在健康的大脑中, 成熟的自噬溶酶体能有效清chu自噬小泡, 抑制细胞内Aβ的堆积。而疾病状态下溶酶体功能障碍促进了Aβ的产生和堆积。细胞内Aβ同时还促进胞外Aβ沉积形成, 导致AD在早期即出现明显进展。大多数的细胞内的Aβ是Aβ42, 它在细胞内的大量堆 积将会对细胞功能造成巨大破坏, 包括损坏突触活性, 引起蛋白酶体功能障碍、钙稳态失调和Tau蛋 白高度磷酸化。说到AD与自噬的关系时, 另一个不得不提的蛋白是早老素1 (presenillin 1, PS-1)。PS-1是γ-分泌酶的亚单位之一, APP经γ分泌酶剪切异常是AD发病机制中的重要环节。APP细胞外结构域 (extracellular domain, ECD) 被α和β分泌酶切割并释放其氨基末端片段, 随后细胞内结构域被γ分泌酶切割, 释放羧基末端片段, 产生Aβ。间歇性活化自噬对于药物副作用突出的患者更为有利。北京自噬荧光
溶酶体的作用还包括对细胞内物质的消化，溶酶体能消化分解经胞吞作用摄入细胞内的各种物质和细胞内衰亡或损伤的各种细胞器等。吞噬性溶酶体内的各种大分子在水解酶的作用下，可以被分解为简单物质。例如，能将蛋白质分解为二肽或游离氨基酸；把核酸分解为核苷和磷酸；使碳水化合物分解为寡糖类或单糖；将中性脂肪分解为甘油和脂肪酸等。这些被分解而生成的可溶性小分子物质，能透过溶酶体体膜进入细胞质基质，重新参与细胞的物质代谢，一些未被完全消化的物质残留下来，形成残余小体。安徽mRFP-GFP-LC3双荧光自噬山柰酚和雷公藤红素可通过诱导自噬途径保护鱼藤酮诱导的SH-SY5Y神经细胞。
大自噬，也就是通常说的自噬，是真核细胞蛋白降解的途径之一。自噬可以被描述为细胞质内的成分（细胞器、蛋白等）被双层膜的囊泡包裹，形成自噬体，进而传递到溶酶体进行降解的过程。详细来说，自噬过程与内涵体途径密不可分。一方面，自噬体能够与晚期内体融合形成中间囊泡终形成自噬溶酶体；另一方面，自噬体能够直接与溶酶体融合形成自噬溶酶体。无论通过哪条途径，自噬溶酶体较终通过酸性水解酶将细胞器、蛋白等消化分解。细胞本底水平的自噬发生在营养充足的条件下，可保护细胞免受错误折叠蛋白或受损细胞器的影响，从而防止某些疾病的发生（如神经退行性疾病和病症）。饥饿等也可诱导自噬的发生，通过降解大分子物质和细胞器为细胞活动提供营养和能量。
对抗关系中，自噬与凋亡的目标及过程背道而驰。自噬并不引发细胞死亡，相反促进细胞存活。内质网应激中，自噬通过消化蛋白聚集物和错误折叠蛋白维护内质网功能，限制了内质网应激反应诱发的细胞凋亡。在细胞能量危机的时候，自噬还通过消化细胞器和蛋白质等大分子为细胞提供能量和营养，延长细胞寿命。因而在成年小鼠的饥饿期、乳鼠出生后的喂养适应期以及营养剥夺的细胞中，均显示出自噬为细胞存活所必需[11]。在细胞遭受代谢应激、药物调整和放射性损伤时，自噬也是维护基因完整性的重要机制。因此，在乳腺病、前列腺病及结肠病细胞中阻止自噬，能够提高病变细胞对放化疗的敏感性。线粒体自噬是自噬的一种，它能通过清理去极化线粒体减少活性氧簇，达到细胞保护的目的。线粒体自噬甚至可通过减少线粒体外膜通透化(mitochondrialoutermembranepermeabilization,MOMP)和减少细胞色素C和SMAC/DIABLO等线粒体促凋亡蛋白的释放阻止凋亡发生。效表达红色荧光蛋白、绿色荧光蛋白和LC3B的融合蛋白，呈现明亮的红色和绿色荧光，可以用于细胞自噬的检测。
自噬是一种通过溶酶体在细胞内部降解功能失调的细胞组分的过程。细胞质分解为各类基础组分，且可重新进入细胞质实现再利用。自噬属动态过程。在基础条件下，各类细胞中均存在低水平自噬。但营养不足或缺氧等刺激可能导致自噬水平上调。自噬信号通路受到严密调控，在基础水平上起到重要管家作用，可使细胞在多种应力条件下继续存活。大自噬是较为主要的自噬通路，负责将细胞质内物质通过中间双重细胞膜囊泡传输至溶酶体。中间双重细胞膜囊泡是一种自噬体，可与溶酶体相结合，形成自噬体。L-NAME抑制NO产生能活化自噬, 促进突变Htt 降解并减轻聚集突变蛋白的毒性作用。北京自噬荧光
在自噬的情况下，荧光显微镜下RFP-GFP-LC3B则聚集在自噬体膜上，以黄色斑点的形式表现出来。北京自噬荧光
自噬发生过程：在此过程中，自噬体的形成是关键，其直径一般为300~900nm，平均500nm，囊泡内常见的包含物有胞质成分和某些细胞器如线粒体、内吞体、过氧化物酶体等。与其他细胞器相比，自噬体的半衰期比较短，只有8min左右，说明自噬是细胞对于环境变化的有效反应。在整个自体吞噬过程中,细胞质和细胞器都受到破坏,较明显的是线粒体和内质网受损。虽然自体吞噬并不直接破坏细胞膜和细胞核,但是有证据表明,在较初断裂或消化后,细胞膜和细胞核会较终变成溶酶体以消化和分解自身。北京自噬荧光
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