疏水作用层析（HIC）填料利用蛋白表面疏水区域与固定相烷基或芳基配基的可逆结合，在高盐条件下上样，低盐条件下洗脱。这类填料以丁基、辛基或苯基为配基，偶联在琼脂糖或聚合物基质上，Toyopearl Butyl和Phenyl Sepharose应用广。HIC的优势在于生理pH操作，有效维持蛋白活性，对抗体聚集体去除效果明显，常与离子交换串联使用形成正交纯化。其载量适中（20-40 mg/mL），分辨率优于亲和层析但低于离子交换。挑战在于条件优化复杂，盐浓度和pH需精确控制。广泛应用于抗体药物中聚集体/片段去除、ADC药物DAR值调控及膜蛋白纯化，是精纯步骤的关键技术。亲和纯化填料靠配体特异性结合，实现目标蛋白高效富集。分子筛纯化介质推荐
蛋白纯化填料的选型是实现高效纯化的关键步骤，需综合考虑目标蛋白的理化性质（如分子质量、等电点、疏水性、生物活性）、样品特性（如杂质类型、样品浓度、粘度）、纯化目标（如纯度要求、回收率要求、规模大小）及成本预算等因素。首先，根据目标蛋白与杂质的差异选择分离原理（如分子大小差异选择凝胶过滤，电荷差异选择离子交换，特异性结合选择亲和）；其次，根据蛋白的敏感性选择合适的基质材质和操作条件（如敏感性蛋白选择天然高分子基质，高流速需求选择合成高分子基质）；，结合纯化规模和成本选择科研级或工业级填料。合理的选型可大幅提高纯化效率，降低操作成本，同时很大程度保留目标蛋白的生物活性。分子筛纯化介质推荐羟基磷灰石填料兼具阴阳离子交换作用，可用于抗体精纯。
生物制药生产中，层析填料需经受0.1-0.5 M NaOH原位清洗以去除顽固污染物，传统配基（蛋白A、天然配基）在此条件下易降解。新型耐碱填料通过配基工程化改造实现突破，如MabSelect SuRe配基经多突变优化，可承受0.5-1 M NaOH循环清洗50次以上。聚合物基质填料本身具备优异耐碱性，如Eshmuno和Fractogel系列。耐碱清洗填料明显延长使用寿命（从20次提升至>200次），降低生产成本50%以上，同时减少批次间交叉污染风险。选择时需评估配基脱落、载量衰减和清洗验证周期。在单抗商业化生产中已成标配，FDA工艺验证中清洗验证是关键考察项目，了填料耐用性的发展方向。
亲和层析以其极高的特异性著称，被誉为“一步纯化”的利器。填料上的配基与目标蛋白之间存在专一性、可逆的生物相互作用。经典的例子是Protein A/G/L填料用于抗体纯化，它们能特异性结合抗体的Fc区域。其他例子包括：固定化金属离子亲和层析（IMAC，常用Ni²⁺）纯化带组氨酸标签的重组蛋白；凝集素填料（如Con A）用于糖蛋白纯化；以及酶-底物、受体-配体等特异性配对。尽管成本较高，但亲和层析能在一步内获得高纯度产品，是许多生物制药工艺流程中的关键捕获步骤。标签切除后，需再次使用填料去除蛋白酶和游离标签。
反相层析（RPC）填料以C4、C8或C18烷基键合硅胶为基质，通过疏水性差异分离蛋白，提供所有层析模式中比较高的分辨率。丁基硅胶（C4）适蛋白分离，孔径通常300Å以避免空间位阻。Sepax Proteomix和Waters XBridge是高性能，可耐受宽pH范围（2-10）。RPC的优势在于质级纯度制备，能分离差一个氨基酸的异构体，分析级柱效可达100,000理论塔板数。但有机溶剂（乙腈、异丙醇）易导致蛋白变性失活，且上样量低。主要应用于肽段、胰岛素等稳定小蛋白的精纯，以及抗体药物偶联物（ADC）的DAR值分析控制。在生物制药中多用于分析而非制备，是质量控制的关键技术。活化好的预装柱节省时间，确保纯化过程重现性和便利性。分离填料生产厂家
填料的配基密度需优化，过高可能引起空间位阻影响结合。分子筛纯化介质推荐
疏水作用层析填料利用蛋白表面疏水 patches 与介质上疏水配基（如苯基、丁基、辛基）在高盐环境下的可逆结合。在高浓度盐溶液中，蛋白疏水区域暴露，与填料结合；降低盐浓度时，蛋白被洗脱。这种“盐促结合、盐降洗脱”的特性与离子交换层析形成互补，常在其后使用。HIC特别适用于纯化单克隆抗体和疏水性较强的蛋白，并能在保持蛋白天然构象方面表现出优势，是去除聚集体和降解片段的有效手段。优化时需仔细选择疏水配基的强度和盐的种类。分子筛纯化介质推荐
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