问:样品间的相关性有何意义?如何计算? 答:样品间的相关性反应了样品间的相似程度,即不同处理或组织的样品在表达水平方面的相似度。相关系数越接近1,样品间的相似度越高,样品间的差异基因...
FASTQ 格式(FASTQ_format)是一种文本格式,常用于存储生物学序列及其对应的质量分值。FASTQ 格式文件可以采用文本编辑软件(如写字板、UltraEdit 、EditPlus等工具...
通过比较处理组和参考组,对差异表达基因进行聚类分析,可以很直观反映出不同实验条件下样本差异表达基因的变化情况。我们利用R软件,对差异表达基因和不同样本/实验条件同时进行分层聚类分析。 Gen...
其中基因数据库(GENES Database)含有所有已知的完整基因组和不完整基因组。有细菌、蓝藻、真核生物等生物体的基因序列,如人、小鼠、果蝇、拟南芥等等;通路数据库(PATHWAY Datab...
问:样品间的相关性有何意义?如何计算? 答:样品间的相关性反应了样品间的相似程度,即不同处理或组织的样品在表达水平方面的相似度。相关系数越接近1,样品间的相似度越高,样品间的差异基因...
基因本体论联合会建立的数据库(Gene Ontology)。GO的产生主要是为了解决同一基因在不同数据库定义的混乱性以及不同物种的同一基因在功能定义上的混乱性。它是一个国际标准化的基因功能分类体系,提...
转录组测序技术(RNA-seq)经历测序技术的发展,目前几乎已经成为了各种生物学研究的基础,无论是疾病机制研究、生理调控等均有广泛应用。 环状RNA测序(circRNA):由于环状RNA的闭...
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是一类长度超过200 nt的长链非编码RNA,通过与DNA、RNA或蛋白质结合,在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。...
可变剪接是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制,也是RNA-seq的重要分析内容,常见的可变剪接形式为SE,SE事件形成过 GO 的基本单元是 Term,每个 Term 有一个单独的标...
而由于转录组情况的复杂,选择合适的文库类型也显得极为重要。文库的选择一般考虑两个问题: 02、是否构建链特异性文库? 由于RNA为单链,但普通的转录组文库会同时测到模板链及其反向互补信...
另一个重要的因素就是测序数据量的大小(即测序深度)。但是比较好的测序数据量并没有一个固定的值,而会因为目标转录组的复杂度的不同而不同。一些人认为5M 的mapped reads 足够对转录组中的中度及...
文库的选择一般考虑的问题: 01、如何获取mRN**段? 真核生物成熟的mRNA一般带有polyA尾巴,因此常规的转录组建库流程中通常直接对具有PolyA尾巴的片段进行捕获,这样可以得...