亚硫酸氢钠转化是分析胞嘧啶甲基化效果比较好的工具之一。该方法基于亚硫酸氢钠对 DNA 的处理，确定其甲基化模式。重亚硫酸盐测序本质上就是重亚硫酸盐转化与二代测序（NGS）的结合。甲基化的金标准是亚硫酸氢盐测序法：用亚硫酸氢盐处理DNA，未发生甲基化的胞嘧啶能够被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶则保持不变，通过后续的测序即可检测。利用亚硫酸氢盐的这种原理，可以衍生出多种甲基化检测方法，如甲基化特异性的PCR和高分辨率熔解曲线法。将序列与未经处理的序列进行比较，判断CpG位点是否发生甲基化。南京亚硫酸盐甲基化重测序
Hi-Methylseq结合了亚硫酸盐转换、靶向扩增子高通量测序技术，可实现多区段、多位点的甲基化精确定量分析，适用于感兴趣的目的片段的甲基化研究和在大样本中进一步确认全基因组甲基化研究挑选的阳性位点。采用翼和自主知识产权的多重PCR捕获技术，确保目的片段有效富集，经亚硫酸氢盐处理后，DNA序列复杂度严重降低，严格控制建库PCR的循环数，降低非特异性扩增，通过将参考序列中的C碱基全部替换为T碱基，然后将测序reads比对到转换后的参考序列上，针对每一个CpG位点，统计C和T碱基的读数（类似于SNP calling），来判断该位点的甲基化。北京多重PCR技术甲基化重测序报告DNA甲基化可引起基因组中相应区域染色质结构变化,使DNA失去核酶限制性内切酶的切割位点,。
DNA甲基化是一种重要的表观遗传学标记，在调控基因表达、细胞的分化与发育等过程中发挥着关键作用。使用基于重亚硫酸氢盐测序的方法进行DNA甲基化评估：首先用亚硫酸氢盐处理基因组DNA可将未甲基化胞嘧啶转化为尿嘧啶（黄色字母），而甲基化胞嘧啶保留为胞嘧啶（白色字母）；然后进行两轮PCR：first轮PCR分别放大每个样本的每个区域，并添加8个随机核苷酸（N8）用于重复数据消除和适配体序列；在汇集每个生物样本的扩增子后，第二轮PCR完成带有样本barcode的序列库，用于多样本NGS测序。
DNA甲基化是一种表观遗传修饰，它是由DNA甲基转移酶（DNA methyl-transferase, DNMT）催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作为甲基供体，将胞嘧啶转变为5-甲基胞嘧啶（mC）的一种反应，在真核生物DNA中，5-甲基胞嘧啶是存在的化学性修饰碱基。CG二核苷酸是**主要的甲基化位点，它在基因组中呈不均匀分布，存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的区域，在哺乳动物中mC约占C总量的2－7％。甲基化检测服务-亚硫酸氢钠处理后测序法 (bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亚硫酸氢钠发生脱氨基变为尿嘧啶的原理，用两一特异性引物扩增后测序。测序法克服了只能针对单个位点检测，并且这些位点必须是限制性内切酶识别位点的缺点，可以对任何基因序列的甲基化状态进行检测。表观遗传学研究已经证实了特定基因区域的DNA甲基化修饰对于染色体构象、基因表达调控机制有着重要影响。
上海翼和生物通过亚硫酸氢盐（bisulfite）处理，用多重PCR扩增目的片段，添加barcode和测序通用接头，在Illumina X10二代测序平台对PCR产物进行高通量测序，利用生物信息学方法，精确定量计算目标区间内的甲基化位点的甲基化状态，在完成目标区域检测的同时大幅降低研究费用。Hi-MethylSeq结合了亚硫酸盐转换、靶向扩增子高通量测序技术，可实现多区段、多位点的甲基化精确定量分析。本方法适用于感兴趣的目的片段的甲基化研究，在大样本中进一步确认全基因组甲基化研究挑选的阳性位点。重亚硫酸盐处理是甲基化分析中基因组DNA处理的金标准，是一个化学过程，可造成DNA的损伤，很难同时实现100%的转换效率和保持DNA的完整性，二者需要做出一定的平衡。Hi-MethylSeq在CpG岛之外选取3段内参序列中的C作为内对照，准确评估样本的转化率。DNA 甲基化能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。目标区段甲基化重测序准确度高
亚硫酸氢盐处理能够将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，进行PCR扩增后变成T。南京亚硫酸盐甲基化重测序
物种的DNA甲基化率通常与物种基因组大小成正比。从细菌的数千个基因进化到高等动物的数万个基因，基因数增长的一个数量级。要管好这么多的基因，在漫长的一生中有规律地关闭或打开基因表达，DNA甲基化这个开关对高等动植物必不可少。转座子是一类在基因组上可以自主复制（或剪切）和移动的**功能元件。如果它们随意移动，对基因组的稳定性具有破坏作用。DNA甲基化对转座子的移动具有抑制作用。通常，物种的基因组越大，其基因组中转座子的比例越高，那么限制转座子移动的门神——DNA甲基化的比例就越高。南京亚硫酸盐甲基化重测序
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