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甲基化重测序基本参数
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甲基化重测序企业商机

DNA甲基化是指生物体在DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase,DMT) 的催化下,以s-腺苷甲硫氨酸(SAM)为甲基供体,将甲基转移到特定的碱基上的过程。DNA甲基化能降低某些基因的表达活性,去甲基化则能引起基因的重新活化和表达。DNA甲基化能引起染色质的结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质之间的相互作用方式的改变,从而影响基因表达。研究证实,CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化导致了人体1/3以上由于碱基变异而引起的遗传性疾病。由于DNA甲基化与人体发育和tumour疾病的密切关系,特别是CpG岛甲基化引起的抑cancer基因的转录失活,使得DNA甲基化成为表观遗传学和表观基因组学的重要研究内容。机体细胞在经历胁迫、创伤等环境变化后,会产生特定的应答,并往往会用DNA甲基化记录在DNA修饰中。江苏目标区间甲基化重测序准确度高

DNA甲基化(DNA methylation)为DNA化学修饰的一种形式,能够在不改变DNA序列的前提下,改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下,在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明,DNA甲基化能引起染结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。WGBS是基于重亚硫酸盐的甲基化分析方法,首先通过Bisulfite对样本DNA进行处理,将未甲基化的C碱基转化为U碱基,而甲基化的C碱基则不会改变,进行PCA扩增后U碱基会变成T,与原本甲基化的C碱基区分开,再结合高通量测序技术,可绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。浙江目标区域甲基化重测序分析基因甲基化几乎发生在CpG岛(70%启动子)会损害转录因子结合,发生在基因区间能抑制有害元件的表达。

DNA甲基化是表观遗传修饰的主要方式,能在不改变DNA序列的前提下,改变遗传表现。为外遗传编码(epigenetic code)的一部分,是一种外遗传机制。DNA甲基化过程会使甲基添加到DNA分子上,例如在胞嘧啶环的5'碳上:这种5'方向的DNA甲基化方式可见於所有脊椎动物。在人类细胞内,大约有1%的DNA碱基受到了甲基化。在成熟体细胞组织中,DNA甲基化一般发生於CpG双核苷酸(CpG dinucleotide)部位;而非CpG甲基化则於胚胎干细胞中较为常见。植物体内胞嘧啶的甲基化则可分为对称的CpG(或CpNpG),或是不对称的CpNpNp形式(C与G是碱基;p是磷酸根;N指的是任意的核苷酸)。特定胞嘧碇受甲基化的情形,可利用亚硫酸盐定序(bisulfite sequencing)方式测定。DNA甲基化可能使基因沉默化,进而使其失去功能。此外,也有一些生物体内不存在DNA甲基化作用。

全基因组重亚硫酸盐甲基化测序(WGBS)可以在全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基(C碱基)的甲基化水平,是DNA甲基化研究的金标准。WGBS能为基因组DNA甲基化修饰的研究提供重要技术支持,能广泛应用在个体发育、衰老和cancer发生等生命过程的机制研究中。其原理是用 Bisulfite 处理DNA序列,首先将基因组中未发生甲基化的 C 碱基转换成U(T),从而与原本具有甲基化修饰的碱基C区分开来,然后进行PCR扩增,结合高通量测序技术,适用于全基因组范围内绘制单碱基分辨率的DNA 甲基化图谱。重亚硫酸盐扩增子测序法基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化学转化,即用重亚硫酸盐处理基因组DNA。

上海翼和生物甲基化测序采用的是重亚硫酸盐扩增子测序法(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS),重亚硫酸盐转化是研究DNA甲基化的金标方法,该技术基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化学转化,即用重亚硫酸盐处理基因组DNA,非甲基化胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化胞嘧啶不发生这种转化,从而能够在单核苷酸水平上确定DNA甲基化(图1)。转化后的序列可以进行多种分析,包括重亚硫酸盐测序、焦磷酸测序、甲基化特异性PCR、高分辨率熔解曲线分析、基于微阵列的方法和下一代测序。DNA甲基化主要发生在启动子区CPG岛,在调节基因表达和其他功能方面起着关键作用.江苏目标区间甲基化重测序准确度高

全基因组甲基化测序:利用Bisulfite(亚硫酸盐)对基因组进行处理后上机测序。江苏目标区间甲基化重测序准确度高

DNA 甲基化是早发现的基因表观修饰方式之一,可能存在于所有高等生物中。DNA 甲基化能关闭某些基因的活性,去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鸟嘌呤。原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化,而真核生物中甲基化发生于胞嘧啶。DNA 的甲基化是在DNA 甲基化转移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶转变为5'甲基胞嘧啶。这种DNA 修饰方式并没有改变基因序列,但是它调控了基因的表达。江苏目标区间甲基化重测序准确度高

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