自噬与凋亡合作方式在现有研究报道中较为多见。该种情况下，自噬与凋亡的调控目标都是促进细胞死亡。各自同步引发细胞死亡；(2)一种为主，另一为辅；(3)一方功能缺陷情况下，另一方替补诱导细胞死亡。比较多诱导凋亡的刺激常常也会诱导自噬，比如神经酰胺诊治乳腺病和结肠病中均发现凋亡与自噬同时上调。在As2O3诊治T淋巴细胞的临床试验中也发现二者被同时唤醒，抵抗细菌药物氯碘喹啉通过扰乱mTOR信号通路诱导白血病细胞和骨髓瘤细胞发生自噬性死亡和凋亡；靶向敲除自噬相关蛋白ATG7或用自噬阻止剂3-甲基腺嘌呤会阻止caspase唤醒，减少细胞凋亡；比较多情况下，自噬诱导细胞死亡的潜力被凋亡所阻止，但它会在凋亡功能缺陷时发挥关键作用。依托泊苷、毒胡萝卜内酯等处理的凋亡缺陷Bax/Bak61/61的小鼠胚胎成纤维细胞中发现细胞自噬上调，特异性阻止剂阻止自噬后细胞存活率明显上调。上述情况下，自噬和凋亡通过共同作用、互补合作，或替补机制共同引发细胞死亡。自噬基因的突变可以导致遗传病，自噬机制受到的扰乱还与病症有关。山西mRFP-GFP-LC3双荧光自噬慢病毒
在荧光显微镜下采用GFP-LC3单荧光体系/mRFP-GFP-LC3双荧光体系等融合蛋白来示踪自噬形成：GFP-LC3单荧光自噬指示体系：利用LC3在自噬形成过程中发生聚集的原理，开发出GFP-LC3指示技术：无自噬时，GFP-LC3融合蛋白弥散在胞浆中；自噬形成时，GFP-LC3融合蛋白转位至自噬体膜，在荧光显微镜下形成多个明亮的绿色荧光斑点，一个斑点相当于一个自噬体，可以通过计数来评价自噬活性的高低。但是绿色斑点增多并不一定表示自噬活性增强，也有可能是自噬溶酶体降解途径受阻，可以通过westernblot检测游离的GFP、p62来验证。辽宁自噬整体实验对抗关系中，自噬与凋亡的目标及过程背道而驰。
自噬既能阻止也能促进细胞凋亡，两种反应在生物体内普遍存在。在营养缺乏时，自噬反应作为一个细胞的促活反应机制存在，但是过量的自噬反应也会导致细胞死亡，但由自噬导致的细胞死亡与细胞凋亡在形态学上有明显的不同。几种促凋亡信号因子，如TNF,TRAIL,andFADD也会诱导自噬的反应发生。此外，Bcl-2也是自噬反应重要的调节因子，其为凋亡阻止蛋白，通过与Beclin-1结合形成复合物，来阻止由Beclin-1诱导的细胞自噬。线粒体自噬属于选择性自噬，其主要作用是降解细胞中损伤以及不需要的线粒体。当线粒体损伤之后，在正常的线粒体中持续被降解的PINK蛋白（PARL促进此反应）会处于稳定状态，再通过E3连接酶Parkin的作用来诱导线粒体自噬。Parkin会诱导线粒体膜蛋白的聚泛素化，由此导致与LC3结合的自噬受体蛋白的SQSTM1/p62,NBR1,andAmbra1聚集。此外，在特定的细胞类型中，同样存在LC3结合区域（LIR）的BNIP3和BNIP3L/NIX直接通过泛素依赖型反应机制也会聚集自噬反应的相关因子，进而促进自噬体的形成。
自噬紊乱也可能在类风湿性关节炎、多发性硬化等其他自身免疫病的发生中起到一定作用。自噬的信号通路非常复杂，有许多蛋白都可作为调控自噬的靶点，并针对其开发药物。按照对自噬功能的影响，这些分子大体可分为自噬促进剂和自噬阻止剂两类。自噬促进剂一般通过模拟饥饿或营养缺乏来实现对自噬的刺激作用。这一类分子较常见的是TOR激酶（mTOR）阻止剂。由于mTOR是细胞中主要的能量感受器，阻止mTOR相当于模拟细胞饥饿时的状态。如前文中的机理所述，阻止mTOR会解除Atg13的磷酸化，进而唤醒自噬。有几种mTOR阻止剂已经进入市场，例如雷帕霉素（Rapamycin,又称西罗莫司Sirolimus）、依维莫司（Everolimus）和索拉非尼（Sorafenib）。发生传染时，可通过自噬调控炎症、抗原及微生物捕捉与降解。
自噬过程中的不同阶段(1)未受诱导细胞(2)自噬诱导及吞噬泡形成(3)自噬完成及(4)与溶酶体融合。1、诱导与吞噬泡形成：为应对多种刺激，通过形成一种独特的平整细胞膜（吞噬泡）诱导自噬。上述过程需要两种蛋白质复合物参与其中，负责调控自噬体形成。2、自噬体延伸与形成：吞噬泡的延伸会导致形成自噬体，一般为双层膜细胞器。此步骤为简单隔离步骤，其中不发生降解。自噬体内外表面均存在LC3B-II。在自噬过程中，LC3的合成与加工均有所增加，且可将其作为标记物监控细胞内自噬水平。3、融合、降解与回收：完全形成的自噬体与溶酶体在细胞内相融合。自噬体-溶酶体的融合机制与同质性液泡膜融合机制相同。4、对囊泡内物质的降解依赖一系列溶酶体/液泡内酸性水解酶完成。由降解产生的小分子，特别是氨基酸，会被重新转运至细胞质内用于蛋白质合成与细胞功能维护。目前已有多份研究表明自噬在许多细胞的分化进程中被不同程度地唤醒。江西western blot检测自噬流
许多经典的凋亡信号通路或蛋白被发现与自噬调控之间存在着复杂的交织。山西mRFP-GFP-LC3双荧光自噬慢病毒
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