转录组一定要测重复的原因,与你做其他生物学实验一样,没有重复怎么知道你得到结果的可靠,转录组的重复,是为了验证获得基因的测序的可靠性与差异表达的可靠性。转录组的重复有2种,一是生物学重复,一是技术重复...
真核转录组测序主要针对转录产物mRNA进行高通量测序,可快速获得某一物种特定组织或者其他的在某一状态下的基因表达量及结构变异等,可用于差异表达分析、挖掘功能基因、RNA编辑分析等。目前已广泛应用于...
问:Read-1,Read-2的具体含义是什么?答:双端测序会在cDNA片段的两端先后读取一定长度的碱基(如pe150,就是分别测150bp)得到一对reads,其中一条称为Read-1,另一条称...
问:聚类分析是怎么做的? 答:聚类使用的为R中的聚类软件包pheatmap,所针对的数据为heatmap.txt(差异基因的并集),以基因的表达水平值log10(FPKM+1)值进行聚类。其...
一般来说,任何一种DNA测序技术都可用于RNA测序。转录组测序根据发展的阶段可分为:(1)早期的基于Sanger测序法的基因表达序列分析;(2)基于新一代高通测序技术的RNA-Seq。Sanger等于...
转录组测序的根本目的在于回答特定的生物学问题,因此一个良好的实验方案的设计是其根本。其中,生物学重复的数量、文库类型及测序深度等因素直接关系到结果的好坏。在这里要尤其强调至少三个以上的生物学重复的...
1 转录组与基因组的区别 以DNA为模板合成RNA的转录过程是基因表达的第一步,也是基因表达调控的关键环节。因此,转录组通过转录过程来源于基因组,但与基因组相比较,信息量相对较小,原因是*有...
基因本体论联合会建立的数据库(Gene Ontology)。GO的产生主要是为了解决同一基因在不同数据库定义的混乱性以及不同物种的同一基因在功能定义上的混乱性。它是一个国际标准化的基因功能分类体系,提...
1、RNA样本制备 将样本按Trizol抽提说明书进行总RNA提取,利用琼脂糖凝胶电泳检测提取效果,并进行质检(OD260/280≥1.9) 2、测序文库构建 我们采用标准提取方...
问:主成份分析是什么? 答:样品间的相关性反应了样品间的相似程度,即不同处理或组织的样品在表达水平方面的相似度。相关系数越接近1,样品间的相似度越高,样品间的差异基因也越少。生物学重复间的样...
可以提供测序读长为75*2 bp, 每次运行数据量达50-60GB。对于4-5Mb的基因组,可确保每个基因组测序量达到400Mb(100倍覆盖),足以满足全基因组denovo测序和SNP鉴定的需要...
转录组是细胞或组织内全部RNA转录本的**,它反映着不同的生命阶段、不同的组织类型、不同的生理状态以及不同的环境条件下表达的基因。转录组的研究可以从整体上揭示细胞中基因的表达情况及调控规律。第二代...