下一代测序技术的迅速发展降低了微生
物多样性分析的检测成本和复杂程度。因此，选择
引物扩增标记基因就成为确定序列长度和覆盖范
围的关键。2010 年，地球微生物组计划(Earth
Microbiome Project，EMP)成立，慢慢建立起来自世
界各地生态系统的微生物多样性目录，以创建微
生物组样本数据库。基于此，微生物生态学家可以
控制分析方法的一致性，以促进全球微生物组的比
较。因此，EMP 提出了标准引物和实验方法，以保
证样本间的多样性比较的准确性。对于 16S rRNA
基因，EMP 推荐的标准引物是扩增 V4−V5 区的
515F/806R 引物对和扩增 V4−V6 区的 515F/926R 引
物对。16S rRNA 基因的 V4−V6 区特异性好、数据
库信息全，是细菌多样性分析注释的选择。 上海融享生物科技有限公司就带您了解一下16s的特点。湖北细菌16S测序公司
对于 ITS 基因扩增，由于整个 ITS 区域太长，
目前的第二代测序无法对其进行完全测序。因此，
我们捕捉的目的片段目前只针对 ITS1 或 ITS2 区
域，EMP 则是推荐了扩增 ITS1 基因的引物对
ITS1F/ITS2。由于这对引物是在物种中只有一
小部分分子变异已知的情况下设计的，因此在我们
的结果中其覆盖度并不高。在过去的研究中，这对
引物在担子菌等部分类群的扩增中有错配，甚
至不匹配的比例很高，因此当我们允许一个碱
基的错配时，这对引物对 Unite ITS1 数据库的覆盖
度可以提高一倍。 江西真核微生物16S测序公司电话16s 的好处您了解多少呢？
存在自然界中的微生物多如恒河沙数，且其中绝大多数无法在实验室进行培养观察。目前所知道的微生物种数已超过了十万种，这还是一个正在急剧扩大着的数字。DNA测序鉴定方法已经被证明比传统的生化分型和表型分型方法更加准确、快捷，不依赖菌种本身特点，对所有菌种均可使用。晶能凭借先进的测序仪器和多年的微生物检测经验，为您可提供快速、高效、**的微生物检测服务，包括细菌16S rDNA测序、18S rDNA测序、ITS测序。 rDNA测序 — 作为一种应用于环境微生物菌落多样性研究的靶标基因测序技术，通过针对覆盖16SrDNA的1个或多个连续可变性区域进行PCR扩增测序来鉴定样本微生物菌落成员和分析比较多样本微生物菌落的结构，Illumina的Hiseq2500和MiSeq平台可以针对16S rDNA的1个区域进行测序, 具有对样本更高的测序深度、鉴定更多的低丰度群落成员且以较低的费用的优势完成科研项目。
１６Ｓ～２３ＳｒＲＮＡ 基因间区不但可以用于菌种间的鉴别，还 可
以用来分辨１６ＳｒＲＮＡ 基因不能鉴别的非常接近的菌种和种
内 菌 株，是 １６ＳｒＲＮＡ 基因分析很好的补充。金 中 淦
等利用１６ＳｒＲＮＡ、１６Ｓ～２３ＳｒＲＮＡ 基因对主要血流
病原菌进行检测比较后认为在细菌鉴定中，１６Ｓ～２３ＳｒＲＮＡ
可作为比１６ＳｒＲＮＡ 基因更好的分子靶标，可 以 在２４ｈ内 将
病原菌的种类报告给临床医生。Ｚｈｕ等的 研 究 表 明１６Ｓ～
２３ＳｒＲＮＡ 基因分析 可 以 将１６ＳｒＲＮＡ 序 列 同 源 性 达９７％的
两株黏质沙雷菌区分开。根据１６Ｓ～２３ＳｒＲＮＡ 基因间区两端
被高 度 保 守 的ｒＲＮＡ 所包围的结构特点，可 利 用 其 两 端 １６Ｓ
ｒＲＮＡ 及２３ＳｒＲＮＡ 保守区设计通用引物作上、下 游 引 物，特
异性扩增特定细菌 的１６Ｓ～２３ＳｒＲＮＡ 基 因 间 隔 区，根 据 片 段
数目、长度、序列的多态性或测序来鉴别微生物。 16s 的各种测序应用领域还是不一样的。
有了微生物 16S rRNA 基因序列, 不论是全长还是部分, 都可以提 交到 GENBANK 采用 BLAST 程序与已知序列进 行相似性分析。GENBANK 将按照与测得序列的 相似性高低列出已知序列名单、相似性程度以及 这些序列相对应的微生物种类, 但更为精确的微生物分类还取决于系统发育分析。系统发育分析, 就是根据能反映微生物亲缘关系的生物大分子 (如 16S rDNA、ATP 酶基因)的序列同源性, 计算 不同物种之间的遗传距离, 然后采用聚类分析等 方法, 将微生物进行分类, 并将结果用系统发育树 (phylogentic tree)表示。计算菌属、菌种之间的遗 传距离可以采用不同方法, 如 Jukes Cantor 方法。 在计算遗传距离之后, 构建进化树时有许多种方 法, 其中以 NeighborJoin 法为常用。在进行系统 发育树分析时常用到的一些软件包括 MEGA 和 Phylip 等 。那么16s 的优势都有哪些呢？江西微生物16S测序机构电话
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在过去的十几年中，下一代测序(NGS)技术被用于探索各种生态系统中微生物群落的多样性和组成结构，对研究海洋、土壤、宿主等环境中的微生物构成有重要的指导作用，同时也是系统发育和分类学研究中一种使用的方法，特别是应用于不同的环境宏基因组学样本中随着高通量测序技术的不断发展和参考数据库的不断更新，利用核糖体操纵子作为 DNA 标记可以揭示不同生态系统中的微生物多样性和组成。采用第二代高通量测序平台测定的16S/18S/ITS某个高变区域的序列，可以反映环境样品在细菌、、古菌等分类方面物种之间的差异。然而，针对不同的环境样本，引物的选择和实验过程仍然需要更细致的验证。
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