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甲基化重测序基本参数
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甲基化重测序企业商机

DNA甲基化一直以来都是表观遗传学领域研究的重点之一。DNA甲基化(Methylation)是指在DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase, 缩写DNMT)的作用下,基因组DNA序列上CpG岛的二核苷酸5′端胞嘧啶转变为5′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 缩写5mC)。这种DNA修饰的方式并未改变基因的序列, 但能抑制某些基因的表达。在哺乳动物中,基因组DNA的甲基化可分为两种类型:维持甲基化(maintenance DNA methylation)和重新甲基化(de novo methylation)。维持甲基化是指在甲基转移酶的作用下,DNA的半保留复制过程中,会在子链的相应的位置进行甲基化修饰的过程。重新甲基化是指在甲基转移酶的作用下,原来没有甲基化的DNA双链上,进行甲基化的过程,之后由维持甲基化酶来维持稳定的DNA甲基化状态。对于这两种甲基化机制来说,有两种对应类型的甲基化酶:维持甲基转移酶和重新甲基转移酶。重亚硫酸盐测序本质上就是重亚硫酸盐转化与二代测序(NGS)的结合。杭州bisulfite甲基化重测序公司

上海翼和生物甲基化测序采用的是重亚硫酸盐扩增子测序法(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS),重亚硫酸盐转化是研究DNA甲基化的金标方法,该技术基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化学转化,即用重亚硫酸盐处理基因组DNA,非甲基化胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化胞嘧啶不发生这种转化,从而能够在单核苷酸水平上确定DNA甲基化(图1)。转化后的序列可以进行多种分析,包括重亚硫酸盐测序、焦磷酸测序、甲基化特异性PCR、高分辨率熔解曲线分析、基于微阵列的方法和下一代测序。天津甲基化重测序报告DNA甲基化是指在甲基转移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被选择性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶。

表观遗传学研究已经证实了特定基因区域的DNA甲基化修饰对于染色体构象、基因表达调控机制有着重要影响,而全基因组DNA甲基化研究将是表观基因组学为关注的内容之一。Bisulfite处理能够将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U,进行PCR扩增后变成T,与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来,再结合高通量测序技术,可绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。特定物种的高精确度甲基化修饰模式的分析,必将在表观基因组学研究中具有里程碑式的意义,并且为细胞分化、组织发育等基础机制研究,以及动植物育种、人类健康与疾病研究奠定基础。

DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶的作用下,使胞嘧啶的5位碳原子发生甲基化的生物化学过程。DNA胞嘧啶甲基化是一种稳定的表观遗传学标记,在调控特定基因表达、转座子沉默、基因印记、X染色体失活以及基因组稳定性等多种生物学过程中发挥着重要作用。在动物中,DNA甲基化主要发生在CpG二核苷酸的背景下,约为70-80%的DNA甲基化。然而,剩余未发生甲基化的CpG位点则主要密集分布于基因的启动子区域和the first exon region,被称为CpG岛(CpG island),在基因表达的调控和基因突变上都可能发挥着重要作用。常规全基因组甲基化测序技术通过T4-DNA连接酶,在超声波打断基因组DNA段的两端连接接头序列。

DNA甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)和少量的N6-甲基嘌呤(N6-mA)及7-甲基鸟嘌呤(7-mG)结构基因含有很多CpG 结构, 2CpG 和2GPC 中两个胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且两个甲基集团在DNA 双链大沟中呈特定三维结构。基因组中60%~ 90% 的CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地组成CpG 岛,位于结构基因启动子的core序列和转录起始点。有实验证明超甲基化阻遏转录的进行。DNA 甲基化可引起基因组中相应区域染色质结构变化, 使DNA 失去核酶?限制性内切酶的切割位点, 以及DNA 酶的敏感位点, 使染色质高度螺旋化, 凝缩成团, 失去转录活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脱氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能导致基因置换突变, 发生碱基错配: T2G, 如果在细胞分裂过程中不被纠正,就会诱发遗传病或cancer, 而且, 生物体甲基化的方式是稳定的, 可遗传的。机体细胞在经历胁迫、创伤等环境变化后,会产生特定的应答,并往往会用DNA甲基化记录在DNA修饰中。浙江亚硫酸盐甲基化重测序技术服务

WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因组甲基化测序.杭州bisulfite甲基化重测序公司

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