SNP位点信息:人类基因组需SNP位点的rs号;其它物种如牛、鸡、鱼、水稻、玉米等无rs号的,需SNP位点上下游各250bp的确切序列、SNP位点突变类型、以及位点上下游25bp内是否存在其它位点。(二代测序SNP基因分型)送样注意事项:1.此分型方法适用于15-500个位点,样本数目为数百至数千的高通量检测;2.样本寄送前请与本公司工作人员取得联系,确认样本寄送时间、方式、数量和收件人信息;3.请再三确认盛放样本的容器密封,可使用封口膜,不推荐锡箔纸、保鲜膜等密封方式;主要特点是准确性高、灵活性强、通量大,主要方法是TaqMan探针法。浙江STR/SSR基因SNP分型分析
3、SNP等位基因频率的容易估计。采用混和样本估算等位基因的频率是种高效快速的策略。该策略的原理是:首先选择参考样本制作标准曲线,然后将待测的混和样本与标准曲线进行比较,根据所得信号的比例确定混和样本中各种等位基因的频率。4、易于基因分型。SNPs的二态性,也有利于对其进行基因分型。对SNP进行基因分型包括三方面的内容:(1)鉴别基因型所采用的化学反应,常用的技术手段包括:DNA分子杂交、引物延伸、等位基因特异的寡核苷酸连接反应、侧翼探针切割反应以及基于这些方法的变通技术;(2)完成这些化学反应所采用的模式,包括液相反应、固相支持物上进行的反应以及二者皆有的反应。(3)化学反应结束后,需要应用生物技术系统检测反应结果。上海基因SNP分型这种变异可能是转换(C T,在其互补链上则为G A),也可能是颠换(C A,G T,C G,A T)。
随着遗传学越来越贴近老百姓的生活,上海翼和生物作为历史悠久的遗传学服务供应商,有16年高性价比的专业基因检测经验,推出了的SNP分型平台,提供各类基因检测和科研委托服务,检测技术包括①TaqMan荧光探针技术;②自主知识产权的PCR-LDR技术;③基于超高重PCR捕获的二代测序SNP分型平台(Hi-SNP);④基因组目标区段的超高重PCR捕获建库测序平台(Hi-reseq)。上海翼和**团队富有开创精神,朝气蓬勃,在肖君华博士的带领下,秉承“专业、协作、进取”的企业精神,为科研用户提供性价比高、可靠的遗传学技术服务和产品。
理论上讲,SNP既可能是二等位多态性,也可能是3个或4个等位多态性,但实际上,后两者非常少见,几乎可以忽略。因此,通常所说的SNP都是二等位多态性的。这种变异可能是转换(CT,在其互补链上则为GA),也可能是颠换(CA,GT,CG,AT)。转换的发生率总是明显高于其它几种变异,具有转换型变异的SNP约占2/3,其它几种变异的发生几率相似。Wang等的研究也证明了这一点。转换的几率之所以高,可能是因为CpG二核苷酸上的胞嘧啶残基是人类基因组中,易发生突变的位点,其中大多数是甲基化的,可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。在基因组DNA中,任何碱基均有可能发生变异,因此SNP既有可能在基因序列内,也有可能在基因以外的非编码序列上。总的来说,位于编码区内的SNP(codingSNP,cSNP)比较少,因为在外显子内,其变异率及周围序列的1/5.但它在遗传性疾病研究中却具有重要意义,因此cSNP的研究更受关注。而现在,要想在SCI杂志上面发表SNP的文章,尤其是影响因子大于5的杂志,就没有那么容易了。
3.HRM法高分辨率熔解曲线分析(HRM)是近几年兴起的SNP研究工具,它通过实时监测升温过程中双链DNA荧光染料与PCR扩增产物的结合情况,来判断是否存在SNP,而且不同SNP位点、是否是杂合子等都会影响熔解曲线的峰形,因此HRM分析能够有效区分不同SNP位点与不同基因型。这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限,无需序列特异性探针,在PCR结束后直接运行高分辨率熔解,即可完成对样品基因型的分析。该方法无需设计探针,操作简便、快速,成本低,结果准确,并且实现了真正的闭管操作。这种选择具有准确性高的特点,能够有效避免形态学和环境因素的干扰,从而极大的缩短育种进程。STRSNP分型准确度高
目前在nature genetics和cell这样的杂志,也不乏SNP的文章。浙江STR/SSR基因SNP分型分析
目前市场上有多个厂家提供HRM分析的仪器,包括IdahoTechnology、Corbett(QIAGEN)、Roche等,有些是HRM的仪器,有些则是附带HRM功能的定量PCR仪。HRM的发明者—美国犹他大学医学院的Wittwer实验室曾评估了市场上多台仪器在基因分型和突变扫描上的性能1。他们发现,对于大部分仪器的准确基因分型来说,主要限制在于平板上的空间温度差异(Tm的标准偏差为0.020-0.264°C)。其它差异如数据密度、信噪比和熔解速率,也会影响杂合体的扫描。经过比较发现,空气加热型仪器以及样品温度单独控制的仪器有着更低的Tm标准偏差(0.018-0.065),而加热块型仪器则在0.092-0.274。浙江STR/SSR基因SNP分型分析
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