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甲基化重测序基本参数
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甲基化重测序企业商机

在表观遗传中,DNA甲基化修饰具有非常重要的地位。其中胞嘧啶杂环5号位的甲基化修饰,又称作5-甲基胞嘧啶(5mC),是**常见的甲基化修饰方式,也是迄今为止研究**为普遍的DNA甲基化修饰方式。一般认为当DNA甲基化出现在基因启动子区,就会抑制基因转录,从而起到负调控的作用。DNA甲基化的形成机制,包括从头合成(de novo),甲基化的维持(Maintenance)和去甲基化(Demethylation),这些过程分别由不同的基因和通路调控。这些基因和通路在动植物中即保守,又有所区别。DNA甲基化可引起基因组中相应区域染色质结构变化,使DNA失去核酶限制性内切酶的切割位点,。河南目标甲基化重测序机构

DNA甲基化是表观遗传调控的常见机制。启动子区域的高度甲基化可导致基因表达改变。甲基化多发生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在细胞和组织分化、疾病发生以及适应环境等过程中,甲基化状态可发生改变。高精确度全基因组甲基化修饰状态的分析,将为发育、育种、tumour标志物鉴定或药物靶标寻找等研究奠定基础。全基因组甲基化测序结合了亚硫酸氢盐转化(bisulfite conversion)方法与新一代高通量测序技术,可在单碱基分辨率水平上高效地检测全基因组DNA甲基化状态。亚硫酸氢盐处理可以使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变,PCR扩增所需片段,则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。对PCR产物进行高通量测序,与参考序列比对,即可判断CpG/CHG/CHH位点是否发生甲基化。甲基化重测序技术服务表观遗传属于一种可以对环境产生应答和改变的遗传机制。

目标区域甲基化重测序(Hi-Methylseq)结合了亚硫酸盐转换、靶向扩增子高通量测序技术,可实现多区段、多位点的甲基化精确定量分析,特别适合队列样本目标区域的甲基化分析,测序深度高,结果更加准确。适用于感兴趣目的片段甲基化研究;适用于在大样本中进一步确认全基因组甲基化研究挑选的阳性位点(DMR)。农口上:表观遗传学研究、品种鉴定、品种改良;医口上:tumour早期诊断、表观遗传学生物标志物开发、tumour复发的 预测因子。

上海翼和生物通过亚硫酸氢盐(bisulfite)处理,用多重PCR扩增目的片段,添加barcode和测序通用接头,在Illumina X10二代测序平台对PCR产物进行高通量测序,利用生物信息学方法,精确定量计算目标区间内的甲基化位点的甲基化状态,在完成目标区域检测的同时大幅降低研究费用。Hi-MethylSeq结合了亚硫酸盐转换、靶向扩增子高通量测序技术,可实现多区段、多位点的甲基化精确定量分析。本方法适用于感兴趣的目的片段的甲基化研究,在大样本中进一步确认全基因组甲基化研究挑选的阳性位点。重亚硫酸盐处理是甲基化分析中基因组DNA处理的金标准,是一个化学过程,可造成DNA的损伤,很难同时实现100%的转换效率和保持DNA的完整性,二者需要做出一定的平衡。Hi-MethylSeq在CpG岛之外选取3段内参序列中的C作为内对照,准确评估样本的转化率。亚硫酸盐处理这种方法可靠,且精确度高,能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态。

DNA甲基化过程在一些生物学现象中起重要作用。例如,在原核生物中,它参与毒力、细胞周期调控、基因表达和对外源 DNA 导入的保护(DNA-宿主特异性)等过程。在高等真核生物中,DNA 甲基化参与调控染色体稳定性、印记、X 染色体失活和cancer 变等多个细胞过程。在哺乳动物中,DNA 甲基化主要发生在胞嘧啶碱基的第五个碳原子上,形成 5-甲基胞嘧啶或 5-甲基胞嘧啶核苷 (5-mC)。DNA甲基化几乎只存在于CpG二核苷酸上,是一个关键的表观遗传标记和基因表达调控因子。基因启动子或 CpG 岛处的甲基化 CpG 簇与基因失活有关。DNA 甲基化由一个被称为 DNA 甲基转移酶并包括 DNMT1、DNMT3a 和 DNMT3b 的酶家族催化。DNMT3a 和 DNMT3b是从头合成的甲基转移酶,能够甲基化之前未甲基化的 CpG二核苷酸。相反,DNMT1是一种维持性甲基转移酶,在复制过程中修饰半甲基化的 DNA。这种DNA修饰方式在不改变基因序列前提下实现对基因表达的调控。杭州目标区段甲基化重测序技术服务

DNA甲基化是基因组DNA的一种主要表观遗传修饰形式。河南目标甲基化重测序机构

DNA甲基化是表观遗传学领域研究的重点之一。DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase, 缩写DNMT)的作用下,基因组DNA序列上CpG岛的二核苷酸5′端胞嘧啶转变为5′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 缩写5mC)。这种DNA修饰的方式并未改变基因的序列, 但能改变某些基因的表达,从而影响生物学功能。DNA 甲基化参与众多的细胞生命活动,包括细胞分化、组织特异性基因表达、基因组印记、X 染色体失活等。异常的 DNA 甲基化会导致发育异常、tumour等疾病的发生。河南目标甲基化重测序机构

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