同源SNP分型分析

BLAST是一个机遇序列相似性的数据库搜索程序。是“局部相似性基本查询工具”（BasicLocalAlignmentSearchTool）的缩写。Blast是一个序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多**的程序，这些程序是根据查询对象和数据库的不同来定义的。上海翼和应用生物技术有限公司是上海市遗传学会理事单位，是上海市****，至今已有十六年历史，专注于为国内科研工作者和生物医药企业提供各类分子遗传学技术服务（高同源区段SNP分型）和质控试剂盒。只要这个突变群没有达到总群体的1%，它就只是一个突变株/系。达到了1%就是多态性了。同源SNP分型分析

多倍体是指含有3套或3套以上完整染色体组的生物体。很多重要的农作物和动物都是多倍体，例如：小麦、油菜、棉花、花生、***、甘蔗、家蚕、蝾螈、果蝇、蛙等。多倍体物种基因组复杂，给遗传学研究带来了很大挑战。在SNP分型、目标区间重测序和分子克隆等过程中，特异性扩增的难度增大，非特异性扩增容易扩增出多个亚基因组间的同源区段。上海翼和应用生物技术有限公司是上海市遗传学会理事单位，是上海市****，至今已有十六年历史。北京高同源SNP分型送样要求多重长片段PCR，同时扩增10个以上长片段，长片段区间内覆盖多个SNP位点，通过这种方法高效捕获特异性序列。

TaqMan荧光探针法优点是操作简单，准确性高（闭管进行，减少污染），判读也很方便，认可度高；适合多样本，少位点。但是其也有不可忽视的限制性，如探针合成耗时较长，价格昂贵，为了保证探针的稳定质量，一般大家会选择A公司合成。TaqMan荧光探针法一般为只有几个位点时适用，并且对样本的质量要求较高，除了样本无降解外，要需要浓度尽可能的一致。上海翼和应用生物技术有限公司，地址：上海市松江区龙腾路1015弄中星创意园2号502

为了获得更多糖原相关SNP位点，作者选择了包括Cg_GD1基因在内的5个基因，64个个体（32个高糖原个体和32个低糖原个体）进行重测序，，后得到732个高质量SNP。其中32个位于Cg_GD2基因，256个位于Cg_GS基因，用于后续的关联分析。结果显示有两个SNP与糖原含量有关。分别是位于Cg_GD1基因第15个内含子的SNP（Cg_SNP_3021(R(A/G)）),和位于Cg_GD1基因的SNP（Cg_SNP_3021）。上海翼和应用生物技术有限公司是上海市遗传学会理事单位，是上海市****，至今已有十六年历史。.高同源区段在多倍体物种中，又细分为横向同源和部分同源。

连接酶检测反应(LigaseDetectionReaction，LDR)是利用高温连接酶实现对基因多态性位点的识别，高温连接酶一旦检测到DNA与互补的两条寡聚核苷酸接头对应处存在着基因点突变类型的碱基错配，连接反应就不能进行。该方法，对SNP位点同时设计两条有长度差异的探针，当探针末端与模板有一个碱基不配对，所以连接反应不能进行，没有连接产物；相反，若探针与模板DNA完全互补，故进行连接反应，通过温控循环，该特异性连接反应可反复进行，达到线性扩增的效果。，后通过荧光扫描片段长度，实现对SNP位点的检测。目前在nature genetics和cell这样的杂志，也不乏SNP的文章。江苏同源区段SNP分型送样要求

长片段PCR扩增跨过高同源区段是解决高同源区段SNP分型/序列分析的有效方法。同源SNP分型分析

网络版本的NCBI在内的很多网站都提供了在线的blast服务，是**经常用到的blast服务。网络版本的NCBI优点：方便，容易操作，数据库同步更新等优点。网络版本的NCBI缺点：不利于操作大批量的数据，同时也不能定义搜索的数据库。单机版本的NCBI   通过NCBI的ftp站点获得。获得程序的同事必须取相应的数据库才能在本地进行BLAST分析。单机版本的NCBI优点：可以处理大批的数据，可以自己定义数据库。单机版本的NCBI缺点：需要耗费本地机的大量资源，此外操作也没有网络版直观、方便，需要一定的计算机操作水平。同源SNP分型分析

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