选择荧光染料时要考虑那些因素：激发波长处的消光系数应尽可能高：消光系数是衡量可以吸收多少光子的量度。量子产率应该尽可能高：这是吸收光子与发射光子的比率。消光系数和量子产率的乘积就是亮度。荧光染料应该是光稳定的：遗憾的是，比较不同公司染料的光稳定性的研究并不多。光致变色行为：对于STORM实验，您需要一个闪烁的荧光团。但是，对于分子跟踪实验，您***不想要闪烁的荧光团。活/死细胞渗透性。您想要的反应侧基（例如HaloTag、抗体等）。当您使用多个荧光探针时，尤其是当您量化共定位时，请谨慎处理其他颜色通道中的渗色。单独测试所有荧光探针以评估渗透。吲哚菁绿在生物识别和药物输送方面也有广泛的应用。重庆荧光染料Cy5.5
荧光染料在细胞实验中具有广泛的应用1、细胞膜标记：可以使用荧光染料标记细胞膜，以观察和研究细胞膜的动态和结构变化。2、染色体和DNA标记：用荧光染料标记染色体或DNA，可以观察和分析DNA复制、转录、修复等过程3、蛋白质标记：通过荧光染料标记蛋白质，可以研究蛋白质的相互作用、定位和运动等特性。4、细胞器标记：使用特定波长的荧光染料可以标记和可视化细胞中的线粒体、溶酶体等细胞器。5、神经科学应用：荧光染料在神经科学中也有广泛应用，如标记神经元和突触，观察神经信号的传递等。6、基因表达分析：通过荧光染料标记基因表达产物，可以定量分析基因的表达水平和细胞中的分布情况。重庆荧光染料Cy5.5小动物成像荧光染料是一种先进的技术可以在小动物体内实时观察和研究细胞、组织的功能和代谢过程。
3.粘壁细胞的染色（1）使粘壁的细胞在无菌实验室培养。（2）从培养基中移走盖玻片，吸走过量培养液，将盖玻片放在潮湿的环境中。（3）在盖玻片的一角加入100μL的染料工作液，轻轻晃动使染料均匀覆盖所有细胞。（4）在37℃培养细胞2～20分钟，不同的细胞比较好培养时间不同。（5）吸干染料工作液，用培养液洗盖玻片2～3次，每次用预温的培养基覆盖所有细胞，培养5～10分钟，然后吸干培养基。
4.显微镜检测（1）DiD，DiO，DiI，DiR和DiS滤光器的选择参见表1。（2）多色染料的同时检测，滤光器按照以下设定：a)DiI和DiO＝OmegaXF52，Chroma51004；b)DiI和DiD＝OmegaXF92，Chroma51007；c)DiI，DiO和DiD＝OmegaXF93，Chroma61005
5.流式细胞仪的检测DiD，DiO，DiI，DiR和DiS染色的细胞可以分别用经典的FL1，FL2，FL3和FL4流式细胞仪检测。
藻红蛋白-藻红蛋白(PE)是一种红色蛋白色素复合物，属于藻胆蛋白家族。它可以在红藻和隐植物中找到，它作为叶绿素色素的附属物。在生物科学中，荧光团可以与蛋白质结合，例如用于抗原检测的抗体等，因为它能够发出明亮的荧光。由于荧光团往往会很快发生光漂白，因此很少在荧光显微镜中使用。它经常用于流式细胞术。※别藻蓝蛋白(APC)-与藻红蛋白一样，别藻蓝蛋白也属于藻胆蛋白家族，是从红藻中分离出来的。在594和633nm的激光线激发下，荧光团的比较大吸光度在650nm处，而荧光发射峰在66nm处。与荧光素偶联物相比，荧光团的灵敏度已显示高5至10倍，并具有许多其他有益特性，包括大斯托克斯位移、高水溶性、长波长发射和耐猝灭。虽然别藻蓝蛋白通常不用于需要光稳定性的应用，但它***用于流式细胞术、ELISA、微阵列等过程以及各种依赖高灵敏度的应用。生物发光是利用荧光素酶报告基因在体内表达产生的荧光蛋白与体外注射的荧光素底物发生化学反映产生荧光。
琥珀酰亚胺酯（Succinimidylesters）/NHS酯活性荧光染料用于标记抗体，蛋白质，肽，胺修饰的寡核苷酸和其他生物分子上的游离氨基（-NH2）2、马来酰亚胺（Maleimides）活性荧光染料用于标记抗体，蛋白质和肽上的巯基3、叠氮化物(Azides)活性荧光染料通过点击化学法（Click）标记乙烯基4、炔烃(Alkynes)活性荧光染料通过点击化学方法标记叠氮化物5、羧酸(Carboxylicacids)活性荧光染料经碳二亚胺预活化后用于标记胺或用于醇的Steglich酯化6、氨基(Amines)活性荧光染料具有游离氨基的荧光染料，用于与各种亲电子化合物（如活化的酯和环氧化物）偶联。DiR的红外荧光可以穿透细胞和组织，在小动物成像中用来示踪。重庆荧光染料Cy5.5
Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。重庆荧光染料Cy5.5
罗丹明属于呫吨族。与市场上的许多其他染料相比，罗丹明具有出色的光稳定性以及许多光物理特性，使其非常适合用作激光染料、荧光探针和颜料。它们在聚合物纳米粒子表面的表征、聚合物-生物偶联物的检测、活细胞的成像以及寡核苷酸在胶乳上的吸附分析等方面特别有用。罗丹明荧光染料的衍生物也用作：分子开关，病毒表面修饰，化学传感器，硫醇。不同类型的染料通过它们各自的取代基（R1、R2、R3、R4和G）来区分。由于它们的差异，这些荧光染料在溶液中也表现出不同的光物理特性（例如不同的荧光寿命和发射比较大值）。氨基被刚性化的罗丹明染料无论温度范围如何都表现出高量子产率，而在每个氮处具有两个烷基取代基的那些表现出活化的内部转化，量子产率和荧光寿命随温度的变化而变化。罗丹明101和罗丹明B是一些**常用的罗丹明染料具有以下特点：--羧基倾向于在酸性溶液中质子化--染料转化为两性离子碱性溶液--两性离子染料在极性较小的有机溶剂中变为无色内酯要将罗丹明用作荧光探针，必须对其进行修改。这可以通过(thexanthenemoiety)氨基、羧基苯基环或羧酸基团的修饰来实现。与TRITC一样，罗丹明(NHS-rhodamine)的荧光特性为544nm（比较大吸收波长）和576nm（比较大发射）。重庆荧光染料Cy5.5
