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甲基化重测序基本参数
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甲基化重测序企业商机

目标区域甲基化重测序(Hi-MethylSeq),又叫重亚硫酸盐扩增子测序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因组甲基化测序、全基因组甲基化芯片等工作基础上,或者依据文献报道目的基因甲基化与性状/疾病关联,选择感兴趣的目的区间或候选基因,利用Hi-MethylSeq技术对大规模群体的候选基因甲基化水平进行检测。Hi-MethylSeq技术通过亚硫酸氢盐(bisulfite)处理,用多重PCR扩增目的片段,添加barcode和测序通用接头,在Illumina X10二代测序平台对PCR产物进行高通量测序,利用生物信息学方法,精确定量计算目标区间内的甲基化位点的甲基化状态,在完成目标区域检测的同时大幅降低研究费用。亚硫酸氢盐处理是一种分类5-甲基胞嘧啶和非甲基化碱基的有效方法之一。广州亚硫酸盐甲基化重测序哪里好

在表观遗传中,DNA甲基化修饰具有非常重要的地位。其中胞嘧啶杂环5号位的甲基化修饰,又称作5-甲基胞嘧啶(5mC),是**常见的甲基化修饰方式,也是迄今为止研究**为普遍的DNA甲基化修饰方式。一般认为当DNA甲基化出现在基因启动子区,就会抑制基因转录,从而起到负调控的作用。DNA甲基化的形成机制,包括从头合成(de novo),甲基化的维持(Maintenance)和去甲基化(Demethylation),这些过程分别由不同的基因和通路调控。这些基因和通路在动植物中即保守,又有所区别。杭州目标区域甲基化重测序哪里做全基因组DNA甲基化测序是用 Bisulfite 处理DNA序列。

DNA甲基化是表观遗传学领域研究的重点之一。DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase, 缩写DNMT)的作用下,基因组DNA序列上CpG岛的二核苷酸5′端胞嘧啶转变为5′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 缩写5mC)。这种DNA修饰的方式并未改变基因的序列, 但能改变某些基因的表达,从而影响生物学功能。DNA 甲基化参与众多的细胞生命活动,包括细胞分化、组织特异性基因表达、基因组印记、X 染色体失活等。异常的 DNA 甲基化会导致发育异常、tumour等疾病的发生。

DNA甲基化作为一种重要的表观修饰,在调控基因的时空特异性表达中扮演着关键的角色,参与了X染色体失活、基因组印记和重复序列抑制等诸多生命过程。哺乳动物细胞的DNA甲基化主要发生在CpG二核苷酸对的C(胞嘧啶)上,并在有丝分裂过程中得以相对稳定的维持,这对细胞保持谱系特性有着重要的意义。上海翼和应用生物技术有限公司自主研发的Hi-MethylSeq技术,可对对大规模群体的候选基因甲基化水平进行检测。上海翼和生物是上海市遗传学会理事单位。以MethlyC-seq为例,将DNA段化后收集特定长度的片段并修复DNA末端.

DNA甲基化是表观遗传调控的常见机制。启动子区域的高度甲基化可导致基因表达改变。甲基化多发生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在细胞和组织分化、疾病发生以及适应环境等过程中,甲基化状态可发生改变。高精确度全基因组甲基化修饰状态的分析,将为发育、育种、tumour标志物鉴定或药物靶标寻找等研究奠定基础。全基因组甲基化测序结合了亚硫酸氢盐转化(bisulfite conversion)方法与新一代高通量测序技术,可在单碱基分辨率水平上高效地检测全基因组DNA甲基化状态。亚硫酸氢盐处理可以使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变,PCR扩增所需片段,则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。对PCR产物进行高通量测序,与参考序列比对,即可判断CpG/CHG/CHH位点是否发生甲基化。DNA甲基化是在DNA甲基化转移酶的作用下将甲基选择性地添加到胞嘧啶上形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)的过程。北京甲基化重测序准确度高

5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC)是一种常见的DNA修饰类型,能调节基因表达、转座子及染色体的状态等。广州亚硫酸盐甲基化重测序哪里好

真核生物基因表达受多种机制、多层面的综合调控。基因的DNA序列不发生改变的情况下,基因的表达水平与功能发生改变,并可遗传现象,称为表观遗传(epigenetic)现象。DNA甲基化是指在甲基转移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被选择性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常见于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非编码区,DNA高度甲基化首先会影响DNA结构,进而阻遏基因转录,引起基因沉默。人体内,DNA甲基转移酶主要有四种:DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT3L。在DNA复制完成后,DNMT1是催化甲基转移至新合成的DNA链上,这一现象称为维持甲基化;DNMT3A和DNMT3B负责催化核酸链上新的甲基化位点发生反应,成为形成甲基化;DNMT3L不具有甲级转移酶活性,其主要作用是调节其他甲基转移酶的活性。真核细胞内甲基化状态有3种:持续的低甲基化状态(如持家基因的甲基化)、诱导的去甲基化状态(如一些发育阶段特异性基因的修饰)和高度甲基化状态(如人类女性细胞内缢缩-失活的X染色体的甲基化)。广州亚硫酸盐甲基化重测序哪里好

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