转录组测序技术(RNA-seq)经历测序技术的发展,目前几乎已经成为了各种生物学研究的基础,无论是疾病机制研究、生理调控等均有广泛应用。 环状RNA测序(circRNA):由于环状RNA的闭...
如果研究的物种有相关GO注释数据库,直接该数据库进行GO的分析;如果没有,可以利用注释工具,得到每个基因对应的GO条目。 EGG(Kyoto Encyclopedia of Genes an...
转录的功能 1. 获得物种或者组织的转录本信息; 2. 得到转录本上基因的相关信息,如:基因结构,功能等; 3. 发现新的基因; 4. 基因结构优化...
将各样品过滤后的测序序列与参考基因组进行比对(mapping),使其定位到基因组。 本项目分析中,我们使用HISAT2软件进行mapping。参考基因组为Rattus_norvegicus。所用的...
我们的转录组测序信息分析流程主要分为三部分:测序数据质控(QC)、数据比对分析(mapping)和转录组深层分析。其中,测序数据质控包括过滤测序所得序列、评估测序数据质量以及计算序列长度分布等;数...
可以提供测序读长为75*2 bp, 每次运行数据量达50-60GB。对于4-5Mb的基因组,可确保每个基因组测序量达到400Mb(100倍覆盖),足以满足全基因组denovo测序和SNP鉴定的需要...
基因本体论联合会建立的数据库(Gene Ontology)。GO的产生主要是为了解决同一基因在不同数据库定义的混乱性以及不同物种的同一基因在功能定义上的混乱性。它是一个国际标准化的基因功能分类体系,提...
而由于转录组情况的复杂,选择合适的文库类型也显得极为重要。文库的选择一般考虑两个问题: 02、是否构建链特异性文库? 由于RNA为单链,但普通的转录组文库会同时测到模板链及其反向互补信...
标准转录组测序包括真核转录组(mRNA)测序和原核转录组(mRNA)测序,可快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列,可用于研究基因结构和基因功能、可变剪接和新转录...
转录组一定要测重复的原因,与你做其他生物学实验一样,没有重复怎么知道你得到结果的可靠,转录组的重复,是为了验证获得基因的测序的可靠性与差异表达的可靠性。转录组的重复有2种,一是生物学重复,一是技术重复...
问:聚类分析是怎么做的? 答:聚类使用的为R中的聚类软件包pheatmap,所针对的数据为heatmap.txt(差异基因的并集),以基因的表达水平值log10(FPKM+1)值进行聚类。其...
基因本体论联合会建立的数据库(Gene Ontology)。GO的产生主要是为了解决同一基因在不同数据库定义的混乱性以及不同物种的同一基因在功能定义上的混乱性。它是一个国际标准化的基因功能分类体系,提...