DNA甲基化属于表观遗传的范畴。表观遗传属于一种可以对环境产生应答和改变的遗传机制。机体细胞在经历胁迫、创伤等环境变化后,会产生特定的应答,并往往会用DNA甲基化、组蛋白修饰等形式将应激的模式记录在DNA修饰中。这种胁迫记忆可以帮助细胞在面临下一次应激的时候快速适应。同时,这种表观修饰可以通过遗传的方式传递给下一代细胞。对于高等动植物,通常寿命都比较漫长。在漫长的一生中,一方面机体会经历大量的环境应答,另一方面细胞将会分裂多代。那么机体就更需要将应答的信息,存储在DNA甲基化中传递给后代的细胞,以提高这个物种的环境适应能力。将序列与未经处理的序列进行比较,判断CpG位点是否发生甲基化。杭州CPG岛甲基化重测序技术服务
真核生物基因表达受多种机制、多层面的综合调控。基因的DNA序列不发生改变的情况下,基因的表达水平与功能发生改变,并可遗传现象,称为表观遗传(epigenetic)现象。DNA甲基化是指在甲基转移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被选择性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常见于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非编码区,DNA高度甲基化首先会影响DNA结构,进而阻遏基因转录,引起基因沉默。人体内,DNA甲基转移酶主要有四种:DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT3L。在DNA复制完成后,DNMT1是催化甲基转移至新合成的DNA链上,这一现象称为维持甲基化;DNMT3A和DNMT3B负责催化核酸链上新的甲基化位点发生反应,成为形成甲基化;DNMT3L不具有甲级转移酶活性,其主要作用是调节其他甲基转移酶的活性。真核细胞内甲基化状态有3种:持续的低甲基化状态(如持家基因的甲基化)、诱导的去甲基化状态(如一些发育阶段特异性基因的修饰)和高度甲基化状态(如人类女性细胞内缢缩-失活的X染色体的甲基化)。天津甲基化重测序机构上海翼和生物通过亚硫酸氢盐(bisulfite)处理,用多重PCR扩增目的片段,添加barcode和测序通用接头。
WGBS能为基因组DNA甲基化时空特异性修饰的研究提供重要技术支持,能广泛应用在个体发育、衰老和疾病等生命过程的机制研究中,也是各物种甲基化图谱研究的优先方法。常规全基因组甲基化测序技术通过T4-DNA连接酶,在超声波打断基因组DNA段的两端连接接头序列,连接产物通过重亚硫酸盐处理将未甲基化修饰的胞嘧啶C转变为尿嘧啶U,进而通过接头序列介导的 PCR 技术将尿嘧啶U转变为胸腺嘧啶T。上海翼和是上海市遗传学会理事单位,上海市****,至今已有十六年的历史。
亚硫酸氢钠转化是分析胞嘧啶甲基化效果比较好的工具之一。该方法基于亚硫酸氢钠对 DNA 的处理,确定其甲基化模式。重亚硫酸盐测序本质上就是重亚硫酸盐转化与二代测序(NGS)的结合。甲基化的金标准是亚硫酸氢盐测序法:用亚硫酸氢盐处理DNA,未发生甲基化的胞嘧啶能够被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶则保持不变,通过后续的测序即可检测。利用亚硫酸氢盐的这种原理,可以衍生出多种甲基化检测方法,如甲基化特异性的PCR和高分辨率熔解曲线法。Hi-Methylseq结合了亚硫酸盐转换、靶向扩增子高通量测序技术,可实现 多区段、多位点的甲基化精确定量分析。
目标区域甲基化重测序(Hi-MethylSeq),又叫重亚硫酸盐扩增子测序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因组甲基化测序、全基因组甲基化芯片等工作基础上,或者依据文献报道目的基因甲基化与性状/疾病关联,选择感兴趣的目的区间或候选基因,利用Hi-MethylSeq技术对大规模群体的候选基因甲基化水平进行检测。Hi-MethylSeq技术通过亚硫酸氢盐(bisulfite)处理,用多重PCR扩增目的片段,添加barcode和测序通用接头,在Illumina X10二代测序平台对PCR产物进行高通量测序,利用生物信息学方法,精确定量计算目标区间内的甲基化位点的甲基化状态,在完成目标区域检测的同时大幅降低研究费用。DNA 甲基化能关闭某些基因的活性,去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。安徽bisulfite甲基化重测序机构
DNA甲基化可引起基因组中相应区域染色质结构变化,使DNA失去核酶限制性内切酶的切割位点,。杭州CPG岛甲基化重测序技术服务
DNA甲基化一直以来都是表观遗传学领域研究的重点之一。DNA甲基化(Methylation)是指在DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase, 缩写DNMT)的作用下,基因组DNA序列上CpG岛的二核苷酸5′端胞嘧啶转变为5′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 缩写5mC)。这种DNA修饰的方式并未改变基因的序列, 但能抑制某些基因的表达。在哺乳动物中,基因组DNA的甲基化可分为两种类型:维持甲基化(maintenance DNA methylation)和重新甲基化(de novo methylation)。维持甲基化是指在甲基转移酶的作用下,DNA的半保留复制过程中,会在子链的相应的位置进行甲基化修饰的过程。重新甲基化是指在甲基转移酶的作用下,原来没有甲基化的DNA双链上,进行甲基化的过程,之后由维持甲基化酶来维持稳定的DNA甲基化状态。对于这两种甲基化机制来说,有两种对应类型的甲基化酶:维持甲基转移酶和重新甲基转移酶。杭州CPG岛甲基化重测序技术服务
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