扩增子测序是一种高靶向性地分析特定基因
组区域中基因变异的方法，是发现单核苷酸多态性
(single nucleotide polymorphisms，SNPs)的理想方
法。其利用 PCR 的引物来扩增基因组的特定区域，
靶向地捕获目标区域的 DNA，达到目的 DN**段
的富集目标；针对扩增产物(也被称为扩增子)
进行高通量测序，分析序列中的遗传变异等信息。
一般认为，核糖体 RNA (rRNA)基因存在于所
有细胞生物体中，由于很少发生大规模的横向基因
迁移，因此具有一系列由非常保守到高变的区域，
适合于微生物分类信息的确定。由于核糖体操纵子
具有足够的保守性，因此常被用作多样性调查的标
记基因，主要包括 16S rRNA、18S rRNA 和转录
间隔区(internal transcribed spacer，ITS)等。 上海融享生物科技有限公司测序的 18S 上乘。江苏细菌16S测序公司电话
P Kaufmann 等用 16S rRNA 探针杂交技术 和 PCR 技术定量鉴定了分离自食物中的 30 株双 歧杆菌。1997 年, D Mora 等利用套式 PCR 方法扩 增 16S rRNA 序列和一段 D- 乳酸脱氢酶基因, 对 乳酸片球菌( Pediococcus acidilactici) 和戊糖片球 菌( Pediococcus pentosaceus) 进行了鉴定。后来, P Parola 等( 1998 年) 又利用 16S rRNA 基因序列 分析技术从败血症患者术后区域成功地分离 出干酪乳杆菌。1998 年, T Matsuki 等利用 16S rRNA 序列分析快速鉴定了人肠道中的 46 株双 歧杆菌。1998 年, R Patel 等应用 16S rRNA 序列 分 析 将 一 株 鸡 肠 球 菌 鉴 定 到 种 。1999 年 , GW Tannock 等利用 16S- 23S rRNA 间区序列的比较 分析分别对分离自胃肠道、青贮饲料和酸奶中的 40 株乳杆菌进行了鉴定。2000 年, MJ Kullen 等 利用细菌 16S rRNA 的包括可变区 V1 和 V2 的 500bp 长度片段序列快速准确地从人肠道混合物 中鉴定出嗜酸乳杆菌。在 2000 年, 黄锡全等对一 株明串珠菌的 16S rRNA 基因序列进行分析, 并 与其它 21 株乳酸菌 16S rRNA 基因序列进行了 同 源 性 比 较 , 与 柠 檬 色 明 串 珠 菌 的 同 源 性 为 99%, 认为该菌株是一株柠檬色明串珠菌。江苏细菌16S测序公司电话上海融享生物科技有限公司主营测序很多，其中16s 销很好。
１６Ｓ～２３ＳｒＲＮＡ 基因间区不但可以用于菌种间的鉴别，还 可
以用来分辨１６ＳｒＲＮＡ 基因不能鉴别的非常接近的菌种和种
内 菌 株，是 １６ＳｒＲＮＡ 基因分析很好的补充。金 中 淦
等利用１６ＳｒＲＮＡ、１６Ｓ～２３ＳｒＲＮＡ 基因对主要血流
病原菌进行检测比较后认为在细菌鉴定中，１６Ｓ～２３ＳｒＲＮＡ
可作为比１６ＳｒＲＮＡ 基因更好的分子靶标，可 以 在２４ｈ内 将
病原菌的种类报告给临床医生。Ｚｈｕ等的 研 究 表 明１６Ｓ～
２３ＳｒＲＮＡ 基因分析 可 以 将１６ＳｒＲＮＡ 序 列 同 源 性 达９７％的
两株黏质沙雷菌区分开。根据１６Ｓ～２３ＳｒＲＮＡ 基因间区两端
被高 度 保 守 的ｒＲＮＡ 所包围的结构特点，可 利 用 其 两 端 １６Ｓ
ｒＲＮＡ 及２３ＳｒＲＮＡ 保守区设计通用引物作上、下 游 引 物，特
异性扩增特定细菌 的１６Ｓ～２３ＳｒＲＮＡ 基 因 间 隔 区，根 据 片 段
数目、长度、序列的多态性或测序来鉴别微生物。
DNA 探针杂交：PCR 扩增含有高变区的部分 16S rRNA 基 因, 然后用根据 16S rRNA 基因中高变区的序列 设计出一系列的种特异性的探针与之杂交。通过 16S rRNA 种属特异性的探针与 PCR 产物杂交以 获得微生物组成信息。此外, 探针也可以直接与样 品进行原位杂交检测, 通过原位杂交不仅可以测 定微生物的形态特征和丰度, 而且能够分析它们 的空间分布, 该方法简单快速, 主要应用于快速检 测, 但可能出现假阳性或假阴性结果。近年来 T Yamamoto 等设计和合成出人肠道 区系中常见的双歧杆菌属 5 个种( 两歧双歧杆菌、 青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、短双歧杆菌和长双 歧杆菌) 的特异性的寡核苷酸探针, 它们具有 16~ 19 个碱基长度, 并与这 5 个种的 16S rRNA 序列 互补。用天然高分子量的 RNA 制备物作为靶子, 这些寡核苷酸探针对于人肠道中这些种的菌株具 有高度的种特异性, 结果表明用此法检测这 5 个 种的 16S rRNA 序列能取得所期望的结果, 并且 整个试验过程从获得纯细胞物后只需 6h 可完成。16s 多种测序供您选择。
微生物种群鉴定测序（16S\18S\ITS）方法是首先提取样品中微生物总DNA，然后运用PCR技术扩增细菌基因组中的16SrDNA、基因组中的18SrDNA或ITS区域，获得绝大部分微生物16SrDNA、18SrDNA或ITS高可变区的扩增产物，并构建扩增产物的文库，利用第二代测序平台进行大规模高通量测序，然后比较分析测序数据，该方法近几年已广泛应用于转基因作物对土壤微生物群落多样性影响的研究。16S/18S/ITS扩增子测序基于第二代高通量技术NGS，对16SrRNA/18SrRNA/ITS等基因序列进行测序，是先进的微生物种群鉴定测序技术，能同时对样品中的优势物种、稀有物种以及一些未知的物种进行检测，获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。上海融享生物科技有限公司测序的16s 18S ITS 拥有完善的售后服务。重庆古细菌16S测序机构哪家好
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有了微生物 16S rRNA 基因序列, 不论是全长还是部分, 都可以提 交到 GENBANK 采用 BLAST 程序与已知序列进 行相似性分析。GENBANK 将按照与测得序列的 相似性高低列出已知序列名单、相似性程度以及 这些序列相对应的微生物种类, 但更为精确的微生物分类还取决于系统发育分析。系统发育分析, 就是根据能反映微生物亲缘关系的生物大分子 (如 16S rDNA、ATP 酶基因)的序列同源性, 计算 不同物种之间的遗传距离, 然后采用聚类分析等 方法, 将微生物进行分类, 并将结果用系统发育树 (phylogentic tree)表示。计算菌属、菌种之间的遗 传距离可以采用不同方法, 如 Jukes Cantor 方法。 在计算遗传距离之后, 构建进化树时有许多种方 法, 其中以 NeighborJoin 法为常用。在进行系统 发育树分析时常用到的一些软件包括 MEGA 和 Phylip 等 。江苏细菌16S测序公司电话
