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16S测序基本参数
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16S测序企业商机

16SrRNA 基因结构特点及序列分析的基本原理 16S

rDNA 基因是细菌染色体上编码16SrRNA 相对应的 DNA 序 列,其可变区与恒定区序列交错排列。恒定区在各种细菌中基

本保持不变,而可变区因不同细菌,不同科、种、属而异,且变异

程度与细菌的系 统 发 育 密 切 相 关。相 比 之 下,5SrRNA 虽 易

分析,但核苷酸少,没有足够的遗传信息用于分类研究;而23S

rRNA 含有的核苷酸数几乎是 16SrRNA 的 2倍,分 析 较 困

难,故以16SrRNA 作为研究对象较为理想。 上海融享生物科技有限公司主营测序包括ITS 。天津细菌16S测序机构

2003 年, Jang JC 等利用 PCR- RFLP ( 限制性片段长度 多态性) 方法扩增出 16S rDNA 序列的 976bp 长 度片段, 对韩国传统泡菜中的明串珠菌进行了鉴 定。2003 年, CN Rachman 等对使用种特异性寡核 苷酸引物扩增 16S- 23S rDNA 的方法鉴定食品乳 杆菌 ( Lactobacillus alimentarius) 和香肠乳杆菌( Lactobacillus fauciminis) 进行了检测, 证明该引 物对上述两种菌的鉴定特异性较高。2003 年, L Somer 等利用 PCR 扩增 16S rRNA 序列的方法对 食 物 中 的 单 核 细 胞 增 生 利 斯 特 氏 菌( Listeria monocytogenes) 进行了鉴定。2003 年, C Mullie 等 利用套式 PCR 扩增 16S rRNA 的方法对人源 26 株双歧杆菌进行了鉴定。贵州微生物16S测序机构哪家好上海融享生物科技有限公司测序的ITS 拥有完善的售后服务。

环境微生物是自然界中分布广、种类多、数量比较大的生物类群,其群落结构及多样性和微生物的功能及代谢机理是微生物生态学的研究热点,对于我们研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用以及人类医疗健康有着重要的理论和现实意义。随着高通量测序技术的发展以及大量序列数据的积累,通用引物扩增结合高通量测序技术,可以快速检索环境内微生物的群落结构。这项运用我们称之为微生物分类测序。如Illumina公司的MiSeq高通量测序平台不仅可实现对多样品的多个可变区同时测序,而且在测序速度和测序通量上都有进一步提升,目前此平台已在微生物多样性群落结构研究方面受到了广大学者的认可。

存在自然界中的微生物多如恒河沙数,且其中绝大多数无法在实验室进行培养观察。目前所知道的微生物种数已超过了十万种,这还是一个正在急剧扩大着的数字。DNA测序鉴定方法已经被证明比传统的生化分型和表型分型方法更加准确、快捷,不依赖菌种本身特点,对所有菌种均可使用。晶能凭借先进的测序仪器和多年的微生物检测经验,为您可提供快速、高效、**的微生物检测服务,包括细菌16S rDNA测序、18S rDNA测序、ITS测序。 rDNA测序 — 作为一种应用于环境微生物菌落多样性研究的靶标基因测序技术,通过针对覆盖16SrDNA的1个或多个连续可变性区域进行PCR扩增测序来鉴定样本微生物菌落成员和分析比较多样本微生物菌落的结构,Illumina的Hiseq2500和MiSeq平台可以针对16S rDNA的1个区域进行测序, 具有对样本更高的测序深度、鉴定更多的低丰度群落成员且以较低的费用的优势完成科研项目。上海融享生物科技有限公司主做 18S 的测序。

16SrRNA 基因序列分析的基本方法

通过16SrRNA 种属特异性的探针与 PCR 产 物 杂 交 以 获

得微生物组成信息,或利用基因芯片将 DNA 片段制作成探针

固定在支持物上,与 荧 光 标 记 的 待 检 DNA 片 段 杂 交,通 过 观

察荧光信号的位置,即可确定待检细菌的种类。杨祖钦等,根

据引起化脓性脑膜炎的常见致病菌,成 功 地 建 立 了 DNA 芯 片,可对该疾病快速、准确的诊断,明确病原菌。

对扩增产物进行变性

梯度凝胶电泳、温度梯度凝胶电泳(TGGE)分 析,直 接 观 察 其

多样性。Goldenberg等[11]还在此基础上建立了变性高效

液相色谱(DHPLC)技术,并成功的分析了大便中菌群的组成,

监测药物治疗前后肠道菌群的动态变化。


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微生物种群鉴定测序(16S\18S\ITS)方法是首先提取样品中微生物总DNA,然后运用PCR技术扩增细菌基因组中的16SrDNA、基因组中的18SrDNA或ITS区域,获得绝大部分微生物16SrDNA、18SrDNA或ITS高可变区的扩增产物,并构建扩增产物的文库,利用第二代测序平台进行大规模高通量测序,然后比较分析测序数据,该方法近几年已广泛应用于转基因作物对土壤微生物群落多样性影响的研究。16S/18S/ITS扩增子测序基于第二代高通量技术NGS,对16SrRNA/18SrRNA/ITS等基因序列进行测序,是先进的微生物种群鉴定测序技术,能同时对样品中的优势物种、稀有物种以及一些未知的物种进行检测,获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。天津细菌16S测序机构

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