在过去的十几年中，下一代测序(NGS)技术被
用于探索各种生态系统中微生物群落的多样
性和组成结构，对研究海洋、土壤、宿主等环境中
的微生物构成有重要的指导作用，同时也是系统发
育和分类学研究中一种使用的方法，特别是应
用于不同的环境宏基因组学样本中。随着高通量
测序技术的不断发展和参考数据库的不断更新，利
用核糖体操纵子作为 DNA 标记可以揭示不同生态
系统中的微生物多样性和组成。采用第二代高通量
测序平台测定的16S/18S/ITS某个高变区域的序列，
可以反映环境样品在细菌、、古菌等分类方面
物种之间的差异。然而，针对不同的环境样本，引
物的选择和实验过程仍然需要更细致的验证。
一个好的16s测序 需要具备哪些特点您了解吗？18S测序实验
有了微生物 16S rRNA 基因序列, 不论是全长还是部分, 都可以提 交到 GENBANK 采用 BLAST 程序与已知序列进 行相似性分析。GENBANK 将按照与测得序列的 相似性高低列出已知序列名单、相似性程度以及 这些序列相对应的微生物种类, 但更为精确的微生物分类还取决于系统发育分析。系统发育分析, 就是根据能反映微生物亲缘关系的生物大分子 (如 16S rDNA、ATP 酶基因)的序列同源性, 计算 不同物种之间的遗传距离, 然后采用聚类分析等 方法, 将微生物进行分类, 并将结果用系统发育树 (phylogentic tree)表示。计算菌属、菌种之间的遗 传距离可以采用不同方法, 如 Jukes Cantor 方法。 在计算遗传距离之后, 构建进化树时有许多种方 法, 其中以 NeighborJoin 法为常用。在进行系统 发育树分析时常用到的一些软件包括 MEGA 和 Phylip 等 。18S测序实验上海融享生物科技有限公司主营测序很多，其中16s 销很好。
由于真核微生物的核糖体 DNA 是由核糖体基
因及与之相邻的间隔区(ITS)组成，使扩增
ITS1 的正向引物落在 18S 亚基上，扩增 ITS1 的反
向引物和扩增 ITS2 的正向引物落在 5.8S，而扩增
ITS2 的反向引物则是落在 28S 亚基上。然而目前并
没有一个较为准确完整的数据库能够提供从 18S 至
28S 全长序列。因此，我们用 ITSx Extractor 从专门
针对 ITS 序列的数据库 Unite 中分别筛选出的
ITS1、ITS2 和 ITS 全长序列，并构建了 3 个新的
数据库。其中，ITS1 数据库的筛选条件为：包含 ITS1
基因，且 ITS1 基因前、IT1 基因后序列长度>100 bp；
ITS2 数据库的筛选条件为：包含 ITS2 基因，且 ITS2
基因前、ITS2 基因后序列长度>100 bp；ITS 基因全
长序列数据库的筛选条件为：序列包含 ITS1 基因，
ITS2 基因、且 ITS1 基因前、ITS1 基因与 ITS2 基
因间隔、ITS2 基因后序列长度>100 bp。
微生物种群鉴定测序(16S/18S/ITS)为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，对18SrDNA某个高变区进行测序，用于研究环境微生物中真核微生物的群落多样性。ITS测序：ITS分为两个区域ITS1h和ITS2，ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之间。对ITS1或ITS2进行测序，用于研究环境微生物中群落结构多样性Chemicalbook。微生物种群鉴定测序（16S18SITS）方法是首先提取样品中微生物总DNA，然后运用PCR技术扩增细菌基因组中的16SrDNA、基因组中的18SrDNA或ITS区域，获得绝大部分微生物16SrDNA、18SrDNA或ITS高可变区的扩增产物，并构建扩增产物的文库，利用第二代测序平台进行大规模高通量测序，然后比较分析测序数据，该方法近几年已广泛应用于转基因作物对土壤微生物群落多样性影响的研究。18S 的多种测序总有一款是您满意。
在细菌的系统分类学研究中有用的和常 用的分子钟是 rRNA, 其种类少、含量大(约占细菌 RNA 含量的 80%), 分子大小适中, 存在于所有的 生物中, 特别是其进化具有良好的时钟性质, 在结 构与功能上具有高度的保守性, 素有“细菌化石” 之称。rRNA 是细菌和真核细胞核糖体的基本组 成部分, 编码 rRNA 的基因是按 5′- 16S- 23S- 5S- 3′方式排列的, 由两个非编码的间隔区序列所分 开。16S rDNA、23S rDNA、5S rDNA 三部分组成 一个 RNA 操纵子, 这个操纵子作为一个单位进 行转录。转录后处理成为成熟的 16S、23S 和 5S rRNA。上海16s 推荐上海融享生物科技有限公司。18S测序实验
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原 核 生物的ｒＲＮＡ 有３类：５ＳｒＲＮＡ、１６ＳｒＲＮＡ 和２３ＳｒＲＮＡ，其 编
码基因（ｒＤＮＡ）长度依次为１２０、１５４０及３３００个 核 苷 酸。它
们位于同一操纵子序列中，但被一些间隔区域所分开，从５′～
３′端 依 次 是：１６Ｓ、间 隔 区、ｔＲＮＡ、间 隔 区、２３Ｓ、间 隔 区 和 ５Ｓ
ｒＲＮＡ［２］，一个操纵子进行转录后处理成为成熟的１６Ｓ、２３Ｓ和
５ＳｒＲＮＡ。ｒＲＮＡ 结构既具保守性又具高变性，保守性反 映 生
物物种的亲缘关系，高变性则揭示生物物种的特征核酸序列，
是属种鉴定的分子基础。因此，可以利用保守区设计通用引
物扩增细菌的相应靶序列，再利用可变区的差异鉴别菌种。其
中以１６ＳｒＲＮＡ 基因及１６Ｓ～２３ＳｒＲＮＡ 基因间区在细菌鉴定
中的应用较为成熟。 18S测序实验
