在生物系统内，甲基化是经酶催化的，这种甲基化涉及重金属修饰、基因表达的调控、蛋白质功能的调节以及核糖核酸(RNA)加工。重金属修饰可以在生物系统外发生。组织样本的化学甲基化也是组织染色的方法之一。表观遗传学的甲基化包括DNA甲基化或蛋白质甲基化。1）DNA甲基化。脊椎动物的DNA甲基化一般发生在CpG位点（胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤位点，即DNA序列中胞嘧啶后紧连鸟嘌呤的位点）。经DNA甲基转移酶催化胞嘧啶转化为5-甲基胞嘧啶。人类基因中约80%-90%的CpG位点已被甲基化，但是在某些特定区域，如富含胞嘧啶和鸟嘌呤的CpG岛则未被甲基化。这与包含所有普遍表达基因在内的56%的哺乳动物基因中的启动子有关。1%-2%的人类基因组是CpG群，并且CpG甲基化与转录活性成反比。DNA甲基化在DNA复制起始、错配修复以及转座子的失活等过程中对维持遗传信息的稳定性发挥着重要的作用。天津全基因组甲基化重测序哪里好
目标区域甲基化重测序（Hi-MethylSeq），又叫重亚硫酸盐扩增子测序（Bisulfite Amplicon Sequencing， BSAS）。在前期全基因组甲基化测序、全基因组甲基化芯片等工作基础上，或者依据文献报道目的基因甲基化与性状/疾病关联，选择感兴趣的目的区间或候选基因，利用Hi-MethylSeq技术对大规模群体的候选基因甲基化水平进行检测。Hi-MethylSeq技术通过亚硫酸氢盐（bisulfite）处理，用多重PCR扩增目的片段，添加barcode和测序通用接头，在Illumina X10二代测序平台对PCR产物进行高通量测序，利用生物信息学方法，精确定量计算目标区间内的甲基化位点的甲基化状态，在完成目标区域检测的同时大幅降低研究费用。广州亚硫酸盐甲基化重测序亚硫酸氢盐处理能够将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，进行PCR扩增后变成T。
DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶的作用下，使胞嘧啶的5位碳原子发生甲基化的生物化学过程。DNA胞嘧啶甲基化是一种稳定的表观遗传学标记，在调控特定基因表达、转座子沉默、基因印记、X染色体失活以及基因组稳定性等多种生物学过程中发挥着重要作用。在动物中，DNA甲基化主要发生在CpG二核苷酸的背景下，约为70-80%的DNA甲基化。然而，剩余未发生甲基化的CpG位点则主要密集分布于基因的启动子区域和the first exon region，被称为CpG岛(CpG island)，在基因表达的调控和基因突变上都可能发挥着重要作用。
DNA甲基化是一种重要的表观遗传学标记，在调控基因表达、细胞的分化与发育等过程中发挥着关键作用。使用基于重亚硫酸氢盐测序的方法进行DNA甲基化评估：首先用亚硫酸氢盐处理基因组DNA可将未甲基化胞嘧啶转化为尿嘧啶（黄色字母），而甲基化胞嘧啶保留为胞嘧啶（白色字母）；然后进行两轮PCR：first轮PCR分别放大每个样本的每个区域，并添加8个随机核苷酸（N8）用于重复数据消除和适配体序列；在汇集每个生物样本的扩增子后，第二轮PCR完成带有样本barcode的序列库，用于多样本NGS测序。亚硫酸盐处理这种方法可靠，且精确度高，能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态。
DNA甲基化一直以来都是表观遗传学领域研究的重点之一。DNA甲基化（Methylation）是指在DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase, 缩写DNMT）的作用下，基因组DNA序列上CpG岛的二核苷酸5′端胞嘧啶转变为5′甲基胞嘧啶（5′ methylcytosine, 缩写5mC）。这种DNA修饰的方式并未改变基因的序列, 但能抑制某些基因的表达。在哺乳动物中，基因组DNA的甲基化可分为两种类型：维持甲基化（maintenance DNA methylation）和重新甲基化（de novo methylation）。维持甲基化是指在甲基转移酶的作用下，DNA的半保留复制过程中，会在子链的相应的位置进行甲基化修饰的过程。重新甲基化是指在甲基转移酶的作用下，原来没有甲基化的DNA双链上，进行甲基化的过程，之后由维持甲基化酶来维持稳定的DNA甲基化状态。对于这两种甲基化机制来说，有两种对应类型的甲基化酶：维持甲基转移酶和重新甲基转移酶。DNA甲基化是在DNA甲基化转移（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶转变为5'甲基胞嘧啶。上海目标位点甲基化重测序准确度高
以MethlyC-seq为例，将DNA段化后收集特定长度的片段并修复DNA末端.天津全基因组甲基化重测序哪里好
Hi-Methylseq结合了亚硫酸盐转换、靶向扩增子高通量测序技术，可实现多区段、多位点的甲基化精确定量分析，适用于感兴趣的目的片段的甲基化研究和在大样本中进一步确认全基因组甲基化研究挑选的阳性位点。采用翼和自主知识产权的多重PCR捕获技术，确保目的片段有效富集，经亚硫酸氢盐处理后，DNA序列复杂度严重降低，严格控制建库PCR的循环数，降低非特异性扩增，通过将参考序列中的C碱基全部替换为T碱基，然后将测序reads比对到转换后的参考序列上，针对每一个CpG位点，统计C和T碱基的读数（类似于SNP calling），来判断该位点的甲基化。天津全基因组甲基化重测序哪里好
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