把人体内所有微生物菌群基因组的总和称为“人体宏基因组”（human metagenome）。人类宏基因组学（human metagenomics）研究人体宏基因组结构和功能、相互之间关系、作用规律和与疾病关系的学科。它不仅要把总体基因组序列信息都测定出来，而且还要研究与人体发育和健康有关的基因功能。人类宏基因组计划目标是：把人体内共生菌群的基因组序列信息都测定出来，而且要研究与人体发育和健康有关的基因功能。宏基因组工程与海洋生物学进行有机的结合，促使人类了解许多为培养海洋微生物的基因组序列及其功能产物，在海洋天然药物研究、海洋极端环境微生物研究、海洋微生物多样性探索中具有十分重要的应用前景。促使基于测序的宏基因组作为感兴趣的功能活性筛选应用中可选择的方法之一。高通量测序成本
微生物的定义：微生物是指那些肉眼难以看清、需要借助显微镜才能观察到的微小生物，包括细菌、古菌、、病毒等。环境的范围：环境可以是土壤、水体、空气、生物体表面等各种生态位，其中都存在着大量的微生物。基因组的概念：基因组是指一个生物个体或一个物种的所有遗传信息的总和，包括染色体上的 DNA 以及线粒体、叶绿体等细胞器中的 DNA。总和的含义：“宏基因组是指环境中所有微生物的基因组总和”这句话的意思是，将环境中所有微生物的基因组相加，得到的就是宏基因组。根部微生物通过宏基因组测序，可以深入了解微生物群体的生态功能和响应机制。
通过现代测序技术，我们可以以较低成本、较短时间内获得大量的宏基因组测序数据，从而实现对微生物群落的、快速、准确的研究。在实际应用中，宏基因组测序已经被广泛应用于各种研究领域。比如在环境微生物学领域，利用宏基因组测序可以研究不同环境中的微生物群落组成、功能和代谢途径，帮助我们了解和保护自然生态系统。在医学领域，宏基因组测序可以帮助我们研究宿主微生物组的变化与疾病的关系，为疾病的预防和提供新的思路和方法。能够帮助我们了解微生物群落的组成和功能，为环境保护、资源利用、疾病防治等提供有力支持，具有重要的应用价值和发展前景。
随着测序技术的不断发展和改进，宏基因组测序和环境 DNA 测序的优缺点也在不断变化和优化。未来，我们可以期待这些技术在灵敏度、准确性和成本等方面的进一步提升，为微生物学研究和环境保护提供更有力的支持。宏基因组测序的缺点：数据量大：产生的测序数据量庞大，需要强大的计算资源和数据分析能力。复杂的数据分析：需要专业的生物信息学知识和技能来处理和解释测序数据。成本较高：测序成本相对较高，尤其是对于大规模的研究项目。难以确定微生物的活性：只能提供微生物的遗传信息，无法确定它们的活性状态。对宏基因组的深入研究将为解决全球性问题提供重要的科学依据。
在实际应用中，宏基因组测序和环境DNA测序已经在许多领域取得了成果。在生态学研究中，它们帮助我们了解生态系统的结构和功能，以及生物之间的相互关系。在环境保护方面，它们可用于监测和评估环境污染，制定相应的保护措施。在农业领域，这些技术可以用于改善土壤健康、提高农作物产量，并减少对环境的负面影响。然而，宏基因组测序和环境DNA测序也面临一些挑战。例如，数据分析和解释的复杂性、样品处理和质量控制的要求等。此外，还需要进一步研究和开发新的算法和工具，以更好地处理和利用这些大量的数据。宏基因组测序不同物种的数量、种类和功能潜力。高通量测序成本
通过宏基因组测序，科学家们可以发现新的微生物物种。高通量测序成本
早期预警和监测：宏基因组测序可以用于环境监测和公共卫生领域，及时发现潜在的病原体和污染物，提供早期预警和监测，有助于采取相应的措施来保护公众健康和环境安全。成本效益：随着测序技术的不断发展和成本的降低，宏基因组测序的成本逐渐降低，使其更地应用于各个领域。宏基因组测序的优势在于其全面性、高分辨率、发现新物种和基因的能力，以及在多个领域的广泛应用。它为我们提供了一个深入了解微生物世界的窗口，为解决许多全球性问题提供了新的思路和方法。高通量测序成本
