病原宏基因组测序可与实时荧光定量PCR（RT-PCR）技术联合使用，实现优势互补。“RT-PCR由于其检测速度快、操作流程简单、成本较低的原因，更适用于大规模的筛查中，以便快速获得是否为冠状病毒核酸阳性的初步证据，而对于RT-PCR检测阴性、但临床表型高度疑似的患者，利用mNGS进一步确认可有效提高检测结果的可靠性，并获得是否有其他病原体传染的信息。”对于RT-PCR检测阳性的样本，也可以进一步利用mNGS进行病毒全序列的分析，从而帮助获得病毒是否发生变异的信息，为疫苗、药物研发等方面提供可靠证据。通过对样本进行宏病毒组测序，我们可以了解单个样本里百度的相对含量是多少，优势物种是什么。北京病原微生物多样性测序分析诊断
对样本进行宏病毒组测序具有的意义：和细菌的宏基因组相似，病毒宏基因组也是旨在研究微生物群体中的物种分布规律和差异，通过大数据分析微生物群体的功能。通过对样本进行宏病毒组测序，我们可以了解单个样本里有什么病毒，相对含量是多少，优势物种是什么；还可以了解不同群体间物种分布有何差异，结合样本来源和其所属环境，指导下游的实验方向。于科研，好的群体和样本可以发表质量的学术论文；于临床，可以辅助临床医生进行微生物侵染类疾病诊断并在一定程度提供用药指导。随着数据库日趋完善，对样本进行宏病毒组测序以后，我们将获得越来越丰富的信息，它有朝一日会成为研究者非常常规的研究手段。深圳肠道微生物测序分析宏基因组测序技术不依赖于微生物的分离培养。
宏病毒组是病毒的宏基因组，该技术是随着高通量测序技术的兴起而发展起来的。该技术主要是使用大量微生物群体样本的测序数据和生物信息学分析手段，以多种数据库为基础，进行群体的种类和功能分析。因此，它主要的应用场景在于微生物群体研究，如肠道微生物、皮肤微生物、口腔微生物、水体微生物、土壤微生物等。一直以来宏基因组技术都是在细菌领域使用，病毒的样本收集困难、文库构建繁琐、数据库不完善，因此宏基因组技术未能获得普遍应用。上海探普生物科技有限公司立志专门解决病毒方向的基因组研究难题，开发了整套的样本处理和生信分析流程，基于这套流程，研究者们想对样本进行宏病毒组测序就很容易实现了。
宏基因组测序技术注意事项：传统微生物检测由于时间长、阳性率低、检测目标单一，限制了传染疾病的诊治。宏基因组测序技术不依赖于微生物的分离培养，克服了传统的纯培养方法的技术限制，为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略。宏基因组测序以无需纯化培养、能够快速全方面的展示序列信息的优势，逐步在临床上得到了普遍应用。病原宏基因组测序检测出病原体并报告相应被检测出的序列数，再依据大数据库判定是否为致病病原体。然而不同的测序平台采用不同的数据库，再由不同的研发、临床和检验**解读，缺乏统一标准，结果也会出现差异。因此仍需将病原宏基因组测序检测数据和临床更好的结合，从而更准确鉴定致病病原体。宏病毒组是病毒的宏基因组，该技术是随着高通量测序技术的兴起而发展起来的。
宏病毒组学是宏基因组学的一个分支，但与传统的宏基因组学概念不同，它是在宏基因组学概念的基础上，结合病毒自身的特点，将宏基因组学方法应用到病毒学领域而形成的。2002年，Breitbart等(BreitbartM,etal,2002)将宏基因组学方法应用于海洋病毒群落的研究，发现噬菌体为海水中主要病毒组，这一研究标志着宏病毒组学正式应用于科学研究。简而言之，宏病毒组学就是应用特殊方法把特定环境中所有病毒与其他微生物分开，然后提取的病毒核酸，用高通量技术进行病毒核酸测序，依托现有数据库进行相应的比对工作，并运用软件分析处理后得到研究样品中病毒群落的组成信息。宏基因组测序逐步在临床上得到了很多的应用。浙江肠道微生物分析公司
DNA宏基因组测序的病原检出率均高于培养等传统方法，表现出好的诊断性能。北京病原微生物多样性测序分析诊断
病毒宏基因组测序是在宏基因组学理论的基础上,结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支。而所谓宏基因组学(metagenomics)就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象,以功能基因筛选和测序分析为研究手段,以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法。一般包括从环境样品中提取基因组DNA,克隆DNA到合适的载体,导入宿主菌体,筛选目的转化子等工作。北京病原微生物多样性测序分析诊断
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