系，支持制药领域严格的监管要求。
ArcticZymes厂家对盐活性核酸酶系列产品（Salt Active Nucleases，SANs）的生产及质控，包括SAN HQ高盐核酸酶和M-SAN HQ中盐核酸酶，在符合ISO13485:2016体系基础上，增加了cGMP质控标准，如microbes、endotoxin、蛋白酶等；同时提供TSE/BSE声明、无动物源（Animal-Origin Free）声明、非转基因声明等文件协助药物申报。此外，ArcticZymes的生产场地接受客户的定期审计，其第三方审计文件已得到国际TOP CDMO及Biotech的认可，并已经成为国际TOP CDMO的供应商。具体文件体系可以跟厂家或对应销售人员联系。
在生物工艺流程中，需要使用核酸酶去除终产品中的核酸污染，而核酸酶作为外源成份，也需要在生产流程中去除。核酸酶去除工艺包括热灭活法、酶抑制剂、离子交换和亲合层析法等。AAV衣壳亚种之间因表面电荷的差异导致不同的的等电点，——空衣壳pI在6.3左右，包装了完整基因组DNA后的病毒颗粒pI大致为5.9。而来自于S.marcescens的全能核酸酶pI 6.85左右，SAN HQ高盐核酸酶pI 9.6左右。因此，在同样的条件下，从AAV溶液中去除SAN HQ高盐核酸酶比去除Benzonase全能核酸酶更容易、更彻底。SAN HQ终产品放行检测包括微生物、Fungus及Endotoxin检测等；
基因药物常用的AAV载体有三种生产方法，分别是三质粒瞬转体系、杆状病毒表达载体体系和包装细胞体系。其中，20多年前开发的三质粒瞬转表达技术仍然占据腺相关病毒AAV生产的主流地位，其三质粒分别是Helper质粒（含E2a/b、E4和VARNA基因）、目标基因表达质粒及辅助质粒（含Cap和Rep基因）。虽然AAV病毒载体的血清型不同，但AAV的生产流程基本一致，主要有质粒共转宿主细胞HEK293、293细胞生产病毒颗粒、从细胞培养上清或/及细胞裂解液中收获病毒载体、纯化/制剂/无菌过滤/灌装等流程。在符合ISO13485:2016体系基础上，增加了cGMP相应要求。广东高盐条件高盐核酸酶70921-150
SAN HQ应用于生产工艺流程中，有效去除核酸污染；截止目前，已用于全球20+临床项目中。吉林基因药物生产用高盐核酸酶70921-202
相比传统的Benzonase核酸酶，SAN HQ高盐核酸酶的优势是在400mM-600mM盐浓度条件下具有适宜酶活性。在这个条件下，AAV病毒载体聚集更少、更加稳定；SAN HQ的使用能够简化生产工艺、降低酶用量及成本，不需额外脱盐操作；AAV病毒载体得率更高，且HCD残留更少、AAV产物更稳定。曲光教授在2005年发表的文章中，以AAV2为例探讨了引起AAV病毒聚集的因素，并探索了AAV病毒纯化和制剂过程中抑制聚集的方法。该文章通过筛选发现，高盐浓度能够抑制AAV病毒团聚，让AAV病毒更加稳定，且高盐浓度并不削弱AAV病毒的侵染活性。吉林基因药物生产用高盐核酸酶70921-202
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