选择荧光染料时要考虑那些因素：激发波长处的消光系数应尽可能高：消光系数是衡量可以吸收多少光子的量度。量子产率应该尽可能高：这是吸收光子与发射光子的比率。消光系数和量子产率的乘积就是亮度。荧光染料应该是光稳定的：遗憾的是，比较不同公司染料的光稳定性的研究并不多。光致变色行为：对于STORM实验，您需要一个闪烁的荧光团。但是，对于分子跟踪实验，您***不想要闪烁的荧光团。活/死细胞渗透性。您想要的反应侧基（例如HaloTag、抗体等）。当您使用多个荧光探针时，尤其是当您量化共定位时，请谨慎处理其他颜色通道中的渗色。单独测试所有荧光探针以评估渗透。Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。青海脂溶荧光染料
其他细胞结构常用染料生物染料在细胞结构和组分鉴定中有着广泛的应用，除细胞膜研究外，我们经常也会对一些其它细胞结构及成分进行探索，例如线粒体、溶酶体、蛋白质、细胞核等，而对于不同的细胞结构有不同的染料进行染色细胞染色神器DAPI+PhalloidinDAPI染色液（DAPIStainingSolution）常用于细胞核染色，可将细胞核染成蓝色。鬼笔环肽（Phalloidin）是细胞骨架的染色神器，罗丹明标记的Phalloidin（TRITC-Phalloidin）可将细胞染成橙红色，DAPI与Phalloidin染色液是研究细胞形态变化时经常用到的两种共染的试剂，染色效果可见A1-E1用TRITC-鬼笔环肽（橙红）染色的细胞骨架免疫荧光图；A2-E2用DAPI（蓝色）染色的细胞核免疫荧光图；A3-E3合并的L929细胞免疫荧光染色图。是S100A16过表达或下调前后PDAC细胞形态的变化。免疫荧光荧光染料激发Super Fluor 750（效果同Alexa Fluor 750）荧光染料。
荧光染料:能发出荧光的染料。在吸收紫外线或可见光后，能把短波长的光转变为波长较长的可见光波而反射出来，呈闪亮的鲜艳色彩。例如，酸性曙红、荧光黄、红汞以及某些分散染料等。它们大多是含有苯环或杂环并带有共轭双键的化合物。荧光染料可以单独使用，也可以组合成复合荧光染料使用。其中复合荧光染料是利用荧光共振能量转移技术合成的荧光染料，由距离非常近、能量可以在彼此间传递的一个供体及一个受体荧光物分子所组成。复合染料在受体分子的激发波长被激发，在供体分子的发射波长发射一个光子。荧光染料发展非常迅速，已开发的用于科研和临床应用的荧光染料已基本覆盖了由紫外到可见光及红外的整个光谱范围。
细胞培养后，需要对其生长情况、形态甚至生物学性状进行观察。由于细胞小而复杂，若不借助适当的手段，难以观察其形态、结构，更难发现细胞内各种组分的分子组成及功能。目前，已有多种研究细胞的技术，从光学显微镜到电子显微镜，从一般细胞化学法到免疫化学法。细胞染色是研究细胞生物学特征的一种常用手段，然而，对于细胞实验新手来说，想要获得一张漂亮的细胞染色图并不容易。染色试剂不会选、细胞染色不均匀、染色时切片脱落等都是很常见的问题。
细胞膜常用染料DiD、DiR、DiO和DiI染料是最常见的细胞膜染料（见表2），它们是一族亲脂性的荧光染料，用于细胞的形态学和结构研究。该系列染料进入细胞膜后，会在整个细胞膜上侧向扩散，在比较好浓度时可以使整个细胞膜染色。其中DiD染料的染色效率高，染色均一，荧光不易猝灭，无明显细胞毒性，且受自身荧光背景干扰小。目前DiD已成功应用于多种细胞的体内示踪研究，如Treg细胞、间充质干细胞、肿瘤细胞、造血干祖细胞等。 南京星叶生物荧光染料标记蛋白。
异硫氰酸荧光素（fluoresceinisothiocyanate，FITC）：FITC是应用*为***的一种荧光素，经激光激发后发出明亮的黄绿色荧光，*大发射波长为525nm。FITC的荧光强度受PH影响较大，常随着PH的降低而减弱，因此，在使用FITC时需格外注意溶液的酸碱度。a)电泳分离后的蛋白质检测(b)蛋白质和肽的微测序分析(c)使用毛细管区带电泳进行分子分析(d)生物相互作用中的分子跟踪和检测(e)细胞和组织切片中的抗原检测(f)通过标记DNA片段进行细胞凋亡检测除了因其在水中的溶解性而易于用于偶联物制备外，异硫氰酸荧光素还具有明亮的荧光（由于偶联后的大消光系数和高量子产率），使其成为许多工艺的优先染料。在流式细胞术和免疫荧光显微术中，染料与各种抗体（一抗或二抗）结合，以检查和研究IL-17免疫缺陷和CD63在肾功能中的作用等状态。作为荧光素的衍生物，异硫氰酸荧光素含有一个异硫氰酸酯反应基团，这有助于其对通常存在于生物分子中的动漫和巯基基团具有反应性。CY5荧光染料是一种被广泛应用于生物分子检测和荧光成像等领域的高效、稳定的荧光标记试剂。青海脂溶荧光染料
D-荧光素是荧光素酶 (Luc) 的天然底物，可催化萤火虫产生典型的黄绿色光。青海脂溶荧光染料
使用萤火虫荧光素酶（Fluc）作为报告基因和 D-荧光素作为底物的生物发光成像（BLI）是目前应用*****的技术。将总信号强度相对于 D-荧光素注射后的时间进行绘制，以生成时间-强度曲线。除了峰值信号外，还确定注射 D-荧光素后固定时间点（5、10、15 和 20 分钟）的信号作为峰值信号的替代。给定时间-强度曲线中的信号针对曲线中的峰值信号进行归一化，以表示 D-荧光素注射后时间变化的模式[3]。每克体重注射 10 μL D-荧光素（腹膜内或静脉注射）储备液：对于 20 g 小鼠，标准 150 mg/kg 注射通常约为 200 μL。在室温下解冻 D-荧光素（钾盐或钠盐）并溶解在 dPBS（不含钙或镁）中，**终浓度为 15 mg/mL。通过吸取 5-10 mL 无菌水来预湿 0.22 μm 过滤器。青海脂溶荧光染料
