发酵原理的主要内容是微生物复杂系统运行的自然规律（即微生物生命活动的三个基本假说）。代谢能支撑假说（生命活动的前提，动力）暗示：微生物活细胞是耗散结构，这种结构依靠代谢能来支撑。这个假说体现了生命活动的空间性（方位排列的有序）、时间性（周期变化的有序）。代谢网络假说（生命活动的内容，结构）显示：代谢网络是细胞代谢活动的运行图。这个假说体现了生命活动的整体性、流动性、层次性。细胞经济假说（生命活动的法则，控制）揭示细胞经济的运行原理，它们体现了细胞代谢活动的自主性。细菌发酵物不但可以制备出新的功效物质，还能作为天然防腐剂应用于化妆品中。中国澳门发酵产品
厌氧发酵三阶段理论：
第一阶段为水解发酵阶段，是指复杂的有机物在微生物胞外酶的作用下进行水解和发酵，将大分子物质破链形成小分子物质如：单糖、氨基酸等为后一阶段做准备。第二阶段为产氢、产乙酸阶段，该阶段是在产酸菌如胶醋酸菌、部分梭状芽孢杆菌等的作用下分解上一阶段产生的小分子物质，生成乙酸和氢。这一阶段产酸速率很快，致使料液pH值迅速下降，使料液具有腐烂气味。第三阶段为产甲烷阶段，有机酸和溶解性含氮化合物分解成氨、胺、碳酸盐和二氧化碳、甲烷、氮气、氢气等。甲烷菌将乙酸分解产生甲烷和二氧化碳，利用氢将二氧化碳还原为甲烷，在此阶段pH值上升。 上海活性发酵费用菌体浓度是发酵工业中一个重要的控制参数。
酿酒酵母作为模式生物在外源基因功能鉴定中的应用：
酿酒酵母基因组小，生命周期短，繁殖快速，再加上实验操作上更简易，具有简便的平板影印能力，非常适合遗传周期短，繁殖快速，再加上实验操作上更简易，具有简便的平板影印能力，非常适合遗传学上的分析研究。同时，酿酒酵母具有稳定的单倍体和二倍体细胞，在实验条件下，酿酒酵母的二倍体和单倍体这两种状态可以相互转换。
作为模式生物在人类基因功能研究中的应用：
酿酒酵母作为单细胞真核生物，具有和动植物细胞相似的结构特征，包括细胞核，内质网，高尔基体，线粒体，过氧化物酶体，细胞骨架等，而且其细胞生长发育过程和动植物细胞也有很高的相似性，很多基因在酵母和动植物细胞中是高度保守的。而且，酵母细胞很容易进行生物化学和分子生物学操作，因此，酵母是基因功能研究中常用的模式生物。
发酵食品是指人们利用有益微生物发酵而成的一类具有独特风味的食品。想要制成美味的发酵食品，可少不了酵母菌、醋酸菌、乳酸菌、曲霉、毛霉这些有益微生物小伙伴。我们常吃的发酵食品主要有谷物发酵、豆类发酵、乳类发酵三大类。
谷物发酵食品包括面包、馒头、米醋、啤酒等，这些食品中富含多种氨基酸及矿物质，并且富含维生素B1、B6、B12等B族维生素，是缓解压力、营养神经的好伴侣。
豆类发酵食品包括酱油、腐乳、豆豉、豆瓣酱等，发酵的大豆含有丰富的活性功能因子，如大豆活性多肽、γ-氨基丁酸、大豆异黄酮等。这些活性功能因子具有一定的降血脂、调节活性等作用。
乳类发酵食品包括酸奶、奶酪等，发酵乳制品不仅具有奶类的营养价值，其中的特殊微生物还会抑制人体肠道中的菌，促进营养物质的消化吸收。 生物发酵作为一种通过微生物发酵来实现目标分子的制备技术。
发酵技术具有悠久的历史，在我国，传统发酵食品的历史可以追溯到约9000年前。当前，以工业发酵进行大规模的物质加工与转化的先进制造技术广泛应用于生产，包括生物基化学品、生物基材料、生物燃料等产品的生产，其涉及食品、制药、能源等许多重要工业领域。发酵技术是利用细胞的生长特性及生物催化反应体系，与有机物底物发生反应，终得到目标产物，即生物反应合成物质或细胞。这一技术不仅改变了底物原有的性能，还能产生新的功效物质。发酵的形式一般分为两种，一种是液体发酵，另一种是固体发酵。发酵技术与化学方法相比，具有较好的可控性、较高的安全性、节能、产生的副产物少以及对环境污染少等优点，并且微生物的分解性可以使特殊结构的生物合成保持高度均一，确保产物的安全和功效。厌氧发酵：厌氧微生物在隔绝空气不与分子态氧接触的情况下进行的发酵过程。云南发酵的方法
菌种选育：按照生产要求，以微生物遗传变异理论为依据，采用人工方法使菌种变异，再筛选出符合要求的菌种。中国澳门发酵产品
芽孢杆菌：是一群需氧兼性厌氧的革兰氏阳性菌，抗逆性强，耐高温高压，易储存。芽孢菌为需氧菌，进入肠道后，可消耗大量的游离氧，降低了肠内的氧浓度，抑制了肠道中存在的大量大肠杆菌等需氧菌的生长，优化和促进了乳酸菌等厌氧菌的生长，有利于肠道微生态系统的稳定和平衡。它还具有较高的产生蛋白酶、纤维素素酶、淀粉酶、活性小肽等代谢产物的功能。
酵母菌：是一群在有氧和无氧环境中都能生长的兼性厌氧菌，常见的酵母为酿酒酵母，很早用于发酵面包和酒类。菌体的B族维生素、蛋白质、核苷酸、酵母细胞壁、寡糖含量高，提高发酵饲料的营养价值和赋予产品更好的风味。目前在反刍动物和水产动物中的作用越来越多的被证明，生产和推广比重越来越大。 中国澳门发酵产品
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