在细菌的系统分类学研究中有用的和常 用的分子钟是 rRNA, 其种类少、含量大(约占细菌 RNA 含量的 80%), 分子大小适中, 存在于所有的 生物中, 特别是其进化具有良好的时钟性质, 在结 构与功能上具有高度的保守性, 素有“细菌化石” 之称。rRNA 是细菌和真核细胞核糖体的基本组 成部分, 编码 rRNA 的基因是按 5′- 16S- 23S- 5S- 3′方式排列的, 由两个非编码的间隔区序列所分 开。16S rDNA、23S rDNA、5S rDNA 三部分组成 一个 RNA 操纵子, 这个操纵子作为一个单位进 行转录。转录后处理成为成熟的 16S、23S 和 5S rRNA。对于不同的需求我们选择不同的16s 18S ITS 测序。湖北16S测序机构
环境微生物是自然界中分布广、种类多、数量比较大的生物类群，其群落结构及多样性和微生物的功能及代谢机理是微生物生态学的研究热点，对于我们研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用以及人类医疗健康有着重要的理论和现实意义。随着高通量测序技术的发展以及大量序列数据的积累，通用引物扩增结合高通量测序技术，可以快速检索环境内微生物的群落结构。这项运用我们称之为微生物分类测序。如Illumina公司的MiSeq高通量测序平台不仅可实现对多样品的多个可变区同时测序，而且在测序速度和测序通量上都有进一步提升，目前此平台已在微生物多样性群落结构研究方面受到了广大学者的认可。湖北16S测序机构上海融享生物科技有限公司测序的 18S 很好。
１６ＳｒＲＮＡ 序列
分析技术的基本原理就是利用恒定区序列设计通用引物从微
生物样本中扩增出１６ＳｒＲＮＡ 的 基 因 片 段，通 过 克 隆 测 序、探
针杂交、酶切片段多态性分析或凝胶电泳等方 法获 得 １６Ｓ
ｒＲＮＡ 序列信息，再与１６ＳｒＲＮＡ 基因数据库中的序列数据或
其他数据进行同源对比及分析，从而鉴定样本中可能存在的病
原菌种类。目前绝大多数的研究都 是 先 将１６ＳｒＲＮＡ 反 转 录 为１６ＳｒＤＮＡ 再 进 行 进 一 步
的研究。也可以提取细菌总的 ＤＮＡ 之 后，利用细菌通用引物
对样品总 ＤＮＡ 中的１６ＳｒＲＮＡ 基因进行全长扩增，再对 ＰＣＲ
产物进行进一步研究。
rRNA 结构既具保守性又具高变性。保守性反映生物物种的亲缘关系, 高变性则揭示生物物种的特征核酸序列, 是属种鉴定的分子基础。 16S rRNA 基因大小适中, 约 1.5Kb 左右, 含有高 度保守的基因片段, 同时在不同的菌株间也含有 变异的核酸片段。因其既能体现不同菌属之间的 差异, 又能利用测序技术快速得到核酸序列, 已成 为理想的基因鉴定靶序列。通过对其序列的分析, 可以判定不同菌属、菌种间遗传关系的远近。细菌 的 16S rRNA 可变区位点结构如下: 可变区序列 因不同细菌而异, 恒定区序列基本保守, 所以可以 利用恒定区序列设计引物将 16S rRN**段扩增 出来, 利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种 的细菌进行分类鉴定。但较其它方法而言, 16S rRNA 序列测定分析更适用于确定属及属以上分 类单位的亲缘关系。上海融享生物科技有限公司主营测序包括16s 18S ITS 。
16S rRNA 基因直接测序法：对微生物 16S rRNA 基因进行测序时比较好进 行全长测序, 尤其是所测序列将要用于探针设计 和新物种确定时。另外, 采用正反向引物对所测序 列进行重复验证可以确保序列的准确性。但由于 目前测序费用还比较高昂, 因此许多研究者也采 用测 16S rRNA 基因部分序列的方法进行微生物 多样性分析和平行样品比较。研究表明, 400~600 碱基的序列足以对环境中微生物的多样性和种群 分类进行初步的估计, 但这样短的序列通常不能 用于新物种鉴定和探针设计。上海融享生物科技有限公司测序的ITS 拥有完善的售后服务。湖北16S测序机构
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P Kaufmann 等用 16S rRNA 探针杂交技术 和 PCR 技术定量鉴定了分离自食物中的 30 株双 歧杆菌。1997 年, D Mora 等利用套式 PCR 方法扩 增 16S rRNA 序列和一段 D- 乳酸脱氢酶基因, 对 乳酸片球菌( Pediococcus acidilactici) 和戊糖片球 菌( Pediococcus pentosaceus) 进行了鉴定。后来, P Parola 等( 1998 年) 又利用 16S rRNA 基因序列 分析技术从败血症患者术后区域成功地分离 出干酪乳杆菌。1998 年, T Matsuki 等利用 16S rRNA 序列分析快速鉴定了人肠道中的 46 株双 歧杆菌。1998 年, R Patel 等应用 16S rRNA 序列 分 析 将 一 株 鸡 肠 球 菌 鉴 定 到 种 。1999 年 , GW Tannock 等利用 16S- 23S rRNA 间区序列的比较 分析分别对分离自胃肠道、青贮饲料和酸奶中的 40 株乳杆菌进行了鉴定。2000 年, MJ Kullen 等 利用细菌 16S rRNA 的包括可变区 V1 和 V2 的 500bp 长度片段序列快速准确地从人肠道混合物 中鉴定出嗜酸乳杆菌。在 2000 年, 黄锡全等对一 株明串珠菌的 16S rRNA 基因序列进行分析, 并 与其它 21 株乳酸菌 16S rRNA 基因序列进行了 同 源 性 比 较 , 与 柠 檬 色 明 串 珠 菌 的 同 源 性 为 99%, 认为该菌株是一株柠檬色明串珠菌。湖北16S测序机构
