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甲基化重测序基本参数
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甲基化重测序企业商机

DNA甲基化是表观遗传学的重要内容。DNA甲基化是基因组DNA的一种主要表观遗传修饰形式。DNA甲基化修饰对于维持正常细胞功能、传递基因组遗传印记、胚胎发育以及人类tumour发生,起着至关重要的作用。甲基化研究成为表观遗传学的热点,相应的技术也是层出不穷,根据实验目的的不同,这些技术大体能够分成两类:全基因组甲基化检测技术以及特异性位点甲基化检测技术。翼和特色内容目标区域甲基化测序自主知识产权超高重PCR为基础,目标甲基化区段特异性捕获,更具针对性,经济型基于二代测序,可以获得目标区域内所有C的甲基化数据~500X的测序深度,精确计算每个位点C的甲基化程度通量高,可同时对成百上千个区域进行甲基化程度分析适用于大样本多区域的DNA甲基化水平检测Q30>80%检出率90%以上,90%以上测序片段测序深度>10X。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非编码区,DNA高度甲基化首先会影响DNA结构,引起基因沉默。浙江CPG岛甲基化重测序怎么解决

DNA 甲基化是早发现的基因表观修饰方式之一,可能存在于所有高等生物中。DNA 甲基化能关闭某些基因的活性,去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鸟嘌呤。原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化,而真核生物中甲基化发生于胞嘧啶。DNA 的甲基化是在DNA 甲基化转移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶转变为5'甲基胞嘧啶。这种DNA 修饰方式并没有改变基因序列,但是它调控了基因的表达。河南目标甲基化重测序分析机体细胞在经历胁迫、创伤等环境变化后,会产生特定的应答,并往往会用DNA甲基化记录在DNA修饰中。

WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因组甲基化测序,利用重亚硫酸氢盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶(C)脱氨基转变成尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶保持不变,然后通过PCR将U变为A,*有甲基化的C可以成功保留,***通过测序就可判断CpG位点是否发生甲基化。特点是精确度高、重复性好,检测范围广,可以覆盖全基因组范围内的每一个C碱基的甲基化状态;但需要的数据量比较大,成本较高。上海翼和生物是上海市遗传学会理事单位,上海市****,至今已有16年的历史。

DNA去甲基化分为两类:主动去甲基化(Active DNA Demethylation)和被动去甲基化(Passive DNA Demethylation)。基因组甲基化模式的形成主要依赖于主动去甲基化,主要涉及一类具有DNA去甲基化功能的蛋白,可能存在的五种机制a. DNA转葡糖基酶参与的碱基切除修复(base excision repair;BER):5-mC 由DNA 转葡糖基酶直接去除。此途径主要存在于植物体内,动物体内也可能存在。b.脱氨酶参与的碱基切除修复:5-mC 脱氨变成胸腺嘧啶T,形成G/T 错配,进入BER 途径。这一途径主要存在于动物体中,植物体中也可能存在。c.核苷酸外切修复机制(nucleotide excision repair;NER):直接移除甲基化的CpG 二核苷酸。d.氧化去甲基化:发生氧化反应打开碳-碳键,直接去除甲基基团。e.水解去甲基化:水解胞嘧啶的甲基基团,使其以甲醇的形式被释放。DNA被动去甲基化是指当DNMTs活性被抑制或浓度过低时,无法维持原有的甲基化状态,使DNA甲基化程度降低的过程,这类去甲基化通常发生在细胞复制的两个周期之间,涉及到某些可与DNMTs结合的因子,其结合后形成的复合物可以阻止DNMTs与DNA的结合。Hi-MethylSeq在研究DNA甲基化时,每一个read都相当于克隆测序时的一个单克隆。

全基因组重亚硫酸盐甲基化测序(WGBS)可以在全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基(C碱基)的甲基化水平,是DNA甲基化研究的金标准。WGBS能为基因组DNA甲基化修饰的研究提供重要技术支持,能广泛应用在个体发育、衰老和cancer发生等生命过程的机制研究中。其原理是用 Bisulfite 处理DNA序列,首先将基因组中未发生甲基化的 C 碱基转换成U(T),从而与原本具有甲基化修饰的碱基C区分开来,然后进行PCR扩增,结合高通量测序技术,适用于全基因组范围内绘制单碱基分辨率的DNA 甲基化图谱。上海翼和生物通过亚硫酸氢盐(bisulfite)处理,用多重PCR扩增目的片段,添加barcode和测序通用接头。苏州全基因组甲基化重测序哪个公司做

全基因组DNA甲基化测序是用 Bisulfite 处理DNA序列。浙江CPG岛甲基化重测序怎么解决

DNA甲基化一般是指DNA复制后,在DNA甲基转移酶的作用下,将S-腺甘酰甲硫氨酸分子上的甲基转移到DNA分子中胞嘧啶残基的第5位碳原子上,形成5-甲基胞嘧啶的过程,它是真核细胞生物基因组重要的修饰方式之一。DNA甲基化包括从头甲基化和维持甲基化2种模式。从头甲基化是指在从未发生甲基化的位点上发生甲基化修饰,建立DNA甲基化的过程;而维持甲基化是指维持甲基化的酶可识别新合成的半甲基化双链DNA,并将甲基添加到新链的非甲基化胞嘧啶上。浙江CPG岛甲基化重测序怎么解决

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