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qPCR基本参数
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qPCR企业商机

能否通过增加扩增循环数来增加试剂盒的敏感性?这里指的是大部分的qPCR试剂盒的循环数为40个或45个,我们能否在不改变试剂盒的设计的前提下,只通过将40个循环增加到45个循环,或是将临界值由38提高到40,或者由40提高到45的方式来提高试剂盒的敏感性呢?从原理上解释:理论上,假设初始模板量为1个拷贝,酶的扩增效率100%,到达比较大阈值约需要35个循环,因此业内通常认为qPCR的有效线性范围为Ct:15-35。通常酶的扩增效率无法达到100%,达到1个拷贝模板的循环数可能会达到38或更高,如下图我用qPCR和数字PCR测到了1拷贝模板对应的Ct值为37.91。当酶的效率更低或者存在抑制剂时,检测到1拷贝模板的循环数的Ct值可能会更高。qPCR 常见问题及分析。安徽SYBRGreen法qPCR机构

实时荧光定量 PCR双标准曲线即靶基因以及内参基因

各对应的一套标准曲线。假设靶基因的平均扩增效率为

E3, 在待测样品以及校准样品中的初始拷贝数分别为 N3 与 N4,当达到某一阈值时,该靶基因在待测样品以及校准样品

中检测到的 CT 值分别为 CT3 与 CT4,则有 C3·N3

·(1+E3)

CT3=C4· N4

·(1+E3)

CT4 (其中,C3 与 C4 分别为待测样品以及校准样品

的浓度),假设内参基因的平均扩增效率为 E4,内参基因在

待测样品以及校准样品中的初始拷贝数分别为 N3′与 N4′,

当达到某一阈值时,内参基因在待测样品以及校准样品中

检测到的 CT 值分别为 CT3′与 CT4′,则有 C3·N3′·(1+E4)

CT3′= C4·N4′·(1+E4)

CT4 ′,则靶基因与内参基因在待测样品中的拷贝

数比值 N3/N3′=N4/N4′·((1+E3)

CT4-CT3 /(1+E4)

CT4 ′-CT3 ′

),其中,N4 为

靶基因在校准样品中的初始拷贝数,校准样品中靶基因的

拷贝数是已知的,并 且 是 经 过 Southern 杂 交 验 证的;N3′与 N4′是指内参基因在待测样品以及校准样品中的初始拷贝

数,在拷贝数变异检测中,内参基因需具有“同一物种内具

有恒定低拷贝”这一特点,也就是 N3′=N4′,故靶基因在待测

样品中的初始拷贝数 N3=N4

·(1+E3)

CT4-CT3 /(1+E4)

CT4 ′-CT3 ′。

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其实没有一项生物学实验是 so easy 的,即便是看起来毫无难度的 qPCR 。但同样地,任何一项生物学实验都是有套路的,包括 qPCR ,就看你套路深不深。对于像病毒载量这样的定量实验来讲,标准曲线的质量起到决定性作用。R2值太低一般是由于稀释操作不够准确,或者加样操作误差太大;E值太低则可能是由于探针引物设计不够好,或者Ta值不合适;而E值太高则提示可能出现了非特异扩增或者PCR扩增受抑制的情况。根据qPCR的MIQE准则,合适的扩增效率E在95%~105%,这就是努力的方向。很多人会有疑问,为啥要千方百计的优化扩增效率呢?扩增效率的提高可以提升qPCR检测体系的灵敏度、动态范围,减少非特异性产物的产生;数据的重复性及可信度也会得到提高;Tm值优化是提高扩增效率特别直接特别简单的方法,只需要一台具有温度梯度功能的qPCR设备即可,时间上还用不了半天。

Ct值能否作为评价qPCR试剂盒的指标?qPCR试剂的评价需要从分析敏感性(比较低检测限),分析特异性的(交叉反应),重复性(精密度),诊断敏感性,诊断特异性等多个指标去衡量(诊断试剂评价系列2-核酸检测方法(更正),诊断试剂评价系列4-比较低检测限,你做对了吗?)。只凭Ct值的高低去判断一个qPCR试剂盒的优劣太片面,不同试剂盒的Ct值不具有可比性。有些试剂盒采取先进行几个循环的预扩增,再进行正式循环的做法就是为了使Ct值看起来更低。上海qPCR推荐上海融享生物科技有限公司。

因此大量有关qPCR发表的文献中存在结果证据不足甚至是相互矛盾的结果,这对科学研究是一个很大的危险。科学文献的发表和撤回也为人们提出了警示。多数研究报告缺少足够的信息加剧了这个问题,使用qPCR的文献没有提供足够的实验细节,可以让读者评估结果的质量或者重复实验。具体表现为样本的采集和处理信息,RNA质量和完整性,反向转录细节,PCR效率,以及分析参数等等,这些信息常常被忽略,然而样本正规化是反对没有价值的单一参考基因。TaqMan荧光探针qPCR公司哪家好?吉林相对定量qPCR电话

您知道上海融享生物科技有限公司的qPCR项目都有哪些吗?安徽SYBRGreen法qPCR机构

负对照有信号引物设计不够优化:应避免引物二聚体和发夹结构的出现。引物浓度不佳:适当降低引物的浓度,并注意上下游引物的浓度配比。镁离子浓度过高:适当降低镁离子浓度,或选择更合适的mix试剂盒。模板有基因组的污染:RNA提取过程中避免基因组DNA的引入,或通过引物设计避免非特异扩增。扩增效率低反应试剂中部分成分特别是荧光染料降解。反应条件不够优化:可适当降低退火温度或改为三步扩增法。反应体系中有PCR反应抑制物:一般是加入模板时所引入,应先把模板适度稀释,再加入反应体系中,减少抑制物的影响。安徽SYBRGreen法qPCR机构

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