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植物线粒体（pMtDNA）复杂性概况

1. 相比于动物线粒体基因组的大小（10-20k），已知的pMtDNA大小变异非常剧烈，从190k-11Mb不等

2. 重复序列变异范围**片段结构变异很常见

3. pMtDNA中基因的SNP同义突变率很低，***低于动物线粒体与核基因

4. 越来越多的证据表明：开花植物的pMtDNA并不一定是环状，而是以线性状态或者多种形式共存于细胞中，而且不同生长时期还能相互转变

5. 除了参与能量代谢，pMtDNA经常性与植物育性相关

6. 编码基因非常保守：24个**保守基因+17个变异基因，但是保守基因的order可不保守哦，嘻嘻~

7. 经常可以注释到大量novel genes，部分基因的功能非常重要，影响植物生育周期与育性 云生物提供SSR分类统计分析。重庆系统进化小基因组测序报价

【参考文献】

Chloroplast genome analyses and genomic resource development for epilithic sister genera Oresitrophe and Mukdenia (Saxifragaceae), using genome skimming data. BMC Genomics, 2018. 湖北生信分析小基因组测序售后服务小基因组测序的好处您了解吗？

    线粒体相关介绍：不同生物线粒体的结构特点：植物：300~1000kb，基因组内有很多重复序列，基因结构复杂，编码区占比低，是目前组装和注释难度比较高的小基因组藻线：基本在100kb以下，基因组重复序列少，基因区结构较简单***：比较小，常见的在30~120kb，物种间序列变异较大，基因数不多但结构较为复杂动物：常见的大小在15~16kb，基因排列紧凑，会出现部分基因区的重叠，没有或很少的基因间隔序列。公司已经完成及在线的线粒体已经超过80个，动物和植物线粒体较多；其中96%以上的样本组装到完成图水平。统计目前已完成及在线的线粒体物种分布，植物线粒体分布于5种不同的科，主要物种如水稻、玉米、胡萝卜、棉花、小麦等；动物线粒体分布于15种不同的科，如一些海产品（比如鱼、海胆）和鸟类、软体动物等。藻类线粒体项目的物种分布主要是金球藻、红球藻和其他一些水藻。

虎耳草科植物叶绿体基因组比较：五种虎耳草叶绿体基因组相对保守，基因组没有重排；与其他叶绿体基因组相比，叶绿体基因组较小；rps16内含子从Penthorum chinense参考基因组中丢失，M. rossii和O. rupifraga中rpl2内含子丢失。 此外，IR区域在这些物种中比LSC和SSC区域更保守。LSC / IRB，IRB / SSC，SSC / IRA和IRA / LSC的边界区域**高度可变的区域，在密切相关的物种cpDNA中有许多核苷酸变化。因此，我们比较了五种虎耳草叶绿体基因组和参考基因组之间的IR边界位置及其相邻基因。结果表明，IR区域在这些物种中比LSC和SSC区域更保守。推测，具有更接近系统发育关系的物种将具有更多相似的边界特征。基因组组分分析，对编码基因、非编码RNA等进行预测，获取测序样本基因组的组成情况。

    共有和特有基因分析：所有样本中均存在的同源基因作为共有基因（Coregene），去掉共有基因后，得到非共有基因（Dispensablegene），特有基因（Specificgene）为只有该样品特异拥有的基因。所有非共有基因与共有基因合并作为泛基因集（Pangene）。其***有基因（Coregene）和特有基因（Specificgene）很可能与样品的共性和特性相对应，可以作为样本间功能差异的研究依据。使用cd-hit（，）软件对需要分析的多个样品的蛋白序列进行聚类，设置了对Identity和比对长度的筛选参数（要求聚类的identity>50%，coverage>50%），根据软件分析结果得到所有蛋白序列的聚类情况。 云生物提供小基因组测序提供非编码RNA分析。辽宁系统进化小基因组测序要多少钱

小基因组测序实验步骤是什么？重庆系统进化小基因组测序报价

叶绿体基因组 | “**”遗传资源开发新模式：叶绿体基因组结构和特征：三个样品的完整叶绿体基因组基本信息，包含由LSC（87,496-87,604bp）和SSC（18,222-18,342bp）区域分开的两个IR拷贝（25,507-25,519bp）。编码相同的131个基因组，其中113个是独特的，18个在IR区域中重复。113个独特的基因包含79个蛋白质编码基因，30个tRNA基因和4个rRNA基因。14个含有一个内含子（6个tRNA基因和8个蛋白质编码基因），3个含有两个内含子（rps12,clpP,ycf3）。 rps12基因的5'-末端外显子位于LSC区域，基因的内含子和3'-末端外显子位于IR区域。重庆系统进化小基因组测序报价